Theo đó, đại diện Viện Kiểm sát đã đề nghị Hội đồng xét xử tuyên phạt các bị cáo: Cao Minh Quang (sinh năm 1956, cựu Thứ trưởng Bộ Y tế) từ 30 - 36 tháng tù treo, Dương Huy Liệu (sinh năm 1948, cựu Vụ trưởng Vụ Kế hoạch Tài chính Bộ Y tế) từ 24 - 30 tháng tù treo, Nguyễn Nam Liên (sinh năm 1970, cựu Phó Vụ trưởng Vụ Kế hoạch Tài chính Bộ Y tế, Phó trưởng Ban Quản lý thực hiện kế hoạch phòng, chống dịch cúm A-H5N1, Bộ Y tế) 24 - 30 tháng tù, Phạm Thị Minh Nga (sinh năm 1972, chuyên viên Vụ Kế hoạch Tài chính Bộ Y tế, cựu Kế toán trưởng Ban Quản lý thực hiện kế hoạch phòng, chống dịch cúm A - H5N1, Bộ Y tế) 18 - 24 tháng tù treo và Nguyễn Việt Hùng (sinh năm 1956, cựu Phó Cục trưởng Cục Quản lý Dược, Bộ Y tế) 30 - 36 tháng tù về cùng tội "Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng" theo quy định tại Điều 285, khoản 2 - Bộ luật Hình sự năm 1999. Riêng bị cáo Hùng do đã bị tuyên phạt 3 năm tù trong một bản án trước đó, nên đại diện Viện Kiểm sát đề nghị Hội đồng xét xử tổng hợp hình phạt chung đối với bị cáo Hùng là từ 5 năm 6 tháng tù đến 6 năm tù.
Ba bị cáo còn lại gồm: Lương Văn Hóa (sinh năm 1957, cựu Tổng Giám đốc Công ty Cổ phần Dược phẩm Cửu Long) bị đại diện Viện Kiểm sát đề nghị từ 9 - 10 năm tù; Nguyễn Văn Thanh Hải (sinh năm 1967, cựu Kế toán trưởng Công ty Cổ phần Dược phẩm Cửu Long) và Ngô Hữu Hiếu Nghĩa (sinh năm 1952, cựu Giám đốc Chi nhánh Thành phố Hồ Chí Minh, kiêm Giám đốc điều hành phòng xuất nhập khẩu thuộc Công ty Cổ phần Dược phẩm Cửu Long) đều bị đề nghị từ 6 - 7 năm tù về cùng tội "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ" theo quy định tại Điều 356, khoản 3 - Bộ luật Hình sự năm 2015, sửa đổi, bổ sung năm 2017.
Bản luận tội nêu rõ: Thực hiện Quyết định số 1259/QĐ-TTg ngày 24/11/2005 của Thủ tướng Chính phủ về việc phê duyệt “Kế hoạch dự trữ quốc gia thuốc Tamiflu và sản xuất thuốc Oseltamivir Phosphate để phòng, chống cúm do vi rút cúm A-H5N1 tại Việt Nam”, Bộ Y tế được giao nhiệm vụ tổ chức triển khai, chỉ đạo, giám sát việc sản xuất thuốc, dự trữ thuốc theo kế hoạch đã phê duyệt, đồng thời phối hợp với Bộ Tài chính thẩm định và phê duyệt giá thành sản phẩm thuốc có hoạt chất Oseltamivir sản xuất trong nước và giá thuốc nhập khẩu trên cơ sở giá thuốc mua đã được Bộ Tài chính thông báo tại Công văn số 07/BTC-QL ngày 16/11/2006.
