Trong lĩnh vực ngân sách Nhà nước: Ngoài kiểm toán Báo cáo quyết toán ngân sách Nhà nước năm 2020 tại Bộ Tài chính, Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Kiểm toán Nhà nước sẽ thực hiện kiểm toán việc quản lý, sử dụng tài chính công, tài sản công tại 18 bộ, ngành, cơ quan Trung ương và kiểm toán ngân sách địa phương 52 tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương.
Kiểm toán Nhà nước tổ chức thực hiện 6 cuộc kiểm toán hoạt động, trong đó tập trung kiểm toán các chủ đề liên quan đến bảo vệ môi trường, xử lý rác thải, chống biến đổi khí hậu và hoạt động tín dụng cho người nghèo, nhà ở xã hội...
Kiểm toán Nhà nước tổ chức thực hiện 26 cuộc kiểm toán chuyên đề, trong đó có: 3 cuộc kiểm toán chuyên đề phạm vi rộng (việc quản lý quy hoạch, cấp phép xây dựng tại các đô thị giai đoạn 2017 - 2020; hoạt động quản lý môi trường tại các Ban Quản lý khu kinh tế và khu công nghiệp giai đoạn 2017 - 2020; công tác quản lý thu, việc thực hiện nghĩa vụ thuế đối với các doanh nghiệp có giao dịch liên kết giai đoạn 2017 - 2020 trên địa bàn các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương); một số chuyên đề về việc quản lý, sử dụng vốn ODA; các chương trình, dự án thuộc lĩnh vực an sinh - xã hội, phát triển kinh tế vùng; công tác quản lý nhà nước tại Tổng cục Thuế và các Cục Thuế liên quan đến việc hoàn thuế, miễn, giảm, giãn thuế, chống trốn thuế, chuyển giá năm 2020…
Lĩnh vực đầu tư xây dựng và chương trình, dự án: Kiểm toán Nhà nước thực hiện 35 cuộc kiểm toán dự án đầu tư, trong đó có nhiều dự án lớn, được dư luận quan tâm như: Dự án xây dựng một số đoạn đường bộ trên tuyến Bắc - Nam phía Đông giai đoạn 2017 - 2020; dự án thu hồi, bồi thường, hỗ trợ tái định cư Cảng hàng không Quốc tế Long Thành; dự án cải tạo, nâng cấp đường cất hạ cánh, đường lăn Cảng hàng không quốc tế Nội Bài; dự án cải tạo, nâng cấp đường cất hạ cánh, đường lăn Cảng hàng không quốc tế Tân Sơn Nhất; các dự án thủy lợi (các hồ chứa nước Cánh Tạng, Krông Pách Thượng, Bản Lải giai đoạn 1; hệ thống thủy lợi Cái Lớn - Cái Bé giai đoạn 1); dự án đường ống Nam Côn Sơn 2 - giai đoạn 2; dự án đường ống thu gom, vận chuyển khí mỏ Sao Vàng - Đại Nguyệt; đường dây 500/220kV Nho Quan - Phủ Lý - Thường Tín; đường dây 500/220kV Hiệp Hòa - Đông Anh - Bắc Ninh 2; đường dây 500kV Quảng Trạch - Dốc Sỏi; đường dây 500kV Dốc Sỏi - Pleiku 2; dự án giải quyết ngập do triều khu vực Thành phố Hồ Chí Minh có xét đến yếu tố biến đổi khí hậu (giai đoạn 1)…
Trong lĩnh vực doanh nghiệp và tổ chức tài chính ngân hàng, Kiểm toán Nhà nước thực hiện 25 cuộc, gồm: Ngân hàng Nhà nước; 17 Tập đoàn, Tổng công ty; 4 ngân hàng và 3 doanh nghiệp có vốn Nhà nước dưới 50%.
