Ra tòa với bị cáo Nguyễn Đức Chung (sinh năm 1967) còn có 2 bị cáo: Nguyễn Trường Giang (sinh năm 1984, nguyên Giám đốc Công ty trách nhiệm hữu hạn Thương mại Dịch vụ Arktic - Công ty Arktic) và Võ Tiến Hùng (sinh năm 1967, nguyên Tổng Giám đốc Công ty trách nhiệm hữu hạn Một thành viên Thoát nước Hà Nội) cùng bị Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao truy tố về tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ” theo quy định tại Điều 356, khoản 3 – Bộ luật Hình sự năm 2015.
Hội đồng xét xử gồm 3 người: 1 thẩm phán, 2 hội thẩm nhân dân, do thẩm phán Trần Nam Hà (Phó Chánh Tòa Hình sự, Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội) làm chủ tọa phiên tòa. Hai kiểm sát viên của Viện Kiểm sát nhân dân thành phố Hà Nội và một kiểm sát viên của Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao (biệt phái về Viện Kiểm sát nhân dân thành phố Hà Nội trong thời gian diễn ra phiên xử) thực hành quyền công tố, kiểm sát xét xử sơ thẩm tại phiên tòa.
Có 11 luật sự sẽ tham gia bào chữa cho 3 bị cáo, trong đó riêng bị cáo Nguyễn Đức Chung có 5 luật sư tham gia bào chữa.
Trong vụ án này, Hội đồng xét xử đã triệu tập đại diện Công ty trách nhiệm hữu hạn Một thành viên Thoát nước Hà Nội với tư cách là nguyên đơn dân sự. Tòa cũng triệu tập 5 cá nhân, tổ chức có quyền lợi nghĩa vụ liên quan, trong đó có UBND thành phố Hà Nội, Công ty trách nhiệm hữu hạn Thương mại và Dịch vụ Arktic, bà Nguyễn Thị Trúc Chi Hoa (vợ bị cáo Nguyễn Đức Chung). Người bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp cho bà Hoa là luật sư Giang Hồng Thanh, thuộc Văn phòng luật sư Giang Thanh - Đoàn luật sư thành phố Hà Nội.
Theo cáo trạng, để định hướng việc mua chế phẩm Redoxy 3C của Cộng hòa Liên bang Đức thay thế hóa chất đang sử dụng, từ tháng 5/2016, bị cáo Nguyễn Đức Chung đã cử Đoàn công tác đi Cộng hòa Liên bang Đức để làm việc, đàm phán, đặt hàng với Watch Water GmbH và quyết định lựa chọn chế phẩm Redoxy 3C.
Bị cáo Chung đã yêu cầu dừng việc xử lý ô nhiễm nước hồ theo công nghệ cũ khi chưa thực hiện thử nghiệm (quy trình thử nghiệm xử lý ô nhiễm nước hồ theo đề án trước đây quy định phải thử nghiệm 12 tháng) và chưa có cơ quan thẩm quyền đánh giá tính hiệu quả chế phẩm Redoxy 3C.
Thời điểm đó, bị cáo Nguyễn Trường Giang không phải là cán bộ của UBND thành phố Hà Nội, nhưng suốt quá trình đi thăm, làm việc, khảo sát, trao đổi, đàm phán với đối tác để sản xuất, sử dụng chế phẩm Redoxy 3C, bị cáo Giang được cựu Chủ tịch UBND thành phố Hà Nội cử đi cùng như cán bộ của UBND thành phố Hà Nội. Việc này nhằm tạo vị thế cho bị cáo Giang để sau đó bị cáo Giang ký độc quyền nhập khẩu chế phẩm Redoxy 3C từ Watch Water GmnH và bán cho UBND thành phố Hà Nội do chính UBND thành phố Hà Nội đặt hàng.
Kết quả điều tra cho thấy, Công ty Arktic có vốn điều lệ 5 tỷ đồng, do ông Giang nắm 60% cổ phần, một cá nhân khác 40%. Tuy nhiên, cả hai người này đều đứng tên sở hữu cổ phần thay bà Nguyễn Thị Trúc Chi Hoa - vợ bị cáo Chung.
Theo chỉ đạo của bị cáo Nguyễn Đức Chung, Công ty Arktic được độc quyền phân phối chế phẩm Redoxy. Từ năm 2016 đến 2019, công ty này đã ký 15 hợp đồng bán tổng cộng 489 tấn chế phẩm làm sạch nước cho Công ty trách nhiệm hữu hạn Một thành viên Thoát nước Hà Nội. Công ty Arktic mua lượng chế phẩm này từ hãng Watch Water với giá 115 tỷ đồng sau đó bán lại với giá 151 tỷ đồng, hưởng lợi 36 tỷ đồng.