Bộ Công Thương đã nhận được nhiều văn bản của các doanh nghiệp kinh doanh xuất khẩu gạo phản ánh các bất cập về việc đăng ký tờ khai hải quan như: Không được thông báo về thời gian bắt đầu tiếp nhận tờ khai, nên không đăng ký kịp thời; không tiếp cận được hệ thống (báo lỗi) hoặc có trường hợp đã đăng ký được, nhưng sau đó lại bị mất tờ khai trên hệ thống…
Bộ Công Thương cũng đã có văn bản số 2683/BCT-XNK ngày 15/4 gửi Bộ Tài chính triển khai về việc thực hiện hạn ngạch xuất khẩu gạo trong tháng 4/2020 và đã chuyển Bộ Tài chính xử lý theo đúng chức năng, thẩm quyền.
Thực hiện ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ tại văn bản số 2827/VPCP-KTTH ngày 10/4/2020 của Văn phòng Chính phủ giao Bộ Công Thương báo cáo về phương án điều hành xuất khẩu gạo trong tháng 5/2020; phối hợp với Bộ Tài chính để thực hiện điểm 3 văn bản số 2827/VPCP-KTTH, Bộ Công Thương quyết định thành lập Đoàn kiểm tra liên ngành.
Đoàn kiểm tra gồm 10 thành viên, do Thứ trưởng Bộ Công Thương Trần Quốc Khánh làm Trưởng đoàn, ông Phan Văn Chinh, Cục trưởng, Cục Xuất nhập khẩu (Bộ Công Thương) làm Phó Trưởng đoàn, cùng các thành viên của Cục Xuất nhập khẩu (Bộ Công Thương), Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Tổng cục Hải quan (Bộ Tài chính), Cục An ninh kinh tế tổng hợp (Bộ Công an); Hiệp hội Lương thực Việt Nam...
Đoàn kiểm tra từ ngày 20 - 24/4, báo cáo Thủ tướng Chính phủ về tình hình xuất khẩu gạo tháng 4/2020 và phương án điều hành xuất khẩu gạo trong tháng 5/2020 theo chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ, sau đó tự giải thể khi kết thúc nhiệm vụ.