Hội đồng xét xử gồm 5 người: 2 thẩm phán, 3 hội thẩm nhân dân. Thẩm phán Trương Việt Toàn (Phó Chánh Tòa Hình sự, Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội) làm chủ tọa phiên tòa. Hai kiểm sát viên của Viện Kiểm sát nhân dân thành phố Hà Nội thực hiện quyền công tố tại phiên tòa.
Tại phiên tòa, có mặt đại diện UBND xã Đồng Tâm, đại diện UBND huyện Mỹ Đức (Hà Nội), đại diện 3 gia đình bị hại. Tổng số có 33 luật sư tham gia bào chữa cho các bị cáo, 3 luật sư tham gia bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp cho 3 gia đình bị hại.
Tất cả 29 bị cáo bị Viện Kiểm sát nhân dân thành phố Hà Nội truy tố trong vụ án này đều trú tại thôn Hoành và thôn Đồng Mít (xã Đồng Tâm, huyện Mỹ Đức, Hà Nội). Trong đó, 25 bị cáo bị truy tố về tội “Giết người” theo quy định tại Điều 123, khoản 1, điểm a, d, n, o – Bộ luật Hình sự năm 2015, gồm: Lê Đình Công, Bùi Viết Hiểu, Nguyễn Văn Tuyển, Lê Đình Chức, Lê Đình Doanh, Nguyễn Quốc Tiến, Nguyễn Văn Quân, Lê Đình Uy, Lê Đình Quang, Bùi Thị Nối, Bùi Thị Đục, Nguyễn Thị Bét, Nguyễn Thị Lụa, Trần Thị La, Bùi Văn Tiến, Nguyễn Văn Duệ, Lê Đình Quân, Bùi Văn Niên, Bùi Văn Tuấn, Trình Văn Hải, Nguyễn Xuân Điều, Mai Thị Phần, Đào Thị Kim, Lê Thị Loan và Nguyễn Văn Trung.
Bốn bị cáo còn lại gồm: Lê Đình Hiển, Bùi Viết Tiến, Nguyễn Thị Dung và Trần Thị Phượng bị Viện Kiểm sát nhân dân thành phố Hà Nội truy tố về tội “Chống người thi hành công vụ” theo quy định tại Điều 330, khoản 2, điểm a – Bộ luật Hình sự năm 2015.
Theo cáo trạng, thực hiện Quyết định số 113/TTg ngày 14/4/1980 của Thủ tướng Chính phủ, Quyết định số 386/QĐ-UB ngày 10/11/1981 của UBND tỉnh Hà Sơn Bình, Quyết định số 5383/QĐ-UB ngày 20/10/2014 của UBND thành phố Hà Nội, toàn bộ đất sân bay Miếu Môn là đất quốc phòng, được các đơn vị quân đội sử dụng vào mục đích quốc phòng, lập các sơ đồ, bản đồ quản lý sân bay với 16 mốc giới, giao cho Quân chủng Phòng không - Không quân thuộc Bộ Quốc phòng 236,7 ha đất tại xã Mỹ Lương, xã Trần Phú, xã Đồng Lạc (huyện Chương Mỹ) và xã Đồng Tâm (huyện Mỹ Đức), trong đó diện tích đất thuộc địa giới hành chính xã Đồng Tâm (huyện Mỹ Đức) là 64,66 ha (trong đó có 47,63 ha do Hợp tác xã xã Đồng Tâm quản lý). Ngày 27/3/2015, Bộ Tổng tham mưu (Bộ Quốc phòng) ban hành Quyết định số 551/QĐ-TM về việc thu hồi 50,03 ha đất do Quân chủng Phòng không - Không quân đang quản lý tại khu vực sân bay Miếu Môn để giao cho Tập đoàn Viễn thông Quân đội Viettel xây dựng dự án quốc phòng, trong đó diện tích thuộc địa giới hành chính xã Đồng Tâm là 32,57 ha nằm trong diện tích 64,66 ha nêu trên. Ngày 24/3/2016, Quân chủng Phòng không – Không quân đã bàn giao mốc giới ngoài thực địa cho Tập đoàn Viễn thông Quân đội Viettel để thi công dự án quốc phòng.
