Trong đó, đại diện Viện Kiểm sát phân tích rõ về vai trò đồng phạm của các bị cáo trong vụ án này. Đồng thời, đưa ra 6 căn cứ chứng minh về cả tính chất và hình thức thực hiện hành vi đồng phạm.
Đại diện Viện Kiểm sát bày tỏ sự đồng tình với ý kiến của một số luật sư nêu trong quá trình tranh luận về nhóm các bị cáo nguyên là cán bộ UBND thành phố Đà Nẵng thuộc về một tổ chức thống nhất, có quan hệ chặt chẽ với nhau, được phân công, phân nhiệm thành từng bộ phận có chức năng, nhiệm vụ khác nhau, tổ chức và hoạt động theo Luật tổ chức HĐND và UBND, có sự phối hợp trong công việc, theo sự chỉ đạo của Chủ tịch UBND thành phố, thực hiện công vụ theo những trình tự, thủ tục chặt chẽ, mỗi bộ phận và cá nhân có thể chỉ thực hiện một hoặc một số thao tác trong quy trình.
Tuy nhiên, với ý kiến của một số luật sư cho rằng mỗi một bị cáo chỉ thực hiện một hành vi độc lập, ở một khâu nhất định, không có sự thống nhất hay cùng chung ý chí nên không đồng phạm với nhau… công tố viên cho rằng nhận xét này là không chính xác, bởi chính tổ chức ấy là điều kiện để tạo nên sự thống nhất về hành vi và sự tiếp nhận ý chí chung và ý chí của người lãnh đạo là bị cáo Trần Văn Minh (nguyên Chủ tịch UBND thành phố Đà Nẵng). Tài liệu trong hồ sơ chứng minh rõ hàng tuần lãnh đạo UBND thành phố Đà Nẵng đều tổ chức họp giao ban, có sự tham gia của lãnh đạo UBND thành phố, tùy trường hợp mà có thể có sự tham gia của đại diện các sở, ban, ngành, Phòng Quản lý đô thị… để thống nhất giải quyết các công việc cụ thể. Mặt khác, mỗi bị cáo thực hiện hành phạm tội ở từng khâu theo quy trình, đó là hành vi cùng thực hiện tội phạm, điều này hướng tới việc hoàn tất thủ tục bằng quyết định của các bị cáo Trần Văn Minh, Văn Hữu Chiến (nguyên Chủ tịch UBND thành phố Đà Nẵng).
Công tố viên phân tích, sự thống nhất về mặt ý chí giữa tất cả các bị cáo được thể hiện ở chỗ các bị cáo đều nhận thức được hành vi của mình là trái pháp luật nhưng vẫn thực hiện hoặc có trường hợp không muốn nhưng vẫn thực hiện, gây hậu quả. Các bị cáo: Phan Xuân Ít, Nguyễn Công Lang, Nguyễn Thanh Sang, Nguyễn Thị Thu Hà, Đào Tấn Bằng, Nguyễn Viết Vĩnh và các bị cáo thuộc các sở, ngành đều khai họ phải phục tùng theo sự chỉ đạo, mệnh lệnh hành chính từ bị cáo Minh, mặc dù biết rõ việc thực hiện là trái pháp luật.
Về quan điểm của nhiều luật sư cho rằng họ phải phục tùng mệnh lệnh hành chính và thành phố đã có quy định chung nên không phải chịu trách nhiệm hình sự, đại diện Viện Kiểm sát cho rằng quan điểm này không có căn cứ vì các bị cáo đều biết rõ những quy định chung, cũng như biết rằng các văn bản chỉ đạo cá biệt đó là trái pháp luật nhưng vẫn thực hiện hành vi tham mưu, đề xuất. Do vậy, các bị cáo phải chịu trách nhiệm hình sự.
Một số luật sư cho rằng cần chứng minh có sự bàn bạc, thống nhất giữa bị cáo Phan Văn Anh Vũ với bị cáo Trần Văn Minh để bị cáo Minh bán nhà công sản, giao đất trái pháp luật cho bị cáo Vũ thì mới xác định được các bị cáo đồng phạm với nhau. Để chứng minh việc thống nhất về ý chí cùng thực hiện tội phạm giữa các bị cáo Trần Văn Minh và bị cáo Vũ, đại diện Viện Kiểm sát đã phân tích 6 căn cứ xác định vai trò đồng phạm của các bị cáo.
