Theo Ủy ban Kiểm tra Tỉnh ủy Đắk Nông, với trách nhiệm là Huyện ủy viên, Phó Chủ tịch UBND huyện được phân công phụ trách lĩnh vực tài nguyên và môi trường, ông Nguyễn Hữu Huân có một số khuyết điểm, vi phạm quy định về quản lý đất đai.
Cụ thể, năm 2013, ông Huân đã ký quyết định công nhận quyền sử dụng đất và cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất cho một số hộ gia đình, cá nhân trên diện tích được giao về địa phương quản lý theo Quyết định 139/QĐ-UBND, ngày 24/01/2008 của Ủy ban nhân dân tỉnh Đắk Nông trước khi được UBND tỉnh Đắk Nông ban hành Quyết định số 825/QĐ-UBND, ngày 17/6/2014 về việc phê duyệt Quy hoạch sử dụng đất của huyện đến năm 2020 và kế hoạch sử dụng đất 5 năm kỳ đầu (2011-2015); trước khi UBND tỉnh ban hành Kế hoạch số 437/KH-UBND, ngày 10/10/2014 về việc “quản lý và bố trí sử dụng 63.057 ha đất có nguồn gốc lấn chiếm đất rừng từ ngày 01/7/2004 đến ngày 01/01/2010 đã được UBND tỉnh thu hồi từ các Nông, Lâm trường giao về cho các địa phương quản lý và bố trí sử dụng”.
Trong các năm 2015 và 2016, ông Huân đã ký quyết định công nhận quyền sử dụng đất và cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất cho một số hộ gia đình, cá nhân trên diện tích được giao về địa phương quản lý theo Quyết định 139 trước khi được UBND tỉnh Đắk Nông giao chỉ tiêu cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất để thực hiện Kế hoạch 437.
Ngoài ra, ông Huân còn ký các quyết định công nhận quyền sử dụng đất và cấp 02 Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất tại Bon Đăk Huých, xã Quảng Trực, huyện Tuy Đức cho hộ ông Hà Đăng Sỹ chồng lên diện tích đất đã được UBND tỉnh cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất cho Binh đoàn 16 là sai với quy định Luật Đất đai năm 2013 và Thông tư số 25/2014/TT-BTNMT, ngày 19/5/2014 của Bộ Tài nguyên và Môi trường quy định về bản đồ địa chính.