Lĩnh vực quốc phòng: Kiểm toán Nhà nước thực hiện 13 cuộc, gồm 11 đơn vị dự toán, 2 cuộc kiểm toán doanh nghiệp.
Lĩnh vực an ninh, khối cơ quan Đảng: Kiểm toán Nhà nước thực hiện 5 cuộc, gồm 3 cuộc kiểm toán việc quản lý, sử dụng tài chính công, tài sản công năm 2020 (18 tỉnh ủy, thành ủy; Bộ Tư lệnh Cảnh sát Cơ động; 36 công an tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương) và 2 cuộc kiểm toán dự án đầu tư.
Theo Tổng Kiểm toán Hồ Đức Phớc, kế hoạch kiểm toán năm 2021 của Kiểm toán Nhà nước được xây dựng với một số định hướng chính: ưu tiên lựa chọn kiểm toán tại các đơn vị quản lý tài chính tổng hợp ở Trung ương và địa phương để đánh giá việc thực hiện các cơ chế, chính sách quản lý tài chính, ngân sách và đầu tư trong cả giai đoạn 2015-2020; tăng cường số lượng các cuộc kiểm toán để xác nhận quyết toán ngân sách nhà nước hàng năm của các bộ, cơ quan Trung ương và địa phương theo quy định của Luật Ngân sách nhà nước năm 2015 và Chiến lược phát triển Kiểm toán Nhà nước đến năm 2030. Lựa chọn kiểm toán đối với một số chuyên đề kiểm toán có phạm vi rộng, được dư luận xã hội quan tâm để tổ chức thực hiện trong toàn ngành, nhằm đánh giá toàn diện việc thực hiện các chủ trương của Đảng, chính sách, pháp luật của Nhà nước xuyên suốt từ Trung ương đến địa phương; chủ động bố trí nhân lực và thời gian để thực hiện các nhiệm vụ được Lãnh đạo Đảng, Nhà nước giao theo quy định tại Khoản 2, Điều 10 Luật Kiểm toán Nhà nước.
Lĩnh vực ngân sách Nhà nước, Kiểm toán Nhà nước tập trung kiểm toán các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương, các bộ, cơ quan Trung ương có quy mô ngân sách lớn, tiềm ẩn rủi ro để xác nhận tính đúng đắn, trung thực của báo cáo quyết toán ngân sách, phục vụ cho việc phê chuẩn báo cáo quyết toán ngân sách năm 2020 của HĐND các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương và Quốc hội; đánh giá việc quản lý, điều hành ngân sách Nhà nước năm 2020 do ảnh hưởng của dịch COVID -19 (việc giảm thu ngân sách nhà nước; các giải pháp chi hỗ trợ, miễn, giảm, giãn thuế và các loại phí, lệ phí…).
Tại các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương: Tập trung kiểm toán tổng hợp tại các cơ quan tài chính để đánh giá toàn diện công tác quản lý, điều hành thu, chi ngân sách; xác nhận báo cáo quyết toán ngân sách địa phương; rút ngắn thời gian kiểm toán; thực hiện kiểm toán báo cáo quyết toán ngân sách địa phương độc lập tại một số địa phương (không lồng ghép các loại hình kiểm toán) để xác nhận báo cáo quyết toán ngân sách nhà nước của địa phương.
Tại các bộ, ngành, cơ quan Trung ương: Lựa chọn kiểm toán các bộ, cơ quan Trung ương và đơn vị có quy mô ngân sách lớn; các bộ, cơ quan Trung ương chưa được kiểm toán trong 2 năm gần đây và một số chuyên đề kiểm toán đối với một hoặc một nhóm các bộ, cơ quan Trung ương có chung đặc điểm về tổ chức, quản lý và sử dụng ngân sách để tổ chức kiểm toán trên phạm vi toàn ngành.
