Đồng thời, cơ quan chức năng ra Quyết định khởi tố bị can và Lệnh khám xét đối với 15 bị can, trong đó:
Ra lệnh bắt bị can để tạm giam đối với 9 bị can, gồm: Vũ Liên Oanh, nguyên Giám đốc Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Quảng Ninh; Ngô Vui, nguyên Trưởng phòng Kế hoạch Tài chính; Hà Huy Long, nguyên Phó phòng Kế hoạch Tài chính; Trần Ngọc Thắng và Trần Thị Thanh Xuân, nguyên Tổng Giám đốc Công ty MQF; Ngô Mạnh Hùng, nguyên Phó Tổng Giám đốc Công ty MQF; Lê Long Hải và Lê Đại Tấn, Chuyên viên Công ty NSJ; Vũ Ngọc Minh, Giám đốc Công ty Thẩm định giá Gia Lộc.
Ra lệnh tạm giam đối với bị can Hoàng Thị Thúy Nga, (hiện đang bị tạm giam tại Trại tạm giam Công an tỉnh Phú Thọ).
Ra lệnh cấm đi khỏi nơi cư trú đối với 5 bị can, gồm: Phạm Thị Hạnh, nguyên Phó trưởng phòng Kế hoạch tài Chính, Sở Giáo dục và Đào tạo; Phạm Việt Anh, Phó trưởng phòng Dự án; Hoàng Thị Minh Tâm, nhân viên Phòng Dự án, Công ty MQF; Hà Thị Thu Huyền, thẩm định viên và Phạm Đức Chính, nhân viên Công ty Thẩm định giá Gia Lộc.
Ngay sau khi được Viện kiểm sát nhân dân tối cao phê chuẩn, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã phối hợp với Viện kiểm sát nhân dân tối cao thi hành các quyết định, lệnh nêu trên theo đúng quy định của pháp luật. Hiện Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đang khẩn trương điều tra triệt để, mở rộng vụ án và áp dụng các biện pháp theo luật định để thu hồi tài sản cho Nhà nước.