Có 9 bị cáo bị đưa ra xét xử tại vụ án này; trong đó có 5 bị cáo là cựu cán bộ, lãnh đạo của Bộ Y tế, gồm: Cao Minh Quang (sinh năm 1956, cựu Thứ trưởng Bộ Y tế), Dương Huy Liệu (sinh năm 1948, cựu Vụ trưởng Vụ Kế hoạch Tài chính Bộ Y tế), Nguyễn Nam Liên (sinh năm 1970, cựu Phó Vụ trưởng Vụ Kế hoạch Tài chính Bộ Y tế, Phó Trưởng ban quản lý thực hiện kế hoạch phòng, chống dịch cúm A (H5N1) Bộ Y tế), Phạm Thị Minh Nga (sinh năm 1972, chuyên viên Vụ Kế hoạch Tài chính Bộ Y tế, cựu Kế toán trưởng Ban quản lý thực hiện kế hoạch phòng, chống dịch cúm A (H5N1) Bộ Y tế) và Nguyễn Việt Hùng (sinh năm 1956, cựu Phó Cục trưởng Cục Quản lý Dược, Bộ Y tế). Các bị cáo bị Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao truy tố về tội "Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng" theo quy định tại Điều 285, khoản 2 - Bộ luật Hình sự năm 1999.
Bốn bị cáo còn lại gồm: Lương Văn Hóa (sinh năm 1957, cựu Tổng Giám đốc Công ty Cổ phần Dược phẩm Cửu Long), Nguyễn Thanh Tòng (sinh năm 1959, cựu Phó Tổng Giám đốc Công ty Cổ phần Dược phẩm Cửu Long), Nguyễn Văn Thanh Hải (sinh năm 1967, cựu Kế toán trưởng Công ty Cổ phần Dược phẩm Cửu Long), Ngô Hữu Hiếu Nghĩa (sinh năm 1952, cựu Giám đốc Chi nhánh Thành phố Hồ Chí Minh, kiêm Giám đốc điều hành phòng xuất nhập khẩu thuộc Công ty Cổ phần Dược phẩm Cửu Long) bị Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao truy tố về tội "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ" theo quy định tại Điều 356, khoản 3 - Bộ luật Hình sự năm 2015, sửa đổi, bổ sung năm 2017.
Tổng số có 16 luật sư đăng ký bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp cho các bị cáo tại phiên tòa. Mời nhiều luật sư nhất là bị cáo Nguyễn Việt Hùng và bị cáo Ngô Hữu Hiếu Nghĩa đều có 4 luật sư bào chữa. Bị cáo Cao Minh Quang có 2 luật sư bào chữa.
Tuy nhiên, theo luật sư Võ Hồng Hiền (bào chữa cho bị cáo Nguyễn Thanh Tòng) cho biết: Trước khi diễn ra phiên tòa, bị cáo Nguyễn Thanh Tòng (sinh năm 1959, cựu Phó Tổng Giám đốc Công ty Cổ phần Dược phẩm Cửu Long) đã bị chết do mắc bệnh mãn tính.
Để chuẩn bị cho phiên tòa, Hội đồng xét xử đã triệu tập đại diện Bộ Y tế tới phiên tòa với tư cách là nguyên đơn dân sự; triệu tập đại diện Công ty cổ phần Dược phẩm Cửu Long, đại diện Tổng Công ty đầu tư và kinh doanh vốn Nhà nước (SCIC) cùng 5 người liên quan trong vụ án.
Theo cáo trạng của Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao, thực hiện kế hoạch dự trữ thuốc Tamiflu và sản xuất thuốc Oseltamivir phòng, chống dịch cúm A(H5N1) tại Việt Nam của Thủ tướng Chính phủ, trên cơ sở thông báo giá thành sản xuất thuốc Oseltamivir của Bộ Tài chính, Bộ Y tế giao kế hoạch và đặt hàng Công ty Cổ phần Dược phẩm Cửu Long (viết tắt là Công ty CPDP Cửu Long) sản xuất thuốc Oseltamivir từ nguồn nguyên liệu nhập khẩu theo hình thức ký và thực hiện các Hợp đồng kinh tế.
Về nguyên tắc, Công ty Cổ phần Dược phẩm Cửu Long phải chấp hành cơ chế quản lý giá và các mức giá do cơ quan Nhà nước có thẩm quyền quy định. Quá trình thực hiện kế hoạch sản xuất thuốc, Công ty Cổ phần Dược phẩm Cửu Long được giảm giá mua nguyên liệu nhưng với động cơ vụ lợi, Lương Văn Hóa đã lợi dụng, chức vụ quyền hạn chỉ đạo Nguyễn Văn Thanh Hải hạch toán trái nguyên tắc kế toán; chỉ đạo Ngô Hữu Hiếu Nghĩa lập thư giãn nợ để che giấu việc kiểm tra, thanh tra; đồng thời chỉ đạo Nguyễn Văn Thanh Hải, Ngô Hữu Hiếu Nghĩa hợp thức hồ sơ thanh toán che giấu nhằm giữ lại số tiền giảm giá mua nguyên liệu 3.848.000 USD (tương đương hơn 61 tỷ đồng) để sử dụng, gây thiệt hại cho ngân sách Nhà nước.
Các bị cáo: Dương Huy Liệu, Nguyễn Nam Liên và Phạm Thị Minh Nga được giao nhiệm vụ ký kết, theo dõi việc thực hiện, thanh quyết toán hợp đồng sản xuất thuốc giữa Bộ Y tế và Công ty Cổ phần Dược phẩm Cửu Long, quá trình thực hiện hợp đồng và khi thanh lý hợp đồng đã không xem xét, kiểm tra việc thực hiện điều khoản đàm phán, giảm giá mua nguyên liệu được quy định trong hợp đồng (không kiểm tra chứng từ thanh toán mua nguyên liệu; không yêu cầu báo cáo việc thực hiện điều khoản đàm phán giảm giá).
Cáo trạng xác định, bị cáo Cao Minh Quang được giao nhiệm vụ chỉ đạo định kỳ kiểm tra, đánh giá, tổng hợp tình hình mua, bảo quản, sử dụng thuốc Tamiflu, nguyên liệu Oseltamivir và sản xuất thuốc dự trữ theo Quyết định số 92/QĐ-BYT ngày 11/1/2008, nhưng bị cáo Cao Minh Quang đã thiếu trách nhiệm không thực hiện đầy đủ nhiệm vụ được giao, không chỉ đạo kiểm tra để làm rõ số tiền 3.848.000 USD Công ty Cổ phần Dược phẩm Cửu Long chưa thanh toán cho nhà cung cấp nguyên liệu nên không phát hiện được Công ty Cổ phần Dược phẩm Cửu Long đã giữ lại gây thiệt hại cho ngân sách Nhà nước.
