Hội đồng xét xử gồm 5 người: 2 thẩm phán và 3 hội thẩm nhân dân, trong đó thẩm phán Vũ Xuân Văn (Chánh Tòa Hình sự, Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội) làm chủ tọa phiên tòa. Ba kiểm sát viên của Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao và Viện Kiểm sát nhân dân thành phố Hà Nội được phân công thực hành quyền công tố và kiểm sát xét xử sơ thẩm tại phiên tòa.
Trong vụ án này, bị cáo Trần Tùng (sinh năm 1978, nguyên Phó Giám đốc Sở Ngoại vụ tỉnh Thái Nguyên) bị truy tố về tội “Nhận hối lộ” và "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ".
Năm bị cáo bị đưa ra xét xử về hành tội “Nhận hối lộ” gồm: Trần Thị Quyên (sinh năm 1986, Giám đốc Công ty Sen vàng Đất Việt), Lê Thị Phượng (sinh năm 1969, nguyên chuyên viên Phòng khoa giáo Văn xã, Văn phòng UBND tỉnh Hải Dương), Nguyễn Văn Văn (sinh năm 1965, nguyên Phó giám đốc Sở Y tế tỉnh Quảng Nam), Lê Ngọc Tường (sinh năm 1979, nguyên Phó giám đốc Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch tỉnh Quảng Nam), Nguyễn Mạnh Trường (sinh năm 1980, nguyên chuyên viên Phòng vận tải hàng không, Cục Hàng không Việt Nam, Bộ Giao thông vận tải).
Có 10 bị cáo bị truy tố tội “Đưa hối lộ” gồm: Vũ Hồng Quang (sinh năm 1977, nguyên Phó Phòng vận tải hàng không, Cục Hàng không Việt Nam, Bộ Giao thông vận tải), Trần Thanh Nhã (sinh năm 1991, trú tại TP Hồ Chí Minh), Vũ Hoàng Dũng (sinh năm 1987, trú tại Hà Nội), Nguyễn Mạnh Cương (sinh năm 1977, Trưởng Phòng thương mại điện tử Công ty Cổ phần thương mại hàng không Vietjet), Đặng Nhật Đức (sinh năm 1975, Giám đốc Công ty trách nhiệm hữu hạn Top Agent Japan), Bùi Đăng Khoa (sinh năm 1984, Giám đốc Công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên Du ngoạn thế giới), Trương Thị Mỹ Dung (sinh năm 1972, Giám đốc Công ty trách nhiệm hữu hạn Một thành viên Thương mại Dịch vụ Du lịch Ánh Sao Thiên), Phạm Quốc Thắng (sinh năm 1977, Giám đốc Công ty trách nhiệm hữu hạn PNR), Trần Thị Ngân (sinh năm 1984, Chủ tịch Hội đồng quản trị Công ty trách nhiệm hữu hạn Thương mại và Dịch vụ Anna Travel) và Trần Minh Phụng (sinh năm 1970, Giám đốc Công ty trách nhiệm hữu hạn Thương mại Dịch vụ du lịch và Xây dựng Gia Huy).
Riêng bị cáo Nguyễn Xuân Thông (sinh năm 1975, trú tại Hà Nội) bị đưa ra xét xử về tội “Che giấu tội phạm”.
Hiện, có gần 20 luật sư đăng ký tham gia bào chữa cho các bị cáo. Trong đó, bị cáo Trần Tùng có 3 luật sư bào chữa, bị cáo Vũ Hồng Quang có 2 luật sư bào chữa. Hai bị cáo là Vũ Văn Văn và Lê Ngọc Tường không mời luật sư bào chữa và cũng không thuộc diện phải chỉ định luật sư bào chữa.
Theo cáo trạng của Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao, khi dịch COVID-19 bùng phát và diễn biến phức tạp, Chính phủ đã chỉ đạo tổ chức các chuyến bay đưa công dân Việt Nam từ nước ngoài về nước để phòng chống dịch. Chính phủ giao cho Văn phòng Chính phủ, Tổ công tác của một số bộ, ngành và địa phương thực hiện quy trình cấp phép chuyến bay và cho chủ trương cách ly.
Lợi dụng chủ trương của Đảng, Nhà nước và chức vụ quyền hạn được giao, một số cá nhân tại UBND các tỉnh, thành phố đã thỏa thuận đưa/nhận hối lộ, làm trái công vụ để tham mưu, đề xuất chấp thuận chủ trương cho các doanh nghiệp đưa công dân về nước cách ly y tế tại địa phương.
Các bị cáo còn trực tiếp hoặc qua trung gian móc nối, thỏa thuận với cán bộ thuộc Bộ Y tế đưa hối lộ/nhận hối lộ với số tiền lớn để có văn bản chấp thuật, xét duyệt cho công dân (khách lẻ) về trên các chuyến bay đơn lẻ.
Ngoài ra, có bị cáo lợi dụng vị trí công tác hướng dẫn, xúi giục người liên quan khai báo gian dối, che giấu tội phạm, gây cản trở việc điều tra, làm rõ tội phạm của cơ quan chức năng.
Cụ thể, bị cáo Trần Tùng đã nhận hối lộ 3 lần với tổng số tiền hơn 4,4 tỷ đồng. Ngoài ra, Tùng còn lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ, làm trái công vụ để tham mưu, đề xuất UBND tỉnh Thái Nguyên trong việc thực hiện 7 chuyến bay của bà Bùi Thị Kim Phụng, hưởng lợi số tiền hơn 3,2 tỷ đồng.
Bị cáo Nguyễn Văn Văn đã nhận hối lộ 5 lần, tổng số tiền 450 triệu đồng. Bị cáo Lê Ngọc Tường đã nhận hối lộ 4 lần, tổng số 400 triệu đồng. Bị cáo Nguyễn Mạnh Trường (cựu chuyên viên Phòng Vận tải hàng không, Cục Hàng không Việt Nam, Bộ Giao thông vận tải) nhận hối lộ 4 lần, tổng số 244 triệu đồng…
Đối với bị cáo Nguyễn Xuân Thông, cáo trạng nêu rõ bị cáo Thông không hứa hẹn trước nhưng khi biết Trần Minh Tuấn (đã bị xử lý ở giai đoạn 1 của vụ án) có hành vi đưa hối lộ mà vẫn hướng dẫn Tuấn khai báo gian dối để che giấu hành vi phạm tội.
Hành vi của bị cáo Thông bị Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao xác định là đã gây cản trở việc điều tra, truy tố, xét xử vụ án “Đưa hối lộ, Nhận hối lộ, Môi giới hối lộ, Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ, Lừa đảo chiếm đoạt tài sản” xảy ra tại Bộ Ngoại giao, Hà Nội và các tỉnh, thành phố khác (vụ án “chuyến bay giải cứu” giai đoạn 1).