Theo hãng thông tấn Kyodo, một trong hai trường hợp thiệt mạng là một nhà kho ở tỉnh Shiga bất ngờ đổ sập, đè lên một người đàn ông đang làm việc trong nhà kho này. Trường hợp còn lại là gió mạnh khiến một người đàn ông ở Osaka ngã từ tầng hai của một căn nhà. Gió mạnh cũng khiến trần làm bằng kính ở nhà ga Kyoto sập, khiến nhiều người bị thương.
Trong khi đó, bão Jebi gây ra gió mạnh và mưa lớn đã làm ngập lụt đường băng của sân bay quốc tế Kansai, buộc sân bay này tạm thời đóng cửa. Theo Cơ quan khí tượng Nhật Bản, sau khi đi qua khu vực phía Nam của tỉnh Tokushima, bão Jebi đã di chuyển gần tới khu vực Kobe và hướng ra Biển Nhật Bản. Dự kiến, bão Jebi sẽ di chuyển tới một khu vực phía Tây của Hokkaido trước khi suy yếu vào chiều 5/9.
Cảnh sát tỉnh Shiga cho hay nhiều xe tải đang lưu thông trên đường cao tốc Meishin đã bị đổ nghiêng do cường độ gió thổi mạnh, thậm chí có xe tải gần như bị thổi bay ra khỏi một chiếc cầu nối liền đảo Shikoku với đảo Honshu. Mưa lớn cũng khiến mất điện trên toàn diện, ảnh hưởng đến 515.000 hộ dân tại Kansai và 94.000 hộ dân tại Shikoku.
Trước tình hình trên, Thủ tướng Nhật Bản Shinzo Abe đã phải hủy kế hoạch dự kiến để thị sát tình hình mưa lũ tạị các tỉnh Tây Nam.
Bão Jebi là cơn bão mạnh nhất đổ vào Nhật Bản trong 25 năm qua, với sức gió lên tới 216km/h. Dự kiến trong vòng 24 giờ tới, tính đến trưa 5/9, lượng mưa tại một số khu vực lên tới 500 mm. Thủ đô Tokyo cách xa tâm bão nhưng cũng bị ảnh hưởng mưa lớn và gió mạnh từ chiều 4/9.
Kể từ đầu tháng 7 vừa qua, Nhật Bản đã phải hứng chịu hậu quả của các hiện tượng thời tiết cực đoan, với nắng nóng lên mức cao kỷ lục và lũ lụt, sạt lở đất nghiêm trọng. Thống kê cho thấy, lũ lụt và sạt lở đất ở các khu vực miền Tây Nhật Bản trong tháng 7 đã cướp đi sinh mạng của hơn 220 người.