Từ năm 2013, một số đối tượng tại xã Đồng Tâm đã thành lập “Tổ đồng thuận” do Lê Đình Kình (sinh năm 1936, trú tại thôn Hoành, xã Đồng Tâm, huyện Mỹ Đức, Hà Nội), Lê Đình Công (là con trai của Kình) và Bùi Viết Hiểu cầm đầu. Do có ý định chiếm đoạt đất ở cánh đồng Sênh thuộc quản lý của Bộ Quốc phòng, các đối tượng này thường xuyên lôi kéo, kích động quần chúng nhân dân khiếu kiện phức tạp về công tác quản lý, sử dụng đất của chính quyền xã Đồng Tâm. Bản thân Kình nguyên là Bí thư Đảng ủy xã Đồng Tâm và Hiểu nguyên là Chủ nhiệm Hợp tác xã nông nghiệp xã Đồng Tâm (giai đoạn năm 1981-1982) đã tham gia chứng kiến việc giao, nhận đất giữa đại diện UBND xã Đồng Tâm và Bộ Tư lệnh Công binh, nên biết rõ nguồn gốc đất ở cánh đồng Sênh, số diện tích đất này đã được bàn giao và là đất quốc phòng. Tuy nhiên, Kình cùng Hiểu và đồng bọn vẫn tuyên truyền rằng đất đồng Sênh là của xã Đồng Tâm; đồng thời kêu gọi người dân thôn Hoành (xã Đồng Tâm) “đấu tranh để giữ đất” và hứa hẹn, nếu lấy lại được đất thì sẽ chia cho những người tham gia đòi đất và đi theo “Tổ đồng thuận”.
Cuối năm 2019, đầu năm 2020, khi biết thông tin Công an thành phố Hà Nội phối hợp với Quân chủng Phòng không - Không quân (Bộ Quốc phòng) triển khai bảo vệ lực lượng thi công xây dựng tường rào Sân bay Miếu Môn trên đất đồng Sênh, Lê Đình Kình đã cùng với Lê Đình Công, Bùi Viết Hiểu, Nguyễn Văn Tuyển, Nguyễn Quốc Tiến, Đào Thị Kim, Lê Đình Quang, Bùi Văn Tiến, Lê Đình Uy, Trần Thị La, Lê Thị Loan, Mai Thị Phần, Bùi Thị Nối, Bùi Thị Đục, Nguyễn Thị Lụa và Nguyễn Thị Bét… bàn bạc, góp tiền mua 10 quả lựu đạn, mua xăng làm 85 chai bom xăng, mua khoảng 10 tuýp sắt có gắn dao bầu và liềm, nhặt gạch đá, làm bùi nhùi, mua pháo… nhằm tấn công lực lượng chức năng.
Rạng sáng 9/1/2020, khi lực lượng công an đến chốt cổng làng thôn Hoành, xã Đồng Tâm (cách nhà Kình khoảng 50 mét) để bảo vệ mục tiêu theo kế hoạch đã đề ra thì Bùi Văn Niên và Lê Đình Quân đánh kẻng báo động. Các đối tượng dùng gạch đá, bom xăng, dao bầu tấn công lực lượng công an, khiến cho 3 cán bộ, chiến sĩ công an là Nguyễn Huy Thịnh, Phạm Công Huy, Dương Đức Hoàng Quân bị rơi xuống hố ở gần nhà Lê Đình Kình. Lúc đó, Lê Đình Chức lệnh cho Lê Đình Doanh đổ xăng từ can ra chậu để Chức đổ xuống hố nơi các cán bộ, chiến sĩ công an là Thịnh, Huy và Quân rơi xuống và châm lửa đốt. Hậu quả là cả 3 người tử vong do ngạt khí và bị thiêu cháy.
Vào lúc đó, tổ công tác phát hiện thấy Lê Đình Kình đang cầm 1 quả lựu đạn và hô hào chống đối nên đã dùng súng tiêu diệt. Cơ quan điều tra đã kết luận hành vi của Lê Đình Kình cấu thành tội "Giết người", tuy nhiên do Lê Đình Kình đã chết nên Cơ quan điều tra không đề cập xử lý.