Theo đó, về kiến nghị sửa đổi điểm d khoản 2 Điều 10 dự thảo Luật Biên phòng Việt Nam quy định nguyên tắc phối hợp thực thi nhiệm vụ biên phòng, Tổng cục Hải quan đề nghị sửa theo nội dung khoản 5 Điều 23 Luật Cảnh sát biển Việt Nam.
Vì vậy, Tổng cục Hải quan kiến nghị nội dung này quy định như sau: "Trên cùng một địa bàn, khi phát hiện hành vi vi phạm pháp luật liên quan đến nhiệm vụ, quyền hạn của nhiều cơ quan, tổ chức, lực lượng thì cơ quan, tổ chức, lực lượng nào phát hiện trước phải xử lý theo thẩm quyền do pháp luật quy định; trường hợp vụ việc không thuộc thẩm quyền của mình thì chuyển giao hồ sơ, người, tang vật, phương tiện vi phạm pháp luật cho cơ quan, tổ chức, lực lượng có thẩm quyền chủ trì giải quyết. Cơ quan, tổ chức, lực lượng tiếp nhận có trách nhiệm thông báo kết quả điều tra, xử lý cho cơ quan tổ chức, lực lượng chuyển giao biết".
Về các kiến nghị không giao cho Bộ đội biên phòng kiểm tra, kiểm soát phương tiện vận tải qua lại biên giới (tại khoản 5 Điều 14 và khoản 2 Điều 15 dự thảo Luật), tại cuộc họp, Ủy ban Quốc phòng và An ninh không tiếp thu ý kiến của Tổng cục Hải quan. Do đó, trong dự thảo mới nhất vẫn quy định giao nhiệm vụ và quyền hạn cho Bộ đội Biên phòng kiểm soát qua lại biên giới nói chung và kiểm tra, kiểm soát, xử lý phương tiện vận tải có dấu hiệu vi phạm pháp luật nhưng có bổ sung thêm vào cuối các khoản trên cụm từ "theo quy định của pháp luật".
Cụ thể: "Kiểm soát xuất nhập cảnh tại cửa khẩu do Bộ Quốc phòng quản lý và kiểm soát qua lại biên giới theo quy định của pháp luật".
Tại khoản 5 Điều 14 và khoản 2 Điều 15 Dự thảo Luật mới nhất vẫn quy định nhiệm vụ của Bộ đội Biên phòng kiểm soát xuất nhập cảnh, kiểm soát qua lại biên giới theo quy định của pháp luật. Tổng cục Hải quan cho rằng, quy định này không giới hạn phạm vi, đối tượng kiểm soát xuất nhập cảnh, được hiểu là kiểm soát cả người và phương tiện xuất nhập cảnh dẫn đến quy định về quyền hạn của Bộ đội Biên phòng được kiểm tra, kiểm soát, xử lý phương tiện vận tải có dấu hiệu vi phạm ở khu vực cửa khẩu (thuộc địa bàn hoạt động hải quan).
Theo Tổng cục Hải quan, điều này chồng chéo với chức năng, nhiệm vụ của cơ quan Hải quan đã được quy định tại Luật Hải quan.
Tổng cục Hải quan cho biết, Luật Hải quan quy định, trong địa bàn hoạt động hải quan, cơ quan hải quan chủ trì kiểm tra, giám sát, kiểm soát toàn bộ phương tiện xuất nhập cảnh, hàng hóa xuất nhập khẩu để thực hiện công tác đấu tranh phòng chống buôn lậu, vận chuyển trái phép ma túy, vũ khí, chất độc, chất nổ, tài liệu phản động... đảm bảo an ninh kinh tế, an ninh quốc phòng theo nhiệm vụ mà Đảng, Nhà nước đã giao tại Luật Hải quan
Tổng cục Hải quan nêu rõ, trường hợp dự thảo Luật Biên phòng Việt Nam với những quy định trên được thông qua sẽ dẫn đến 2 cơ quan (Hải quan và Biên phòng) cùng thực hiện một nhiệm vụ làm thủ tục, kiểm tra, giám sát, kiểm soát cho 1 phương tiện xuất nhập cảnh, không phù hợp với chủ trương của Đảng, các cam kết quốc tế và các quy định pháp luật hiện hành, gây khó khăn cho hoạt động xuất nhập khẩu hàng hóa, xuất nhập cảnh phương tiện vận tải.
Trước đó, ngày 3/11, Tổng cục Hải quan có Công văn 7059/TCHQ-ĐTCBL gửi lãnh đạo và các ủy ban của Quốc hội, Bộ Tư pháp phản ánh về những chồng chéo của dự thảo Luật Biên phòng Việt Nam với Luật Hải quan hiện hành.
Ngày 4/11, Tổng cục Hải quan đã trực tiếp trình bày ý kiến về dự thảo Luật Biên phòng Việt Nam tại cuộc họp do Ủy ban Quốc phòng và An ninh tổ chức với sự tham gia của Ủy ban Tư pháp, Uỷ ban pháp luật của Quốc hội và cơ quan chủ trì soạn thảo dự án Luật.