Tình hình của quân Anh tại chiến trường sa mạc đã gây ra nhiều trở ngại cho phe Đồng minh. Thị trấn El-Alamein chính là phòng tuyến cuối cùng trước khi quân Trục có thể tiến đến Alexandria, Cairo và kênh đào Suez. Lúc đó, Rommel đang âm mưu tiến hành một cuộc tấn công chiến lược mang tính quyết định. Vì vậy, viên chỉ huy này đã tính dùng những binh sĩ có kinh nghiệm chiến đấu trên sa mạc để tiến hành một cuộc tấn công bất ngờ nhằm vào đoàn quân mà ông cho rằng đang mất tinh thần chiến đấu.
Tuy vậy, với địa hình hiểm trở, cụ thể nhất là vùng hoang mạc Quattara Depression, nơi được đánh giá là cứ điểm chiến lược của thị trấn Alamein và là nơi những phương tiện cơ giới cỡ lớn khó có thể băng qua, quân Anh đã tập trung phòng thủ ở phòng tuyến này. Từ đây, một loạt thị trấn như Miteiriya, Ruweisat và Alam Halfa đã trở thành những cứ điểm "vệ tinh" cho Alamein. Một tuyến phòng ngự kéo từ tây sang đông đã được quân Anh lập ra nhằm bảo vệ trận tuyến cũng như chờ cơ hội tiến hành phản công. Tướng Auchinleck, với sự hỗ trợ của Thiếu tướng Eric "Chinhk" Dorman-Smith, đã nhận thấy điểm đặc biệt ở Alamein, nơi Rommel đã phải dừng bước sau chiến thắng của quân Anh tại trận chiến đầu tiên tại Alamein trong giai đoạn 1-27/7/1942.
Một lần nữa, chiến trận lại trở nên căng thẳng song lần này, tất cả đã nằm trong sự toan tính của quân Anh. Theo đó, Thiếu tướng Dorman-Smoth đã thấy được tầm quan trọng trong việc phải chọc thủng thế trận của quân Italia, buộc tướng Rommel dùng đến những đơn vị tinh nhuệ của quân Đức nhằm hạn chế khoảng trống và tính toán về phương thức phản công. Vào thời điểm này, tướng Rommel không còn nghi ngờ gì về tài chỉ huy của đối phương. Trong bức thư gửi về cho vợ, tác giả Barnett đã viết: "Quân Anh sử dụng chủ yếu là bộ binh để tấn công lần lượt vào các vị trí của quân đội Italia và sau đó, quân Đức quá yếu để có thể tự duy trì thế trận".
Như vậy, tướng Auchinleck đã chặn đứng được đà tiến của quân đối phương ngay trước cửa ngõ tiến vào Ai Cập. Sau đó, ông đã tính tới việc tăng cường lại sức mạnh để chuẩn bị cho một đợn tấn công. Tướng Dorman-Smith đã viết một báo cáo có tiêu đề "Đánh giá về tình thế ở chiến trường sa mạc phía đông" vào ngày 27/7/1942, trong đó kết luận rằng quân Anh không còn bị đe dọa, song quân đối phương vào thời điểm hiện tại còn quá mạnh để có thể phản công. Vì vậy, kế hoạch dài hạn chỉ ra rằng cần "huấn luyện những sư đoàn mới để tiến hành phản công, có thể là bắt đầu vào cuối tháng 9".
Tuy nhiên, vào ngày 13/9/1942, trong chuyến thăm cá nhân của Thủ tướng Anh tới chiến trường sa mạc phía đông, tướng Auchinleck đã bị cho thôi chức. Quyết định này được cho là không phải do tình hình trên chiến trường mà là do một cuộc khủng hoảng chính trị liên quan đến Thủ tướng. Năm 1942, quân Anh hứng chịu ba thất bại lớn trên mặt đất. Đó là tại chiến trường Xinhgapo, Miến Điện và Tobruk.
Tại chiến trường Xinhgapo, quân Anh đã thúc thủ sau khi tướng Anh Arthur Percival đầu hàng quân Nhật do tướng Tomoyuki Yamashita chỉ huy. Khoảng 80.000 quân Anh và các nước đồng minh đã trở thành tù binh sau trận chiến, chưa kể 50.000 tù binh khác bị quân Nhật bắt trong trận chiến Malaixia. Với Thủ tướng Winston Churchill, đây là một "thảm họa tồi tệ nhất" và là "cuộc đầu hàng lớn nhất" trong lịch sử nước Anh. Vì vậy, khi 35.000 quân Anh đầu hàng tại Tobruk, đó là lần "bẽ mặt" thứ hai chỉ trong một thời gian ngắn đối với Thủ tướng Churchill. Chưa kể, khi nhận được tin báo từ chiến trường Bắc Phi về, nhà lãnh đạo của Anh đang ở Mỹ để hội đàm về tình hình chiến sự trên thế giới với Tổng thống Roosevelt. Những thất bại nặng nề này đã buộc Thủ tướng Churchill phải đối mặt với cuộc bỏ phiếu tín nhiệm tại Quốc hội. Ngoài ra, năm đó cũng là một năm mất mát của quân Anh khi quân Nhật đã đánh đắm tàu chiến Prince of Wales và chiếc Repulse, chiến dịch tàu ngầm U-boat của Đức đã gây ra nhiều hoang mang cho phía Anh, trong khi những đợt không kích của quân Đức trong chiến dịch "Baedeker Raids" đã gây ra nhiều thương vong cũng như phá nát các di tích cổ tại nhiều thành phố của Anh trong giai đoạn từ tháng 4 tới tháng 6.
Những sức ép từ chính trường trong nước, buộc Thủ tướng Churchill ra quyết định thay tướng Auchinleck bằng tướng Harold Alexander, còn Trung tướng Benard Montgomery đã trở thành chỉ huy của tập đoàn quân số 8. Sau đó, Thủ tướng Churchill đã vượt qua cuộc bỏ phiếu tín nhiệm, với 475 phiếu ủng hộ so với 25 phiếu chống. Đây cũng là thời điểm nhà lãnh đạo của Anh tính đến phương án gỡ lại thể diện. Ông yêu cầu giới tướng lĩnh ở mặt trận Bắc Phi phải đảm bảo rằng thị trấn chiến lược Tobruk sẽ không thất thủ. Song nhìn vào tương quan lực lượng hai bên, Thủ tướng Churchill cũng nhận thấy tài chỉ huy của tướng Rommel và sức mạnh của các loại vũ khí mà quân Đức sử dụng trên chiến trường là những vật cản lớn cho đà tiến công của quân Đồng minh. Trong phiên trả lời chất vấn trước Quốc hội ngày 27/7/1942, Thủ tướng Anh thừa nhận rằng chỉ huy quân đoàn Phi châu của Đức là một "nhân vật khó dò và có tài điều binh khiển tướng".