Theo Viện Nghiên cứu nuôi trồng thủy sản III, vùng nuôi có tôm hùm, cá biển bị chết nằm ở khu vực bãi sau, thôn Vịnh Hoà và Phú Dương thuộc đầm Cù Mông, có cửa vịnh thông ra biển hẹp, số lượng lồng nuôi lớn (khoảng hơn 11.000 lồng nuôi tôm hùm, cá biển các loại). Nhìn chung, số lượng lồng nuôi trên một đơn vị diện tích quá dày, làm cho khả năng lưu thông nước kém. Nền đáy bùn, có nhiều vỏ động vật thân mềm dày từ 0,4 đến 0,6 m; bùn đáy có mùi hôi thối. Hàm lượng oxy hoà tan (DO) chưa phù hợp cho nuôi tôm hùm cá biển tại thời điểm khảo sát; nhiệt độ nước cao hơn so với cùng kỳ.
Chi cục Thú y tỉnh Phú Yên đã lấy 2 mẫu tôm hùm chết gửi Cục Thú y vùng IV để xét nghiệm. Kết quả cả hai mẫu đều âm tính với bệnh sữa (Rickettsia-like bacteria).
Phó Giáo sư, Tiến sỹ Võ Văn Nha, Viện trưởng Viện Nghiên cứu nuôi trồng thủy sản III khuyến cáo, các hộ nuôi cần đưa các lồng không còn tôm hùm, cá biển nuôi lên khỏi mặt nước nhằm tăng khả năng lưu thông của nước khi nước lớn, nước ròng (triều cường, triều kiệt); nâng lồng nuôi lên gần mặt nước, che mát lồng nuôi, đồng thời chủ động chuẩn bị máy sục khí, bình ôxy/hạt ôxy phòng khi tôm hùm, cá biển nuôi bị ngộp do oxy thấp cục bộ.
Trong quá trình nuôi phải thường xuyên thu gom tôm, cá chết ngoài tự nhiên, rác thải, thức ăn dư thừa đưa lên khỏi thuỷ vực vùng nuôi; theo dõi sát diễn biến tình trạng tôm hùm, cá biển nuôi 24/24 và tình hình thời tiết trong thời gian tới để có giải pháp xử lý kịp thời, đặc biệt chú ý vào các thời điểm nước ròng vào ban đêm.
Theo thống kê của UBND thị xã Sông Cầu, từ ngày 18 - 23/5, có 281 hộ nuôi với 1.631 lồng tôm hùm và cá biển bị ảnh hưởng. Số lượng tôm hùm chết là 67 tấn, số cá chết là 62 tấn; ước tổng thiệt hại của người nuôi có tôm hùm và cá biển nuôi bị chết là hơn 38,4 tỷ đồng.