Theo Tỉnh trưởng tỉnh Basilan, Jim Hataman, phà MV Lady Mary Joy 3 bốc cháy vào khoảng nửa đêm 29/3 ngoài khơi tỉnh Basilan khi đang trên hành trình từ thành phố cảng Zamboanga ở miền Nam tới thị trấn Jolo ở tỉnh Sulu. Nhiều người trên phà đã nhảy xuống biển để tìm cách thoát thân và không may chết đuối. Lực lượng bảo vệ bờ biển, tàu hải quân và các tàu, phà gần hiện trường đã tới ứng cứu, vớt được nhiều người. Chiến dịch tìm kiếm và cứu nạn vẫn được triển khai để tìm khoảng 7 người khác còn mất tích. Ít nhất 23 hành khách bị thương và đã được đưa tới các bệnh viện trong khu vực.
Trước đó, đại diện cơ quan ứng phó thảm họa quốc gia Philippines Nixon Alonzo cho biết có ít nhất 12 người thiệt mạng và 230 người khác được cứu trong vụ hỏa hoạn này. Trong đó, các lực lượng cứu hộ và ngư dân trong vùng đã cứu được 195 hành khách và 35 thành viên thủy thủ đoàn khi ngọn lửa bao trùm chiếc phà ngoài khơi đảo Baluk-Baluk.
Theo Tỉnh trưởng Hataman, chiếc phà cháy sau đó đã được kéo vào bờ biển Basilan. Tại đây, lực lượng chức năng tìm thấy 18 thi thể nạn nhân trong khoang chở khách. Hiện nhà chức trách đang tiến hành điều tra nguyên nhân vụ việc và những thông tin sơ bộ cho thấy có nhiều hành khách trên phà không được khai báo thông tin trong danh sách.
Philippines có hơn 7.000 hòn đảo lớn nhỏ nên phụ thuộc nhiều vào giao thông đường biển. Tai nạn giao thông đường biển thường xảy ra tại quốc gia này vì các nguyên nhân như thời tiết xấu, tàu/phà không được bảo trì đầy đủ, chở quá tải và ý thức tuân thủ luật an toàn giao thông kém, đặc biệt ở các tỉnh xa xôi. Tháng 12/1987, một vụ va chạm giữa phà Dona Paz và một tàu chở dầu tại Philippines khiến trên 4.300 người thiệt mạng. Đây được xem là thảm họa hàng hải nghiêm trọng nhất thế giới trong thời bình.