Đây là một phần của Chính phủ quốc gia chuyển tiếp (TNG), sau này trở thành Chính phủ liên bang chuyển tiếp (TFG). Một loạt tổng thống đã nắm quyền suốt thời kì TFG khi Somalia cố gắng cải thiện tình hình.
Tuy nhiên, không ai trong số họ đủ sức thiết lập quyền kiểm soát đầy đủ. Hệ thống thị tộc vẫn chiếm lĩnh trên khắp đất nước còn Liên đoàn tòa án Hồi giáo (ICU) lại đang nổi lên. Sau đó, TFG lại mất lòng dân. Không một chính phủ nào duy trì được quyền lực lâu dài ở Somalia. Khi Abdullahi Yusuf Ahmed lên nắm quyền vào năm 2004, ông là vị tổng thống thứ 14 kể từ năm 1991. Bất chấp chức vụ tổng thống, nhà lãnh đạo của TFG này chỉ kiểm soát vài khu vực mà TFG có độc quyền. Trong thời kỳ này, lãnh thổ của TFG chỉ chiếm một phần nhỏ của Somalia và cho tới năm 2006, nó thậm chí còn nhỏ hơn khi một mối đe dọa mới chia cắt đất nước lại nổi lên.
Binh sĩ AMISOM ở Mogadishu năm 2011. |
Sự yếu kém và do dự của TFG đã dẫn đến sự nổi dậy của al - Shabaab, một phái quân sự Hồi giáo thề trung thành với al - Qaeda. Với cái tên có ý nghĩa là “Thanh niên”, nhóm này được thành lập năm 2006 và nỗ lực thiết lập nền chính trị thần quyền Hồi giáo ở Somalia. Sự trỗi dậy của nhóm này càng khiến nội chiến mở rộng và phá hủy nhà nước Somalia non trẻ. Al - Shabaab là hậu duệ của al - Ittihad al - Islamiya (tức Liên đoàn Hồi giáo), một nhóm cực đoan hoạt động trong thập kỷ trước. Vốn là một tổ chức nhỏ, số lượng của al - Shabaab từng bước được mở rộng để đối phó với quân Ethiopia vượt qua biên giới Somalia năm 2006.
Tuy thế, nếu không phải vì hành động can thiệp này thì al - Shabaab đã nắm quyền kiểm soát cả thủ đô. Tháng 7/2006, trận Mogadishu thứ hai chứng kiến một chiến thắng tuyệt đối của ICU và al - Shabaab khi họ chiếm quyền kiểm soát nhiều quận của thành phố. Tình hình này kéo dài vài tháng cho tới khi thành phố được quân đội Ethiopia giải cứu vào ngày 28/12. Quân đội Ethiopia đã giúp đánh tan ICU nhưng các tay súng Hồi giáo vẫn giành được lợi thế đáng kể và cho tới năm 2008, họ đã chiếm được nhiều vùng của miền nam Somalia từ tay các thị tộc.
Somalia vẫn nằm trong quyền kiểm soát quân sự cho tới tháng 1/2009 khi Ethiopia rút quân sau nhiều thất bại nặng nề. Kể từ đó, al - Shabaab đã củng cố quyền lực của mình, nắm giữ Baidoa, thành phố quan trọng đối với TFG. Tình hình càng tồi tệ hơn cho người dân Somalia và nhiều người tin rằng sự hiện diện của al - Shabaab đã xóa bỏ những thành tựu tái thiết đã đạt được cuối những năm 1990. Năm 2011, nạn hạn hán khủng khiếp nhất trong vòng 6 thập kỷ đã đem những ngày tháng đói khát quay trở lại. Nhiều người phải chạy trốn sang Kenya và Ethiopia.
Phần lớn viện trợ cho Somalia đến từ Phái bộ Liên minh châu Phi (AMISOM). Được ra đời để bảo vệ TFG và cải thiện tình hình chung của nước này, AMISOM là tác phẩm của Liên minh châu Phi. Với hơn 6.000 nhân lực từ Uganda, Kenya, Burundi, Djibouti và Sierra Leone, họ đã diệt trừ thành công các lực lượng al - Shabaab ở Mogadishu. Kể từ đó, al - Shabaab đã thực hiện nhiều cuộc tấn công khủng bố hơn là mở rộng phạm vi kiểm soát lãnh thổ. Đây có thể là một dấu hiệu cho thấy sức chiến đấu và nắm giữ lãnh thổ của nhóm này đang suy yếu.
Bất chấp vẫn có sự hiện diện mạnh mẽ ở nam Somalia, nhóm này rõ ràng quá cực đoan đối với phần lớn người dân Somalia và được cho là thủ phạm gây ra vụ đột kích trung tâm mua sắm ở Nairobi (Kenya) năm 2013 cũng như các vụ đánh bom ở Uganda năm 2010. Nhóm này còn bắt cóc tác giả người Mỹ gốc Đức Michael Scott Moore trong 977 ngày trước khi thả ông vào tháng 9/2014, theo cùng kiểu với cách phiến quân Nhà nước Hồi giáo (IS) đang thực hiện ở Syria và Iraq.
Cũng trong tháng 9/2014, al - Shabaab chịu một tổn thất lớn khi kẻ cầm đầu Ahmed Abdi Godane thiệt mạng trong một cuộc không kích của Mỹ. Tháng 1/2014, kẻ cầm đầu vụ đánh bom ở Uganda năm 2010 đã bị tên lửa từ máy bay không người lái Mỹ tiêu diệt. Cuộc nội chiến phát triển từ những trận đánh trên chiến tuyến như trận Mogadishu thành những cuộc chạm trán nhỏ cũng như hành động khủng bố và trả đũa.
Dù vẫn còn 1 triệu người Somalia đang cần viện trợ lương thực khẩn cấp, đã có những dấu hiệu tích cực ở Somalia. Al - Shabaab chỉ còn khoảng 5.000 chiến binh sau khi cuộc can thiệp của Liên minh châu Phi chặn đứng sự nổi lên của tổ chức này. Tuy nhiên, các chuyên gia cảnh báo ngay cả nếu al - Shabaab có suy yếu thì các vấn đề an ninh và tình trạng bạo lực thị tộc vẫn còn đó, ít nhất là trong ngắn hạn. Chính phủ vẫn trung thành với “công thức 4,5”, tức là quốc hội phải phản ánh cấu trúc thị tộc của Somalia trong cơ cấu chia sẻ quyền lực.
Với việc thủ đô Mogadishu đã không còn bóng các lực lượng Jihad và nằm dưới quyền một chính phủ ổn định hơn, sẽ cần phải xem liệu cuộc nội chiến đã giết hại ít nhất 500.000 người sắp kết thúc hay chưa. Thủ tướng Abdiweli Sheikh Ahmed tuyên bố rằng “Somalia đã chuyển mình”. Với những cuộc chiến chưa kết thúc, bước chuyển mình đó có lẽ vẫn còn xa.
Xem từ Kỳ 1: Gieo mầm nội chiến