Năm 2021, Kiểm toán Nhà nước dự kiến lựa chọn kiểm toán một số chuyên đề có quy mô lớn, phạm vi rộng để tổ chức kiểm toán, nhằm đánh giá toàn diện, xuyên suốt công tác quản lý, sử dụng tài chính công, tài sản công đối với chuyên đề, chủ đề được lựa chọn.
Kiểm toán Nhà nước thực hiện chuyên đề “Việc quản lý quy hoạch, cấp phép xây dựng tại các đô thị giai đoạn 2017-2020” nhằm đánh giá công tác xây dựng quy hoạch, việc quản lý quy hoạch, việc thực hiện cấp phép xây dựng tại các địa phương theo quy định tại Luật Xây dựng, Luật Quy hoạch, Luật Đất đai; thông qua đó, đánh giá công tác quản lý Nhà nước, tính hiệu lực, hiệu quả của hoạt động này trong giai đoạn 2017-2020.
Cùng với sự phát triển, mở rộng của các khu kinh tế, khu công nghiệp là sự gia tăng nhanh chóng về khối lượng nước thải, chất thải công nghiệp, tiềm ẩn rủi ro cao về ô nhiễm và đặt gánh nặng lên các cơ quan quản lý nhà nước về việc ô nhiễm môi trường. Do đó, việc thực hiện kiểm toán chuyên đề hoạt động quản lý môi trường tại các Ban Quản lý các khu kinh tế và khu công nghiệp giai đoạn 2017-2020 nhằm đánh giá việc tuân thủ Luật Bảo vệ môi trường và quy định pháp luật; đánh giá công tác quản lý, tính kinh tế, hiệu quả, hiệu lực, trách nhiệm của cơ quan quản lý Nhà nước, các Ban Quản lý khu kinh tế, khu công nghiệp trong việc bảo vệ môi trường tại các khu kinh tế và khu công nghiệp trong giai đoạn 2017-2020.
Chuyên đề “Công tác quản lý thu, việc thực hiện nghĩa vụ thuế đối với các doanh nghiệp có giao dịch liên kết giai đoạn 2017 - 2020 trên địa bàn các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương” nhằm đánh giá việc tuân thủ các quy định theo Nghị định số 20/2017/NĐ-CP đối với các doanh nghiệp có giao dịch liên kết, thông qua thực hiện kiểm toán phát hiện các hành vi chuyển giá, trốn thuế, qua đó kiến nghị các cơ quan có thẩm quyền sửa đổi, bịt các lỗ hổng về cơ chế, chính sách (nếu có) để tránh thất thoát ngân sách Nhà nước.
Ngoài ra, Kiểm toán Nhà nước thực hiện kiểm toán đối với công tác quản lý Nhà nước tại Tổng cục Thuế và các Cục Thuế liên quan đến việc hoàn thuế, miễn, giảm, giãn thuế, chống trốn thuế, chuyển giá nhằm đánh giá việc thực hiện gia hạn thời hạn nộp thuế và tiền thuê đất theo quy định tại Nghị định số 41/2020/NĐ-CP; việc thực hiện chính sách miễn giảm thuế thu nhập cho doanh nghiệp nhỏ, siêu nhỏ; việc thực hiện khoanh nợ tiền thuế, xóa nợ tiền phạt chậm nộp, tiền chậm nộp đối với người nộp thuế không còn khả năng nộp ngân sách Nhà nước theo quy định tại Nghị quyết số 94/2019/QH14...
Năm 2021, Kiểm toán Nhà nước tiếp tục lựa chọn thực hiện các cuộc kiểm toán hoạt động, các cuộc kiểm toán môi trường và kiểm toán công nghệ thông tin theo đúng các quy trình, chuẩn mực đã được ban hành, phù hợp với các quy định và chuẩn mực kiểm toán quốc tế. Đồng thời, lựa chọn một số chủ đề kiểm toán được dư luận xã hội quan tâm, đặc biệt là các chủ đề về môi trường để thực hiện kiểm toán nhằm đánh giá tính kinh tế, hiệu quả, hiệu lực trong quản lý, sử dụng tài chính công, tài sản công trong công tác bảo vệ môi trường.