Thứ nhất, từ năm 2002 đến 2010, Vũ đã thành lập ra 5 công ty chủ yếu là kinh doanh bất động sản. Các công ty này đều do bị cáo Vũ đầu tư vốn kinh doanh và chỉ đạo toàn bộ hoạt động. Trên danh nghĩa, các công ty này có các cổ đông góp vốn nhưng thực chất họ không có vốn góp mà chỉ đứng tên và tham gia các hoạt động của công ty theo sự chỉ đạo của bị cáo Vũ.
Thứ hai, trong quá trình điều tra và tại phiên tòa bị cáo Vũ thừa nhận là thành viên của các công ty trên, có đóng góp cổ phần chi phối, hoạt động của các công ty đều có sự bàn bạc chung và thống nhất giao cho người đại diện theo pháp luật ký các thủ tục, tờ trình, hợp đồng… khi tham gia việc xin mua nhà, xin giao đất. Các bị cáo Phan Minh Cương, Nguyễn Quang Thành khi ký đại diện theo pháp luật cũng đều có sự thống nhất của bị cáo Vũ và các thành viên khác trong công ty. Điều đó cho thấy, giữa bị cáo Vũ với bị cáo Thành và bị cáo Cương có sự thống nhất chung trong công việc, cách thức để xin mua nhà, xin giao đất các dự án, để bị cáo Vũ là ông chủ thật sự của các công ty nêu trên, thâu tóm được nhà, đất công sản và các dự án đất như nội dung bản cáo trạng đã truy tố.
Thứ ba, bản thân bị cáo Vũ đứng tên và ký nhiều thủ tục tờ trình, đơn xin chuyển đổi tên trong một số dự án đất, nhà công sản, mà bị cáo Minh là người quyết định giải quyết bán nhà, giao đất dự án cho bị cáo Vũ là điều vô lý. Có thể chứng minh điều đó bằng hồ sơ giải quyết bán nhà, đất công sản tại 159 Bạch Đằng. Việc giao đất Dự án Khu phức hợp đô thị, thương mại và dịch vụ cao tầng tại phường Nại Hiên Đông và phường Thọ Quang, quận Sơn Trà (Dự án Habour Ville) bằng thủ tục chuyển đổi tên và các phiếu trình, quyết định, công văn về giá đất, giao quyền sử dụng đất, giảm tiền sử dụng đất cho Phan Văn Anh Vũ. Đây là dự án mà Công ty 586 là đơn vị được giao đất còn chưa hoàn thành nghĩa vụ tài chính với UBND thành phố, nhưng khi đề nghị chuyển đổi tên sang cho Vũ thì bị cáo Minh đã thực hiện ngay, bất chấp các quy định của pháp luật, bất chấp ngay cả những quy định dù trái pháp luật của thành phố như văn bản 3531. Văn bản này quy định cho phép chuyển đổi tên khi người đề nghị chuyển đổi đã hoàn thành nghĩa vụ tài chính.
Thứ tư, nhóm các bị cáo là cán bộ tham mưu thuộc UBND thành phố Đà Nẵng là những người trực tiếp tham mưu cho lãnh đạo thành phố trong việc bán nhà đất công sản, giao đất các dự án đều khai về việc giữa bị cáo Vũ và bị cáo Minh có mối quan hệ với nhau trong quá trình bị cáo Vũ và các công ty của bị cáo Vũ xin mua nhà, xin giao đất các dự án và được bị cáo Minh chỉ đạo tạo điều kiện, bất chấp các quy định của pháp luật.
