Theo Nghị định, Quỹ Hỗ trợ đầu tư là Quỹ quốc gia được Chính phủ thành lập, giao cho Bộ Kế hoạch và Đầu tư quản lý; hoạt động không vì mục tiêu lợi nhuận, không vì mục tiêu bảo toàn nguồn tài chính của Quỹ.
Quỹ trực thuộc Bộ Kế hoạch và Đầu tư, hoạt động theo mô hình tương tự đơn vị sự nghiệp công lập, theo các quy định riêng về tổ chức và cơ chế hoạt động quy định tại Nghị định này.
Quỹ có tư cách pháp nhân, được sử dụng con dấu riêng, được mở tài khoản dự toán tại Kho bạc Nhà nước để nhận kinh phí từ nguồn ngân sách nhà nước và mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước, Ngân hàng thương mại đối với nguồn ngoài ngân sách nhà nước.
Quỹ có chức năng quản lý, điều phối các nguồn lực tài chính của Quỹ để hỗ trợ cho các đối tượng quy định tại Nghị định này.
Nhiệm vụ của Quỹ là tiếp nhận, quản lý và sử dụng nguồn ngân sách nhà nước cấp và nguồn hợp pháp khác, theo quy định tại Nghị định này và các quy định có liên quan đến hoạt động của Quỹ; chi hỗ trợ doanh nghiệp theo đối tượng, điều kiện, nội dung và mức hỗ trợ quy định tại Nghị định này; thực hiện chế độ báo cáo, quản lý tài chính, kế toán, kiểm toán và các quy định có liên quan đến hoạt động của Quỹ theo quy định tại Nghị định này và các quy định của pháp luật có liên quan.
Quỹ tổ chức hoạt động phù hợp với mục tiêu, phạm vi hoạt động của Quỹ; được thuê các tổ chức, chuyên gia, nhà khoa học và các cá nhân khác để hỗ trợ thực hiện nhiệm vụ của Quỹ.
Nguồn tài chính ngoài ngân sách nhà nước của Quỹ được gửi tại Ngân hàng thương mại hoặc Kho bạc Nhà nước. Quỹ được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp đối với các khoản thu của Quỹ.
Cơ cấu tổ chức của Quỹ gồm: Hội đồng quản lý Quỹ và Cơ quan điều hành Quỹ.
Hội đồng quản lý Quỹ do Thủ tướng Chính phủ quyết định thành lập có nhiệm kỳ 5 năm và được xem xét bổ nhiệm lại. Hội đồng quản lý Quỹ gồm Chủ tịch Hội đồng, các Phó Chủ tịch Hội đồng và các thành viên Hội đồng. Cơ cấu, tổ chức của Hội đồng quản lý Quỹ thực hiện theo Quyết định của Thủ tướng Chính phủ.
Cơ quan điều hành Quỹ là cơ quan thường trực của Hội đồng quản lý Quỹ, do Bộ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư quyết định thành lập, có nhiệm vụ thực hiện các nhiệm vụ của cơ quan thường trực của Quỹ theo quy định tại Nghị định này; tổng hợp báo cáo đề xuất hỗ trợ đầu tư từ các địa phương và báo cáo đánh giá hồ sơ thực hiện thủ tục hỗ trợ chi phí của doanh nghiệp; tổ chức thực hiện Nghị quyết, quyết định của Hội đồng; chủ trì đánh giá hồ sơ đề nghị hỗ trợ chi phí của các doanh nghiệp chưa đi vào hoạt động và các doanh nghiệp thuộc đối tượng được hưởng hỗ trợ chi phí đầu tư ban đầu; thực hiện các nhiệm vụ khác do Chủ tịch Hội đồng giao; lập hồ sơ đề nghị thanh toán theo quy định gửi Kho bạc Nhà nước.