Kiểm toán Nhà nước cũng phối hợp với các Cơ quan Kiểm toán tối cao (SAI) trong Tổ chức các Cơ quan Kiểm toán tối cao châu Á (ASOSAI) thực hiện 2 cuộc kiểm toán trong khuôn khổ hợp tác quốc tế của Kiểm toán Nhà nước “kiểm toán việc quản lý nguồn nước lưu vực sông Mê Kông gắn với việc thực hiện mục tiêu phát triển bền vững” và “kiểm toán việc thực hiện mục tiêu phát triển bền vững: Hệ thống y tế quốc gia vững mạnh và nhanh chóng phục hồi”.
Lĩnh vực đầu tư xây dựng, chương trình và dự án, Kiểm toán Nhà nước tiếp tục lựa chọn kiểm toán các Ban Quản lý dự án, các dự án đầu tư có quy mô lớn, nhằm đánh giá việc thực hiện kế hoạch đầu tư công trung hạn gắn với kế hoạch tài chính 5 năm 2016-2020 và kế hoạch vay, trả nợ công. Trong đó, tập trung kiểm toán để đánh giá hiệu quả sử dụng vốn đầu tư phát triển nguồn ngân sách nhà nước, vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) và việc quản lý vốn đầu tư của các dự án xây dựng mới, sửa chữa nâng cấp tuyến đường bộ cao tốc Bắc - Nam; xây dựng kết cấu hạ tầng đô thị; xây dựng cảng hàng không, sân bay; các dự án bảo vệ môi trường, chống ngập, ứng phó với biến đổi khí hậu...
Lĩnh vực doanh nghiệp và các tổ chức tài chính - ngân hàng: Kiểm toán Nhà nước lựa chọn các tập đoàn, tổng công ty Nhà nước có quy mô lớn để kiểm toán báo cáo tài chính, các hoạt động liên quan đến quản lý, sử dụng vốn, tài sản Nhà nuớc năm 2020 kết hợp với việc đánh giá công tác cơ cấu doanh nghiệp Nhà nước; ưu tiên kiểm toán việc thực hiện các Nghị quyết Trung ương, Quốc hội về sắp xếp, cổ phần hóa và nâng cao hiệu quả doanh nghiệp Nhà nước; kiến nghị xử lý các doanh nghiệp Nhà nước thua lỗ; đầu tư ngoài ngành, đầu tư ra nước ngoài không hiệu quả…
Kiểm toán Nhà nước thực hiện kiểm toán báo cáo tài chính, các hoạt động liên quan đến quản lý, sử dụng vốn, tài sản Nhà nước năm 2020 của Ngân hàng Nhà nước và một số ngân hàng, tổng công ty tài chính, bảo hiểm có quy mô lớn để đánh giá thực trạng tài chính của đơn vị và hiệu quả công tác quản lý, điều hành chính sách tiền tệ. Thông qua hoạt động kiểm toán, Kiểm toán Nhà nước cũng thực hiện đánh giá hoạt động tái cơ cấu thị trường tài chính, trọng tâm là ngân hàng thương mại và các tổ chức tín dụng, nhằm đánh giá việc cơ cấu lại các tổ chức tín dụng, trọng tâm là cải thiện và nâng cao năng lực tài chính; xử lý nợ xấu; việc thực hiện cân đối, đáp ứng đầy đủ, kịp thời nhu cầu vốn phục vụ sản xuất kinh doanh, cơ cấu lại thời hạn trả nợ, xem xét miễn giảm lãi vay, giữ nguyên nhóm nợ, giảm phí; vay không có tài sản bảo đảm để trả lương cho người lao động... đối với khách hàng gặp khó khăn do ảnh hưởng của dịch COVID-19 theo các quy định hiện hành.