Về nông nghiệp hiện có 121.500 ha lúa, hoa màu bị ngập, hư hại (tập trung tại Thái Bình, Hải Phòng, Hải Dương, Hà Nội. Nam Định, Hưng Yên, Hà Nam, Bắc Ninh; 5.027 ha cây ăn quả bị hư hại (tập trung tại Hải Phòng, Thái Bình, Hưng Yên...).
Cùng với đó, có trên 1.000 lồng bè nuôi trồng thủy sản bị hư hỏng, cuốn trôi (chủ yếu ở Quảng Ninh).
Theo báo cáo nhanh từ Ban Chỉ huy phòng, chống thiên tai và tìm kiếm cứu nạn tỉnh Thái Bình, bão số 3 đã gây mưa lớn, gió mạnh, khiến 28.000 ha lúa bị thiệt hại 30 - 70%; có 27.000 ha bị thiệt hại trên 70%; và 18.000 ha lúa đổ bị úng ngập. Rau màu vụ Đông mới trồng và rau màu Hè chưa thu hoạch có 585 ha bị ảnh hưởng 30 - 70%; có 2.760 ha bị ảnh hưởng trên 70%; có 1.215 ha chuối bị ảnh hưởng 30 - 70%, và 170 ha bị ảnh hưởng trên 70%. Bão số 3 cũng làm một số tuyến kè bờ sông, bờ biển và một số tuyến kênh nội đồng bị sạt lở.
Theo báo cáo nhanh từ công tác trực ban phòng chống thiên tai của Cục Quản lý đê điều và Phòng, chống thiên tai, tính đến 6 giờ ngày 8/9, có 30 tàu loại nhỏ bị chìm tại nơi neo đậu (Quảng Ninh 25 tàu, Hải Phòng 5 tàu).
Vào khoảng 0 giờ 5 phút ngày 8/9, tại Xóm Chầm, xã Tân Minh huyện Đà Bắc, tỉnh Hòa Bình xảy ra vụ sạt lở đất vào 1 hộ gia đình gây sập đổ hoàn toàn căn nhà làm 4 người chết, 1 người bị thương. Hiện, công tác cứu hộ đang được tiến hành.
Trung tâm Dự báo khí tượng thủy văn Quốc gia dự báo, hiện nay bão đã suy yếu thành áp thấp nhiệt đới và tan dần trên khu vực phía Tây Bắc Bộ, song hoàn lưu của bão còn tiếp tục gây mưa lớn đến hết ngày 9/9 cho các tỉnh Bắc Bộ, nhất là khu vực Tây Bắc với lượng mưa phổ biến từ 100 - 200 mm, cục bộ có nơi đến 350 mm. Nguy cơ cao xảy ra lũ trên các sông suối và lũ quét, sạt lở đất tại một số địa phương.
Theo Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, mặc dù đã sớm nắm bắt diễn biến của bão và chỉ đạo từ sớm, từ xa từ khi bão mới hình thành, các địa phương đã vào cuộc sớm, quyết liệt và chủ động trong thông tin cảnh báo đến người dân về diễn biến của bão, cũng như công tác chuẩn bị ứng phó để giảm thiểu thiệt hại; nhưng đây là cơn bão rất mạnh, đổ bộ với thời gian lưu bão dài và duy trì cường độ gió bão, gió giật rất mạnh nên thiệt hại vẫn còn rất lớn, nhất là tài sản.
Để sớm ổn định đời sống của nhân dân, khôi phục sản xuất, đồng thời triển khai ứng phó với mưa lớn sau bão, các địa phương cần tiếp tục thực hiện nghiêm Công điện chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ và chỉ đạo của Ban Chỉ đạo tiền phương. Trong đó, để đảm bảo khôi phục nông nghiệp, các địa phương được yêu cầu tập trung vận hành các trạm bơm và hệ thống công trình thuỷ lợi để tiêu úng cứu diện tích lúa và hoa màu bị ngập; chuẩn bị sẵn sàng nguồn giống để khôi phục sản xuất ngay sau bão.