Thứ năm, các bị cáo Trần Phi, Phan Ngọc Thạch, Lê Anh Tuấn, Huỳnh Tấn Lộc là giám đốc các doanh nghiệp giúp bị cáo Vũ thâu tóm các nhà đất công sản đều khai: Bị cáo Vũ đã thỏa thuận với doanh nghiệp để các doanh nghiệp này đứng ra làm thủ tục xin mua nhà, xin giảm hệ số sinh lợi và theo thỏa thuận thì bị cáo Vũ là người trực tiếp quan hệ với lãnh đạo UBND thành phố để được mua nhà đất công sản trái quy định của pháp luật, đổi lại Vũ sẽ trả một khoản cho các doanh nghiệp đã giúp Vũ hoặc các công ty của Vũ. Khoản hỗ trợ này được Vũ và các doanh nghiệp thực hiện thông qua hình thức ký hợp đồng kinh tế có nội dung là các doanh nghiệp này bán lại nhà công sản (dự kiến sẽ mua được của UBND thành phố) cho bị cáo Vũ. Bị cáo Vũ chịu trách nhiệm trả tiền mua nhà vào ngân sách thành phố và trả thêm cho các doanh nghiệp đứng tên mua một khoản tiền, dưới hình thức trả tiền hỗ trợ chi phí di dời, sửa chữa nhà. Tất cả các hợp đồng này đều được ký trước khi các doanh nghiệp là đối tượng đang thuê nhà công sản mua được nhà công sản từ UBND thành phố hoặc trước khi thanh lý hợp đồng mua bán nhà và chuyển quyền sử dụng đất giữa UBND thành phố với doanh nghiệp, toàn bộ số tiền mua nhà được bị cáo Vũ thanh toán trả vào ngân sách thành phố. Việc quan hệ, trao đổi với lãnh đạo UBND thành phố đều do bị cáo Vũ thực hiện. Đại diện Viện Kiểm sát nhấn mạnh, điều đó chứng tỏ bị cáo Vũ là người trực tiếp thực hiện việc mua các nhà công sản thông qua việc bàn bạc, thống nhất trước về cách thức thực hiện.
Thứ sáu, trong quá trình điều tra và tại phiên tòa bị cáo Minh khai nhận: Vào thời điểm bị cáo là Chủ tịch UBND thành phố Đà Nẵng (từ 2006 đến 2011), bị cáo biết Vũ là chủ một số doanh nghiệp kinh doanh bất động sản lớn trên địa bàn thành phố có tham gia đầu tư vào nhiều dự án bất động sản lớn. Bị cáo Minh thừa nhận “đã quyết định chuyển nhượng 17 nhà, đất thuộc sở hữu nhà nước ở thành phố Đà Nẵng có liên quan đến Vũ và các doanh nghiệp của Vũ”. Về nhận thức, bị cáo Minh khai: “Quyết định chuyển nhượng các nhà, đất thuộc sở hữu nhà nước thuộc thẩm quyền của tôi”, “UBND thành phố Đà Nẵng hỗ trợ để ông Phan Văn Anh Vũ phát triển tiềm lực kinh tế, đóng góp chung vào sự phát triển kinh tế của thành phố Đà Nẵng”.
Công tố viên khẳng định, bị cáo Minh và bị cáo Vũ không thể phủ nhận được rằng giữa các bị cáo đã biết rõ về nhau, hỗ trợ tạo điều kiện cho bị cáo Vũ thông qua việc giao đất, bán nhà công sản trái phép không qua đấu giá, giảm tiền sử dụng đất trong việc giao đất các dự án Công viên An Đồn, Dự án 1,5 ha đường Trường Sa, bán nhà 319 Lê Duẩn.
Từ việc phân tích các chứng cứ này, đại diện Viện Kiểm sát kết luận có đủ cơ sở để xác định giữa các bị cáo Trần Văn Minh, Phan Văn Anh Vũ và các bị cáo khác trong vụ án đã có sự câu kết, thống nhất cùng nhau thực hiện tội phạm “Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát, lãng phí” và tội “Vi phạm các quy định về quản lý đất đai”. Sự câu kết, thống nhất cùng thực hiện tội phạm của các bị cáo thể hiện thông qua phương thức, thủ đoạn thực hiện tội phạm, tính hệ thống của các hành vi phạm tội diễn ra liên tiếp trong một thời gian dài, có chung nhận thức chủ quan, chung ý chí và mục đích của việc thực hiện tội phạm.