Hội đồng xét xử đã tuyên phạt các bị cáo trong vụ án này, gồm: Phạm Đình Hòa (sinh năm 1973, nguyên Trưởng phòng Kế hoạch thị trường Vinawaco) 13 năm tù; Hồ Thành Nghĩa (sinh năm 1979, nguyên Giám đốc Ban điều hành Dự án nạo vét phía Bắc, Vinawaco) 8 năm 6 tháng tù về cùng tội "Nhận hối lộ";
Trịnh Văn Thắng (sinh năm 1982, nguyên Giám đốc Công ty cổ phần xây dựng và cơ khí Tân Việt (viết tắt là Công ty Tân Việt) bị phạt 9 năm tù về tội "Đưa hối lộ" và 15 năm tù về tội "Lừa đảo chiếm đoạt tài sản", tổng hợp hình phạt chung là 24 năm tù; Vũ Thanh Huyền (sinh năm 1967, nguyên Chủ tịch Hội đồng Quản trị Công ty Tân Việt) lĩnh 8 năm tù về tội "Đưa hối lộ" và 14 năm tù về tội "Lừa đảo chiếm đoạt tài sản", tổng hợp hình phạt chung là 22 năm tù.
Liên quan đến vụ án này có 4 bị cáo nguyên là cán bộ của Ban Quản lý dự án Hàng hải II (Vinawaco) gồm: Nguyễn Tiến Cường (sinh năm 1983, nguyên Phó trưởng Phòng Quản lý dự án 2), Nguyễn Đăng Hiếu (sinh năm 1985); Nguyễn Hoài Nam (sinh năm 1982) và Lê Quang Hiệp (sinh năm 1983) bị Tòa tuyên phạt từ 20 tháng đến 24 tháng tù về cùng tội "Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng".
Vụ án được phát hiện vào tối 6/5/2014, tại một khách sạn ở phường Cửa Nam (quận Hoàn Kiếm, Hà Nội), Cơ quan điều tra - Bộ Công an bắt quả tang Vũ Thanh Huyền và Trịnh Văn Thắng đưa hối lộ cho ông Nguyễn Hoài Nam (phóng viên Báo Thanh Niên) số tiền 20 triệu đồng.
Quá trình điều tra, nguyên Giám đốc Công ty Tân Việt Trịnh Văn Thắng khai nhận, sở dĩ phải hối lộ phóng viên Báo Thanh Niên là do ông Nam đã phát hiện ra tiêu cực khi thi công Công trình nạo vét luồng hàng hải Hòn Gai - Cái Lân năm 2013. Theo đó, quá trình Công ty Tân Việt thi công dự án này, ông Nam đã quay được video cho thấy dấu hiệu vi phạm về vị trí đổ thải của một số phương tiện.
Thấy vậy, Huyền và Thắng đã hẹn gặp và đưa cho ông Nguyễn Hoài Nam 20 triệu đồng để ông Nam không đăng tin việc thi công có tiêu cực của Công ty Tân Việt. Ông Nguyễn Hoài Nam không đồng ý và đã chủ động báo cáo vụ việc với các cơ quan chức năng.
Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an (C46) tổ chức bắt quả tang khi Huyền và Thắng đang đưa tiền cho ông Nam. Theo kết quả điều tra, trước đó Huyền và Thắng đã đưa cho ông Nam 1.000 USD và 500.000 đồng, ông Nam đã báo cáo và nộp lại số tiền này cho Công an phường 2, quận Tân Bình, Thành phố Hồ Chí Minh.
Trong quá trình đàm phán ký kết và thực hiện hợp đồng thi công Công trình nạo vét Luồng hàng hải Hòn Gai - Cái Lân 2013, để nhận được hợp đồng, theo yêu cầu của Hồ Thành Nghĩa (nguyên Giám đốc Ban điều hành dự án nạo vét phía Bắc) và Phạm Đình Hòa (nguyên Trưởng phòng Kế hoạch thị trường) thuộc Vinawaco.
Huyền và Thắng đã chấp nhận điều kiện: Để Công ty Tân Việt được tham gia đấu thầu và ký hợp đồng thi công, phía Công ty Tân Việt phải chi cho Hồ Thanh Nghĩa và Phạm Đình Hòa số tiền bằng 50% giá trị hợp đồng.
Thực hiện thỏa thuận trên, sau khi được thanh toán tiền thi công theo hợp đồng, theo chỉ đạo của Huyền, Thắng đã trực tiếp đưa cho Nghĩa số tiền 800 triệu đồng, trong đó Nghĩa đưa lại cho Hòa 700 triệu đồng, còn Nghĩa giữ lại 100 triệu đồng cho cá nhân. Hội đồng xét xử đã kết luận: Hành vi nêu trên của Huyền, Thắng đã phạm tội “Đưa hối lộ”, còn hành vi của Hòa và Nghĩa đã phạm vào tội “Nhận hối lộ”.
Mặt khác, trong quá trình thi công Công trình nạo vét, duy tu luồng Hòn Gai - Cái Lân năm 2013, Huyền và Thắng đã tổ chức thi công không đúng theo hợp đồng đã ký (thanh toán khống về vị trí đổ thải, cự ly vận chuyển để được thanh toán theo đơn giá theo hợp đồng đã ký với Tổng Công ty Xây dựng đường thủy). Qua việc làm trên, Huyền, Thắng đã gian dối chiếm đoạt gần 7,9 tỷ đồng. Hành vi này của Huyền và Thắng đã phạm tội “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản”.
Ngoài ra, quá trình giám sát việc đổ thải của Công ty Tân Việt, 4 bị cáo Nguyễn Tiến Cường, Nguyễn Hoài Nam, Lê Quang Hiệp, Nguyễn Đăng Hiếu là cán bộ giám sát thi công của Phòng quản lý dự án 2, Ban quản lý dự án Hàng hải II, thuộc Cục Hàng hải Việt Nam đã không làm đúng quy trình giám sát thi công, không hoàn thành nhiệm vụ được phân công nên đã không phát hiện và không xử lý việc đổ thải của Công ty Tân Việt.
Thậm chí những cán bộ này còn xác nhận cho Công ty Tân Việt đổ thải đúng theo vị trí thiết kế và hợp đồng đã ký với Tổng công ty Xây dựng đường thủy. Hành vi thiếu trách nhiệm của 4 bị cáo nêu trên đã gây ra hậu quả thiệt hại thực tế cho Nhà nước số tiền gần 7,9 tỷ đồng, cá thể hóa mỗi bị cáo này đã gây thiệt hại gần 2 tỷ đồng. Trên cơ sở đó, Hội đồng xét xử đã xác định, hành vi của 4 bị cáo này đã phạm vào tội “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng”.