Hiện nay, ông Đoàn Thái Sơn được phân công phụ trách các công tác: Pháp chế; công thanh tra, giám sát ngân hàng, thanh tra hành chính, quản lý cấp phép, cơ chế, chính sách an toàn hoạt động ngân hàng, giải quyết khiếu nại, tố cáo, phòng, chống tham nhũng, các dự án hỗ trợ kỹ thuật của các tổ chức quốc tế.
Ông Đoàn Thái Sơn còn phụ trách hoạt động hợp tác quốc tế trong lĩnh vực thanh tra, giám sát ngân hàng (trừ các dự án hỗ trợ kỹ thuật và hoạt động hợp tác quốc tế trong lĩnh vực phòng chống rửa tiền, ngân hàng hợp tác xã, quỹ tín dụng nhân dân, tài chính vi mô, bảo hiểm tiền gửi); chỉ đạo xây dựng, trình duyệt, triển khai phương án xử lý các ngân hàng yếu kém...