Theo quyết định, ông Nguyễn Chí Dũng, Ủy viên Ban Chấp hành Trung ương Đảng, Bộ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư và ông Sơn Minh Thắng, Ủy viên Ban Chấp hành Trung ương Đảng, Phó Trưởng ban Thường trực Ban Chỉ đạo Tây Nam Bộ, đồng Tổ trưởng. Tổ phó là ông Nguyễn Văn Hiếu, Thứ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư.
Thành viên Tổ chỉ đạo là lãnh đạo: Bộ Tài chính; Bộ Giao thông vận tải; Bộ Công Thương; Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn; Bộ Tài nguyên và Môi trường; Bộ Khoa học và Công nghệ, Ngân hàng Nhà nước Việt Nam và một số tỉnh, thành phố.
Tổ chỉ đạo có nhiệm vụ triển khai các nhiệm vụ đã được quy định tại Quyết định số 2220/QĐ-TTg ngày 17/11/2016 của Thủ tướng Chính phủ về ban hành Kế hoạch triển khai thực hiện Quyết định số 593/QĐ-TTg ngày 6/4/2016 của Thủ tướng Chính phủ về Quy chế thí điểm liên kết phát triển kinh tế - xã hội vùng đồng bằng sông Cửu Long giai đoạn 2016 - 2020;
Tham mưu, giúp Thủ tướng Chính phủ theo dõi, đôn đốc các bộ, ngành, địa phương triển khai các nhiệm vụ đã giao tại Quyết định số 593/QĐ-TTg ngày 6/4/2016 của Thủ tướng Chính phủ về Quy chế thí điểm liên kết phát triển kinh tế - xã hội vùng đồng bằng sông Cửu Long giai đoạn 2016 - 2020 và các nhiệm vụ khác có liên quan.
Tổ chỉ đạo cũng có nhiệm vụ báo cáo Thủ tướng Chính phủ theo định kỳ 6 tháng, năm và đột xuất về tình hình, kết quả thực hiện, những khó khăn vướng mắc trong quá trình tổ chức triển khai Quy chế thí điểm liên kết phát triển kinh tế - xã hội vùng đồng bằng sông Cửu Long giai đoạn 2016 - 2020.