Theo quy trình vận hành, vào mùa khô các cống thuộc vùng sản xuất ngọt của hệ thống thủy lợi Nam Bến Tre giai đoạn 1 được vận hành để lấy nước ngọt, ngăn mặn, tiêu thoát nước. Riêng vào mùa mưa, các cống thuộc vùng sản xuất ngọt được vận hành để lấy nước ngọt, ngăn mặn, ngăn lũ, triều cường, tiêu úng và thau chua rửa phèn.
Theo UBND tỉnh Bến Tre, mục tiêu của dự án hệ thống thủy lợi Nam Bến Tre giai đoạn 1 để cấp nước, kiểm soát mặn xâm nhập từ sông Hàm Luông và sông Cổ Chiên. Đồng thời, bảo vệ an toàn sản xuất cho 35.800 ha, với 274.431 người thụ hưởng trực tiếp thuộc hai huyện Mỏ Cày Nam và Thạnh Phú, tỉnh Bến Tre.
Ngoài ra, dự án còn khai thác có hiệu quả tiềm năng hiện có trong vùng, tạo tiền đề thuận lợi để tái cơ cấu ngành nông nghiệp và phát triển bền vững theo định hướng quy hoạch tổng thể phát triển kinh tế, xã hội của tỉnh Bến Tre. Cùng đó, dự án kết hợp đầu tư thủy lợi phát triển hạ tầng giao thông thủy bộ, phục vụ vận chuyển nông sản hàng hóa được thuận lợi, góp phần giảm chi phí sản xuất và tăng thêm lợi nhuận cho người dân.
Theo thiết kế, hệ thống thủy lợi Nam Bến Tre giai đoạn 1 có 26 công trình trực tiếp tham gia vận hành. Để thuận lợi cho quá trình vận hành, hệ thống thủy lợi Nam Bến Tre chia thành các cụm công trình như sau: cụm Nam Bến Tre 1 gồm các cống Tân Hương, cống Vàm Đồn, cống Bình Bát.
Cụm Nam Bến Tre 2 gồm các cống: Cái Bần, Cầu Tàu, Giồng Luông, Bà Hạp, Xẻo Vườn, Tám Dóc, Chà Là, Năm Lai, Cổ Rạng. Cụm Nam Bến Tre 3 gồm các cống Cái Lức, Bến Luông, Nhà Thờ, Tổng Can, Cái Bần, Rạch Mũi, Cái Cá, Cả Ráng Dòng, Cả Ráng Giữa, Cả Ráng Sâu, Tàng Dù, Bến Giông Nhỏ. Ngoài ra, dự án còn các công trình cống nội đồng trên kênh trục cấp ngọt Đồng Khởi - Chín Thước, Cả Chát Lớn - Phụ Nữ.
Phó Chủ tịch UBND tỉnh Bến Tre Nguyễn Minh Cảnh cho biết, UBND tỉnh giao Ban Quản lý dự án đầu tư xây dựng các công trình nông nghiệp và phát triển nông thôn bàn giao toàn bộ hồ sơ dự án, quy trình trình vận hành hệ thống thủy lợi Nam Bến Tre cho Công ty TNHH MTV Khai thác công trình thủy lợi tỉnh Bến Tre quản lý, khai thác vận hành theo đúng quy định hiện hành.
Theo ông Nguyễn Văn Điền, Giám đốc Ban Quản lý Dự án đầu tư xây dựng các công trình nông nghiệp và Phát triển nông thôn Bến Tre, để đảm bảo an ninh nguồn nước, thời gian tới, tỉnh sẽ tiếp tục thực hiện Dự án hoàn chỉnh hệ thống thủy lợi Nam và Bắc Bến Tre.
Trước mắt, để hoàn chỉnh cơ bản khép kín hệ thống thủy lợi Nam và Bắc Bến Tre vào năm 2025, tỉnh tranh thủ huy động nguồn vốn khoảng 1.200 tỷ đồng để thi công các công trình ngăn mặn
Theo Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Bến Tre, những năm gần đây, tỉnh thường xuyên phải đối mặt với nguy cơ xâm nhập mặn ngày càng nhiều hơn, sâu hơn và dài ngày hơn dưới tác động của biến đổi khí hậu.
Những năm qua, được sự quan tâm, hỗ trợ của chính phủ, các bộ, ngành Trung ương, tỉnh Bến Tre đã được đầu tư xây dựng một số công trình quan trọng thuộc dự án hệ thống thủy lợi Bắc-Nam Bến Tre, với tổng diện tích khoảng 194.800 ha đất được bảo vệ trước xâm nhập mặn.
Ngoài ra, các công trình cống đập Ba Lai, hồ chứa nước Kênh Lấp, huyện Ba Tri; nhiều tuyến đê sông, đê bao cục bộ, đê bao các cồn… được đầu tư đã phát huy hiệu quả ngăn mặn, trữ ngọt trên địa bàn tỉnh.