Theo đó, sau hai đợt kiểm tra và lấy mẫu nước tại các khu vực gần nhà máy, đến ngày 16/12/2019, tại báo cáo kết quả phúc tra số 538/BC-STNMT của Sở Tài nguyên và Môi trường Yên Bái cho thấy, trong 7 thông số được phân tích mẫu nước có 2 thông số vượt quá giới hạn cho phép của quy chuẩn Việt Nam. Đó là Oxy sinh học (BOD5) vượt 2,13 lần và Oxy hóa học (COD) vượt 2,75 lần. Theo nhận định của Sở Tài nguyên và Môi trường, các thông số vượt quy chuẩn là BOD5 và COD không phải là yếu tố gây ra hiện tượng nước hồ Nhân Nghĩa có màu xanh bất thường.
Ngoài ra, trong quá trình kiểm tra, phúc tra, Nhà máy Graphite Báo Đáp chưa hoàn thiện hệ thống rãnh thu gom, ngăn nước mưa khu vực xung quanh đổ vào công trình xử lý bùn thải, nước thải. Nhà máy chưa hoàn thiện và nộp lại hồ sơ đề nghị thay đổi công trình bảo vệ môi trường để Sở Tài nguyên và Môi trường xem xét báo cáo UBND tỉnh chấp thuận. Qua phúc tra cho thấy, nhà máy có xảy ra tình trạng nước rò rỉ từ hồ nước bùn thải của nhà máy chảy theo khe nước dẫn về hồ Nhân Nghĩa.
Kết luận kiểm tra, Sở Tài nguyên và Môi trường Yên Bái đề nghị UBND tỉnh Yên Bái tiếp tục yêu cầu Công ty Trách nhiệm hữu hạn thuộc Tập đoàn Graphite Việt Nam ngừng sản xuất tại Nhà máy Graphite Báo Đáp; có giải pháp ngăn nước từ công trình xử lý nước, bùn thải rò rỉ, chảy vào khe nước dẫn vào hồ Nhân Nghĩa. Bên cạnh đó, hoàn thành công trình ngăn toàn bộ nước mưa chảy tràn khu vực xung quanh, không cho đổ vào công trình xử lý nước và bùn thải của nhà máy trước ngày 31/3/2020; khẩn trương hoàn thiện và nộp lại hồ sơ đề nghị thay đổi công trình bảo vệ môi trường trước ngày 31/12/2019; báo cáo kết quả thực hiện, khắc phục tới UBND tỉnh Yên Bái thông qua Sở Tài nguyên và Môi trường để kiểm tra, đánh giá trước khi công ty đưa nhà máy hoạt động trở lại.
Trước đó, UBND tỉnh Yên Bái cũng đã có Công văn số 3167/UBND-TNMT ngày 7/11/2019, về việc thực hiện công tác bảo vệ môi trường tại Nhà máy Graphite Báo Đáp, huyện Trấn Yên. Theo đó, UBND tỉnh yêu cầu Công ty Trách nhiệm hữu hạn Tập đoàn Graphite Việt Nam ngừng sản xuất tại Nhà máy để tập trung khắc phục các tồn tại trong việc thực hiện quy định của pháp luật về bảo vệ môi trường theo yêu cầu của cơ quan quản lý nhà nước, địa phương thời gian qua.