Mục tiêu tổng quát của Chương trình là:
Xây dựng nông thôn mới hiện đại, giàu đẹp, bản sắc, bền vững, gắn với đô thị hóa và thích ứng biến đổi khí hậu.
Phát triển toàn diện vùng đồng bào dân tộc thiểu số và miền núi.
Thực hiện giảm nghèo đa chiều, bao trùm, bền vững, bảo đảm bình đẳng giới và an sinh xã hội.
Phát triển kinh tế nông thôn theo hướng xanh, tuần hoàn, sinh thái, gắn với cơ cấu lại ngành nông nghiệp để nâng cao thu nhập, chất lượng cuộc sống và thu hẹp chênh lệch phát triển giữa các vùng, miền, nhóm dân cư, nhất là vùng đồng bào dân tộc thiểu số và miền núi so với các vùng khác.
Giữ gìn, phát huy bản sắc văn hóa tốt đẹp của cộng đồng các dân tộc thiểu số; nâng cao niềm tin của đồng bào các dân tộc đối với các chủ trương, chính sách của Đảng và Nhà nước; củng cố khối đại đoàn kết toàn dân tộc.
Bảo đảm quốc phòng, an ninh và trật tự an toàn xã hội, nhất là các vùng chiến lược, biên giới và hải đảo.