Đồng thời, Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao truy tố các bị can: Nguyễn Đức Chung (cựu Chủ tịch UBND thành phố Hà Nội; Võ Tiến Hùng (Tổng Giám đốc Công ty Trách nhiệm hữu hạn Một thành viên Thoát nước Hà Nội) và Nguyễn Trường Giang (Giám đốc Công ty Trách nhiệm hữu hạn Thương mại Dịch vụ Arktic) về tội “ Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong thi hành công vụ” quy định tại khoản 3 Điều 356 Bộ Luật Hình sự 2015 (sửa đổi, bổ sung năm 2017).
Theo cáo trạng, năm 2016, UBND thành phố Hà Nội đã chỉ đạo các đơn vị liên quan triển khai thực hiện công tác xử lý, cải tạo, khắc phục ô nhiễm nước các sông, hồ trên địa bàn thành phố bằng cách tìm kiếm các công nghệ tiên tiến phù hợp để xử lý ô nhiễm nước hồ trên địa bàn. Nguyễn Đức Chung khi đó là Chủ tịch UBND thành phố Hà Nội đã lựa chọn công nghệ xử lý nước ô nhiễm của Công ty Watch Water (Đức), tổ chức đoàn thăm quan, thử nghiệm, đặt hàng sản xuất ra chế phẩm Redoxy-3C để sử dụng vào việc xử lý ô nhiễm nước tại thành phố Hà Nội.
Nguyễn Đức Chung đã chỉ đạo Võ Tiến Hùng, Tổng Giám đốc Công ty TNHH MTV Thoát nước Hà Nội (doanh nghiệp 100% vốn Nhà nước do UBND thành phố Hà Nội thành lập, là đơn vị có chức năng xử lý ô nhiễm nước hồ) mua chế phẩm này thông qua Công ty Arktic, công ty trung gian do Nguyễn Trường Giang làm Giám đốc (công ty của gia đình) với động cơ vụ lợi.
Cụ thể, Công ty Arktic do bà Nguyễn Thị Trúc Chi Hoa (vợ bị can Nguyễn Đức Chung) bỏ 100% vốn (5 tỉ đồng) và lấy tên con trai Nguyễn Đức Hạnh đứng tên trong giấy đăng ký kinh doanh. Tiếp đó bà Hoa nhờ một người khác đứng tên sở hữu 40% vốn điều lệ thay cho gia đình bị can Chung, còn bị can Nguyễn Trường Giang đứng tên sở hữu 60% vốn điều lệ. Quá trình hoạt động, vợ ông Chung nhiều lần làm giả hồ sơ để thay đổi thành viên góp vốn. Viện Kiểm sát cáo buộc hành vi phạm tội của ông Chung có động cơ vụ lợi về cho công ty gia đình.
Viện Kiểm sát xác định hành vi của ông Nguyễn Đức Chung và các bị can gây thiệt hại nghiêm trọng đến tài sản của Nhà nước với tổng giá trị thiệt hại là hơn 36 tỉ đồng.