Trước đó, liên quan đến vụ án này, Cơ quan Cảnh sát điều tra, Bộ Công an đã ra quyết định khởi tố đối với các bị can: Đinh La Thăng (từng là Bộ trưởng Giao thông vận tải); Nguyễn Hồng Trường (từng là Thứ trưởng Bộ Giao thông vận tải) về tội "Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí" theo Điều 219, Bộ luật Hình sự năm 2015 và các bị can khác.
Cơ quan điều tra đã chuyển kết luận điều tra sang Viện Kiểm sát nhân dân tối cao đề nghị truy tố các bị can Đinh La Thăng, Nguyễn Hồng Trường, Đinh Ngọc Hệ (cựu Chủ tịch Hội đồng quản trị, cựu Tổng Giám đốc Công ty Thái Sơn) cùng 17 bị can khác.
Ông Đinh La Thăng bị kết luận là chủ mưu, cầm đầu
Theo kết luận điều tra, với vai trò Bộ trưởng là người đứng đầu được giao quản lý tài sản, trong đó có quyền thu phí cao tốc Thành phố Hồ Chí Minh – Trung Lương tại Bộ Giao thông vận tải, ông Đinh La Thăng nắm rõ các quy định pháp luật về quản lý tài sản Nhà nước và chuyển giao quyền thu phí, nhận thức rõ đây là tài sản đặc thù có giá trị đặc biệt lớn, cần tìm kiếm đối tác có năng lực tài chính để tối ưu hóa việc bán quyền thu phí.
Tuy nhiên, tháng 2/2012, sau khi được Thủ tướng có văn bản đồng ý chủ trương bán quyền thu phí, ông Thăng đã điện thoại cho Dương Tuấn Minh (Tổng Giám đốc Tổng Công ty Đầu tư phát triển và quản lý dự án hạ tầng giao thông Cửu Long) và chỉ đạo để công ty của Đinh Ngọc Hệ (dù là công ty thua lỗ, không có năng lực tài chính) mua quyền thu phí.
Quá trình thực hiện, ông Thăng biết toàn bộ hoạt động triển khai đề án, kết quả bán đấu giá được thực hiện không đúng quy định pháp luật để cho Công ty Yên Khánh của bị can Đinh Ngọc Hệ trúng đấu giá, phù hợp với giới thiệu ban đầu của ông Thăng. Ông Thăng cũng biết Công ty Yên Khánh đã kéo dài, không thanh toán tiền trúng đấu giá đúng thời hạn, vi phạm quy chế bán đấu giá và hợp đồng, phải bị chấm dứt trước thời hạn và chuyển giao quyền thu phí lại cho Nhà nước. Tuy nhiên, ông Đinh La Thăng không những không chỉ đạo chấm dứt trước hạn hợp đồng mà còn yêu cầu Dương Tuấn Minh để doanh nghiệp trả từ từ. Ngoài ra, ông Thăng còn bút phê đồng ý cho Công ty Yên Khánh làm nhà đầu tư xây dựng bổ sung 2 nút giao thông trên tuyến nối Tân Tạo – Chợ Đệm và đề nghị cho Công ty cấn trừ vào số tiền phải thanh toán theo hợp đồng quyền thu phí, tạo điều kiện cho Công ty hưởng lợi.
Cơ quan điều tra xác định, hành vi của ông Đinh La Thăng cấu thành tội "Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát lãng phí", với vai trò chủ mưu, cầm đầu.
Ký phê duyệt khi chưa thẩm định giá
Cũng theo kết luận điều tra, ông Nguyễn Hồng Trường, khi đó với vai trò Thứ trưởng Bộ Giao thông vận tải, Chủ tịch Hội đồng bán đấu giá quyền thu phí tuyến đường cao tốc Thành phố Hồ Chí Minh – Trung Lương, ông Trường bị xác định đã ký quyết định phê duyệt giá khởi điểm bán đấu giá quyền thu phí nhưng không thông qua hội đồng xác định giá hoặc thuê tổ chức thẩm định giá.
Ông Trường cũng ký quyết định cho phép Hội đồng bán chỉ định khi chỉ có 1 người tham gia đấu giá và trả giá bằng giá khởi điểm. Ngoài ra, ông Trường còn ký thông báo Công ty Yên Khánh và Công ty Khánh An đủ điều kiện tham gia đấu giá quyền thu phí cao tốc Thành phố Hồ Chí Minh – Trung Lương khi chưa thông qua ý kiến của các thành viên Hội đồng bán đấu giá. Khi Công ty Yên Khánh không thực hiện thanh toán đúng thời hạn, ông Trường không chỉ đạo chấm dứt hợp đồng mà còn ký 9 văn bản, chủ trì một cuộc họp chỉ đạo Tổng Công ty Cửu Long tiếp tục đôn đốc Công ty Yên Khánh trả tiền.
Hành vi của ông Trường vi phạm nhiều quy định pháp luật, gây thiệt hại tài sản cho Nhà nước. Cũng theo kết luận điều tra, trong quá trình điều tra, ông Nguyễn Hồng Trường đã thành khẩn khai báo hành vi phạm tội, hợp tác với cơ quan điều tra.
Trước đó, Thủ tướng Chính phủ quyết định thi hành kỷ luật bằng hình thức xóa tư cách nguyên Thứ trưởng Bộ Giao thông vận tải giai đoạn 2011-2015 và 2016-2017 đối với ông Nguyễn Hồng Trường do đã có vi phạm, khuyết điểm nghiêm trọng trong công tác; Ban Bí thư đã thi hành kỷ luật về Đảng.
Út trọc cùng đồng phạm chiếm đoạt hơn 725 tỷ đồng
Bị can Đinh Ngọc Hệ (Út "trọc"), với mục đích chiếm đoạt quyền thu phí nên ngay từ đầu đã có thủ đoạn gian dối, chỉ đạo nhân viên làm giả báo cáo từ lỗ thành lãi và làm giả xác nhận của đơn vị kiểm toán trong báo cáo tài chính năm 2001, năm 2002. Từ đó, công ty của Đinh Ngọc Hệ đủ điều kiện tham gia đấu giá mặc dù tình hình kinh doanh đang thua lỗ. Sau khi trúng đấu giá, do không có năng lực tài chính để trả theo hợp đồng, Đinh Ngọc Hệ đã kéo dài thời gian thanh toán tiền mua quyền thu phí. Quá trình thu phí, bị can Đinh Ngọc Hệ tiếp tục có hành vi gian dối, chỉ đạo mua và sử dụng phần mềm của Công ty Xuân Phi che giấu doanh thu, báo cáo không đúng thực tế.
Từ các hành vi gian dối này, bị can Đinh Ngọc Hệ với sự giúp sức của các đồng phạm chiếm đoạt hơn 725 tỷ đồng của Nhà nước.
Cơ quan điều tra xác định đủ căn cứ kết luận Đinh Ngọc Hệ có hành vi "Lừa đảo chiếm đoạt tài sản" với vai trò chủ mưu cầm đầu và "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn gây ảnh hưởng đối với người khác để trục lợi".