Theo đó, Hội đồng xét xử Tòa án nhân dân cấp cao tại Đà Nẵng không chấp nhận kháng cáo của các bị cáo và xử phạt bị cáo Trương Huy Liệu, Phó Giám đốc Công ty Ngọc Hưng, bảy năm tù vì tội buôn lậu và phạt tiền 30 triệu đồng để nộp vào ngân sách Nhà nước; bị cáo Trần Thị Dung, Giám đốc Công ty Ngọc Hưng, ba năm tù vì tội buôn lậu nhưng cho hưởng án treo và bị phạt 20 triệu đồng để nộp vào ngân sách Nhà nước; hai bị cáo Đỗ Lý Nhi và Lê Xuân Thành bị xử phạt chín tháng tù do thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng nhưng cho hưởng án treo.
Bị cáo Đỗ Lý Nhi, Lê Xuân Thành, Trương Huy Liệu (người thứ 3 từ trái sang phải) và Trần Thị Dung (nữ) nghe tòa tuyên án tại buổi xử.
Tòa án nhân dân cấp cao tại Đà Nẵng quyết định tịch thu và nộp ngân sách nhà nước hơn 4,1 tỷ đồng trong tổng số tiền bán đấu giá lô gỗ hơn 63 tỷ đồng. Số tiền còn lại - hơn 59,6 tỷ đồng, được chuyển cho Tổng cục Hải quan để xem xét xử lý về hành vi vi phạm hành chính do Công ty Ngọc Hưng khai sai thực tế về tên hàng theo quy định.
Trước đó, sau phiên tòa sơ thẩm ngày 23/8/2108 các bị cáo Trương Huy Liệu, Trần Thị Dung, Đỗ Lý Nhi và Lê Xuân Thành có kháng cáo kêu oan, phủ nhận hành vi buôn lậu.
Theo cáo trạng, bị cáo Trương Huy Liệu (sinh ngày 12/12/1958, trú tại số nhà 111, khóm Trung Chín, thị trấn Lao Bảo, huyện Hướng Hóa, tỉnh Quảng Trị), Phó Giám đốc, và vợ là bị cáo Trần Thị Dung (sinh ngày 1/12/1961, trú ở cùng số nhà 111, khóm Trung Chín), Giám đốc Công ty Ngọc Hưng, bị buộc tội làm giả hồ sơ, tài liệu, con dấu để buôn lậu gỗ từ Lào về Việt Nam, sau đó xuất khẩu đi Trung Quốc với khối lượng khoảng 614 m3 gỗ trắc và giáng hương, trị giá hơn 63 tỷ đồng. Cả hai bị cáo đều phủ nhận hành vi buôn lậu cũng như làm giả các giấy tờ có liên quan. Bị cáo Đỗ Lý Nhi (sinh ngày 25/10/1972, trú ở khu phố Trung Chỉ, phường Đông Lương, thành phố Đông Hà, tỉnh Quảng Trị) và Lê Xuân Thành (sinh ngày 21/7/1962, trú tại số nhà 364 Lê Duẩn, phường Đông Lương, thành phố Đông Hà, tỉnh Quảng Trị), công chức hải quan Chi cục Hải quan Cảng Cửa Việt, được giao nhiệm vụ kiểm hóa lô hàng gỗ xuất khẩu theo tờ khai hải quan số 849/XK/KD/C32D ngày 19/12/2011 của Công ty Ngọc Hưng nhưng thực hiện không đúng, không đầy đủ quy định về địa điểm, trình tự, thủ tục kiểm tra hàng hóa xuất khẩu và đã đề xuất cho thông quan đối với lô hàng buôn lậu của Công ty Ngọc Hưng.
Bị cáo Đỗ Danh Thắng (sinh ngày 10/10/1955, trú ở số nhà 16 Lê Vĩnh Huy, phường Hòa Cường Bắc, quận Hải Châu, thành phố Đà Nẵng), Chi cục trưởng Chi cục Hải quan Cảng Đà Nẵng, được giao nhiệm vụ tổ chức việc khám xét theo thủ tục hành chính đối với lô hàng gỗ xuất khẩu có vi phạm của Công ty Ngọc Hưng nhưng đã thực hiện không đúng, không đầy đủ các quy định về trình tự, thủ tục áp dụng biện pháp khám xét theo thủ tục hành chính trong lĩnh vực Hải quan nên không phát hiện được hành vi buôn lậu của Công ty Ngọc Hưng.
Trong phiên tòa xét xử sơ thẩm ngày 23/8/2018 Tòa án nhân dân thành phố Đà Nẵng đã tuyên phạt bị cáo Trương Huy Liệu 1 năm 16 ngày tù (bằng thời gian tạm giam), bị cáo Trần Thị Dung 9 tháng tù cho hưởng án treo. Với ba bị cáo nguyên là công chức hải quan, Hội đồng xét xử tuyên bị cáo Đỗ Lý Nhi và Lê Xuân Thành cùng mức án 9 tháng tù cho hưởng án treo, bị cáo Đỗ Danh Thắng 6 tháng tù cho hưởng án treo.