Tại Quảng Đông cơn bão này đã khiến 4 người thiệt mạng, 951.000 người phải đi sơ tán, mực nước tại 38 con sông trên mức báo động, 6 ngôi nhà bị sập và nhiều héc-ta hoa màu bị hư hại.
Đến 10h sáng 17/9, bão Mangkhut ở vào địa phận tỉnh Quảng Tây và đã suy yếu thành áp thấp nhiệt đới, nhưng nhiều tỉnh, thành của Trung Quốc vẫn tiếp tục chịu ảnh hưởng của bão, đặc biệt là phía Đông và Tây Nam của tỉnh Quý Châu, phía Đông và Tây Bắc của tỉnh Quảng Tây, phía Tây Nam của tỉnh Quảng Đông và phía Tây bắc của đảo Hải Nam vẫn có mưa lớn.
Ngoài ra, một số khu vực thuộc các tỉnh Vân Nam, Tứ Xuyên, Hồ Nam, Chiết Giang, Giang Tô, An Huy và các thành phố Trùng Khánh, Thượng Hải chịu ảnh hưởng ngoại vi của bão, có mưa vừa đến mưa mưa to.
Cơ quan khí tượng thủy văn Trung ương Trung Quốc dự báo đến chiều 17/9, bão Mangkhut tiếp tục suy yếu thành áp thấp nhiệt đới và tiếp tục di chuyển về hướng Tây Bắc.
Từ sáng đến đêm 18/9 hoàn lưu của bão tiếp tục suy yếu, lượng mưa ở tỉnh Quảng Đông giảm rõ rệt, nhưng một số vùng thuộc phía Nam của tỉnh Quý Châu, Vân Nam và phía Tây của tỉnh Quảng Tây vẫn có mưa to, một số nơi mưa rất to. Sang ngày 19/9 trừ một số nơi thuộc tỉnh Vân Nam có mưa vừa, ảnh hưởng của bão Mangkhut đối với Trung Quốc cơ bản chấm dứt.
Hiện giao thông tại tỉnh Quảng Đông đã cơ bản được khôi phục; một số tuyến đường sắt như Bắc Kinh - Quảng Châu, Ninh Hạ - Thâm Quyến được thông xe sớm hơn dự kiến. Nhà chức trách đã phát đi cảnh báo các tỉnh Quảng Tây, Quý Châu, Vân Nam do đặc điểm địa hình nhiều đồi núi cần đề phòng các hiện tượng như lũ quét, sạt lở đất.