Theo Quyết định phê duyệt của Thủ tướng Chính phủ, Hội đồng quốc gia về tài nguyên nước có chức năng tư vấn cho Thủ tướng Chính phủ trong việc nghiên cứu, chỉ đạo, phối hợp giải quyết những vấn đề quan trọng về tài nguyên nước.
Hội đồng quốc gia về tài nguyên nước có nhiệm vụ tổ chức hoặc tham gia nghiên cứu, đề xuất với Thủ tướng Chính phủ phương hướng, các cơ chế chính sách, chiến lược, chương trình mục tiêu, chương trình hành động quốc gia liên quan đến bảo vệ, khai thác, sử dụng bền vững tài nguyên nước; phòng, chống và khắc phục hậu quả tác hại do nước gây ra.
Bên cạnh đó, Hội đồng quốc gia về tài nguyên nước tư vấn cho Thủ tướng Chính phủ trong hoạt động chỉ đạo, điều hòa, phối hợp giữa các bộ, ngành, địa phương trong việc giải quyết các vấn đề có liên quan đến quy hoạch về tài nguyên nước và các quy hoạch chuyên ngành có khai thác, sử dụng tài nguyên nước; chuyển nước giữa các nguồn nước liên tỉnh; giám sát sử dụng các nguồn nước liên quốc gia và giải quyết các tranh chấp phát sinh; các chương trình, đề án, dự án lớn về bảo vệ, khai thác, sử dụng tài nguyên nước và các nhiệm vụ khác do Thủ tướng Chính phủ giao.
Đồng thời, Hội đồng tư vấn cho Thủ tướng Chính phủ đôn đốc các bộ, ngành, địa phương trong việc thực hiện những vấn đề quan trọng, liên ngành liên quan đến bảo vệ, khai thác, sử dụng tài nguyên nước, phòng, chống và khắc phục hậu quả tác hại do nước gây ra.