Bộ Y tế giao kế hoạch và đặt hàng Công ty Cổ phần Dược phẩm Cửu Long (Công ty CPDP Cửu Long) sản xuất thuốc Oseltamivir từ nguồn nguyên liệu nhập khẩu theo hình thức ký và thực hiện các Hợp đồng kinh tế. Theo quy định của pháp luật về quản lý giá hàng hóa, dịch vụ do Nhà nước đặt hàng sản xuất bằng nguồn ngân sách Nhà nước, Công ty CPDP Cửu Long phải chấp hành cơ chế quản lý giá và các mức giá do cơ quan Nhà nước có thẩm quyền quy định. Quá trình thực hiện kế hoạch sản xuất thuốc, Công ty CPDP Cửu Long được giảm giá mua nguyên liệu. Với động cơ vụ lợi, Lương Văn Hóa đã lợi dụng chức vụ quyền hạn chỉ đạo Nguyễn Văn Thanh Hải hạch toán trái nguyên tắc kế toán; chỉ đạo Ngô Hữu Hiếu Nghĩa lập thư giãn nợ để che giấu việc kiểm tra, thanh tra; đồng thời chỉ đạo Nguyễn Văn Thanh Hải, Ngô Hữu Hiếu Nghĩa hợp thức hồ sơ thanh toán che giấu nhằm giữ lại số tiền giảm giá mua nguyên liệu hơn 3,8 triệu USD (tương đương trên 61 tỷ đồng) để sử dụng, gây thiệt hại cho ngân sách Nhà nước.
Viện Kiểm sát đánh giá, trong số các bị cáo, bị cáo Lương Văn Hóa (nguyên là Chủ tịch Hội đồng quản trị kiêm Tổng Giám đốc Công ty CPDP Cửu Long) là người chịu trách nhiệm chính trong việc thực hiện Hợp đồng sản xuất thuốc với Bộ Y tế. Bị cáo Lương Văn Hóa biết rõ các quy định của pháp luật về việc quản lý giá đối với hàng hóa, dịch vụ do Nhà nước đặt hàng bằng nguồn ngân sách Nhà nước và điều khoản của Hợp đồng sản xuất thuốc với Bộ Y tế. Công ty CPDP Cửu Long được giảm giá mua nguyên liệu nhưng bị cáo Hóa đã chỉ đạo đồng phạm hạch toán kế toán trái quy định, lập thư giãn nợ, hợp thức hồ sơ thanh toán báo cáo sai sự thật với Bộ Y tế che giấu việc giảm giá mua nguyên liệu, nhằm giữ lại số tiền hơn 3,8 triệu USD để sử dụng tại Công ty. Trong đó, Lương Văn Hóa hưởng lợi hơn 580 triệu đồng tiền chia cổ tức và 430 triệu đồng tiền thù lao. Hành vi của Lương Văn Hóa đã phạm vào tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”.
Đối với cựu Thứ trưởng Bộ Y tế Cao Minh Quang, đại diện Viện Kiểm sát xác định, sau khi kiểm tra theo chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ, bị cáo Cao Minh Quang biết Công ty CPDP Cửu Long chưa thanh toán số tiền hơn 3,8 triệu USD mua nguyên liệu nhưng không chỉ đạo tiếp tục kiểm tra, làm rõ. Sau đó, Bộ Tài chính có Công văn đề nghị Bộ Y tế tiếp tục kiểm tra làm rõ bản chất số tiền Công ty CPDP Cửu Long chậm trả nhà cung cấp nguyên liệu hay đã được giảm giá để có biện pháp thu hồi cho Nhà nước. Tuy nhiên, bị cáo Cao Minh Quang không thực hiện đầy đủ chức trách, nhiệm vụ được giao, không kiểm tra, giám sát, gây thiệt hại hơn 3,8 triệu USD cho Nhà nước, phạm vào tội “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng”.
Đại diện Viện Kiểm sát khẳng định, việc truy tố các bị cáo trong vụ án về các tội danh: “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”, “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng” là đúng người, đúng tội, đúng pháp luật.
Tại phiên tòa sáng 22/11, bị cáo Cao Minh Quang đã gửi Hội đồng xét xử đơn xin vắng mặt tại phiên tòa do sức khỏe yếu, hiện tại bị cáo Quang đang phải điều trị các bệnh: U não vùng xoang hang trái, suy tim, thoát vị đĩa đệm… Hội đồng xét xử thấy việc xin vắng mặt tại phiên tòa của bị cáo Cao Minh Quang là có căn cứ nên đã chấp thuận đơn xin vắng mặt.
Chiều 22/11, phiên tòa tiếp tục với phần tranh luận của các luật sư bào chữa, các bị cáo với phần luận tội của đại diện Viện Kiểm sát.