Theo cáo trạng, trong quá trình làm ăn sinh sống tại địa phương, Nguyễn Công Vận mở Văn phòng bất động sản và thường xuyên thực hiện các giao dịch chuyển nhượng, môi giới đất. Khoảng tháng 7/2019, Vận thuê và cung cấp các thông tin cho đối tượng không quen biết trên mạng xã hội Zalo để làm giả 2 Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất (đất rừng sản xuất) với diện tích hơn 43.000m2 mang tên ông Bùi Thanh Bản (sinh năm 1962, trú tại xóm Ghên, xã Tiến Sơn, huyện Lương Sơn, Hòa Bình) với ý định để vay nợ hoặc bán cho người khác.
Đến tháng 12/2020, Nguyễn Công Vận đã dùng Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất làm giả để thỏa thuận, thống nhất bán cho vợ chồng ông Nguyễn Đắc Dũng và bà Phạm Thu Hà (trú tại phường Cổ Nhuế 2, quận Bắc Từ Liêm, Hà Nội) hơn 8.400m2 đất với giá 800 triệu đồng. Khi thực hiện xong các thủ tục chứng thực Hợp đồng chuyển nhượng quyền sử dụng đất, ông Dũng và bà Hà đã chuyển 650 triệu đồng cho Nguyễn Công Vận. Số tiền còn lại (150 triệu đồng), hai bên thỏa thuận khi nào làm xong thủ tục tách thửa sẽ bàn giao nốt. Tuy nhiên, Vận đã chiếm đoạt số tiền 650 triệu đồng.
Tiếp đó, tháng 1/2021, do có mối quan hệ quen biết, Nguyễn Công Vận đã dùng Hợp đồng chuyển nhượng quyền sử dụng đất với diện tích hơn 35 nghìn m2 mà Vận đã nhờ ông Bản ký hợp đồng chuyển nhượng sang tên của Vận (kèm theo Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất đã làm giả) để vay của vợ chồng ông Phùng Minh Lượng và bà Nguyễn Thị Ngọc Lan (trú tại Phường La Khê, quận Hà Đông, Hà Nội) số tiền 300 triệu đồng.
Đến đầu tháng 4/2021, Nguyễn Công Vận lại tiếp tục dùng Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất làm giả với diện tích hơn 43 nghìn m2 để bán cho ông Nguyễn Văn Đông (sinh năm 1973, trú tại xã Xuân Tiến, huyện Chương Mỹ, Hà Nội) với số tiền 590 triệu đồng.
Toàn bộ số tiền chiếm đoạt của các bị hại là hơn 1,54 tỷ đồng, Nguyễn Công Vận đã sử dụng và chi tiêu hết vào mục đích cá nhân.
Tại phiên tòa, bị cáo có đơn xin xét xử vắng mặt với lý do bệnh nền, sức khỏe yếu; trong đơn cũng đã thành khẩn khai nhận toàn bộ hành vi phạm tội của bản thân. Sau khi xem xét toàn diện nội dung vụ án, Hội đồng xét xử Tòa án nhân dân tỉnh Hòa Bình đã tuyên phạt bị cáo Nguyễn Công Vận mức án 3 năm tù giam về tội “Làm giả con dấu” được quy định tại điểm a, khoản 4 Điều 147 Bộ luật Hình sự 2015; 13 năm tù giam về tội “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản” được quy định điểm b, khoản 3 Điều 341 Bộ luật Hình sự năm 2015. Hình phạt chung cho cả 2 tội mà bị cáo Nguyễn Công Vận phải chấp hành là 16 năm tù giam.
Trước đó, ngày 27/4/2014, Tòa án nhân dân huyện Quốc Oai (Hà Nội) tuyên phạt Nguyễn Công Vận mức án 36 tháng tù giam về tội “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản”. Trong khi đang hoãn thi hành án, bị cáo tiếp tục thực hiện hành vi phạm tội.
Ngày 23/6/2023, Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội tuyên phạt Nguyễn Công Vận 12 năm tù giam về tội “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản”, 3 năm tù về tội “Làm giả con dấu”. Tổng hình phạt chung cho cả 2 tội là 15 năm tù; buộc bị cáo phải chấp hành 32 tháng 10 ngày tù cho tội “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản” theo bản án ngày 24/7/2014 của Tòa án nhân dân huyện Quốc Oai. Hình phạt chung bị cáo phải chấp hành là 17 năm 8 tháng 10 ngày tù.
Do đó, Hội đồng xét xử Tòa án nhân dân tỉnh Hòa Bình tuyên buộc bị cáo Nguyễn Công Vận phải chấp hành hình phạt chung cho cả 2 bản án là 30 năm tù giam cùng về tội “Làm giả con dấu", "Lừa đảo chiếm đoạt tài sản”. Hiện bị cáo đang bị áp dụng biện pháp tạm giam theo Quyết định của Tòa án nhân dân cấp cao tại Hà Nội.