Cụ thể, thành lập Ban Chỉ đạo của Chính phủ để giúp Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo thực hiện Dự án xây dựng công trình đường bộ cao tốc Bắc - Nam phía Đông và Dự án Cảng hàng không Quốc tế Long Thành (Ban Chỉ đạo). Ban Chỉ đạo có nhiệm vụ chỉ đạo, kiểm tra, điều hòa phối hợp và đôn đốc các bộ, ngành, địa phương liên quan thực hiện các nhiệm vụ về đầu tư xây dựng Dự án xây dựng công trình đường bộ cao tốc Bắc - Nam phía Đông và Dự án Cảng hàng không Quốc tế Long Thành (Dự án) theo đúng các Nghị quyết của Quốc hội và Chính phủ đối với các Dự án.
Bên cạnh đó, xem xét, chỉ đạo xây dựng cơ chế chính sách để đẩy nhanh tiến độ các Dự án trình Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ xem xét quyết định; chỉ đạo việc triển khai thực hiện các Dự án theo quy định, báo cáo Thủ tướng Chính phủ. Đồng thời, chỉ đạo các bộ, ngành, địa phương liên quan thực hiện các công việc sau đây:
Tổ chức thực hiện quy chế phối hợp và kế hoạch triển khai thực hiện các Dự án theo chức năng, nhiệm vụ được giao; phối hợp chặt chẽ, có hiệu quả trong tham mưu, đề xuất các giải pháp, biện pháp thực hiện các Dự án; kịp thời báo cáo những khó khăn, vướng mắc vượt thẩm quyền và đề xuất các giải pháp để Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ xem xét, quyết định; chỉ đạo, kiểm tra đôn đốc chủ đầu tư công trình, dự án, các tổ chức tư vấn, các nhà thầu trong việc thực hiện những nhiệm vụ đã được xác định trong chủ trương đầu tư các Dự án hoặc quyết định phê duyệt của từng dự án thành phần để đảm bảo tiến độ thi công và chất lượng công trình. Ban Chỉ đạo của Dự án xây dựng công trình đường bộ cao tốc Bắc - Nam phía Đông do Phó Thủ tướng Chính phủ Lê Văn Thành làm Trưởng ban.
Phó Trưởng ban gồm: Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải Nguyễn Văn Thể (Phó Trưởng ban thường trực); Bộ trưởng Bộ Xây dựng Nguyễn Thanh Nghị.
Các Ủy viên gồm: Thứ trưởng Bộ Quốc phòng, Thượng tướng Vũ Hải Sản; Thứ trưởng Bộ Công an, Thượng tướng Lương Tam Quang; Thứ trưởng Bộ Giao thông vận tải Lê Đình Thọ, Nguyễn Duy Lâm; Thứ trưởng Bộ Xây dựng Lê Quang Hùng; Thứ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư Nguyễn Thị Bích Ngọc; Thứ trưởng Bộ Tài chính Tạ Anh Tuấn; Thứ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường Lê Minh Ngân; Thứ trưởng Bộ Công Thương Nguyễn Sinh Nhật Tân; Thứ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Lê Quốc Doanh; Phó Tổng Thanh tra Chính phủ Lê Sỹ Bảy; Phó Thống đốc Ngân hàng Nhà nước Việt Nam Đào Minh Tú; Phó Chủ nhiệm Văn phòng Chính phủ Nguyễn Cao Lục; Chủ tịch Ủy ban nhân dân các tỉnh, thành phố: Nam Định, Ninh Bình, Thanh Hóa, Nghệ An, Hà Tĩnh, Quảng Bình, Quảng Trị, Thừa Thiên Huế, Quảng Ngãi, Bình Định, Phú Yên, Khánh Hòa, Ninh Thuận, Bình Thuận, Đồng Nai, Tiền Giang, Vĩnh Long, Đồng Tháp, Cần Thơ, Hậu Giang, Bạc Liêu, Kiên Giang, Cà Mau.
Với Dự án Cảng hàng không Quốc tế Long Thành, Phó Thủ tướng Chính phủ Lê Văn Thành làm Trưởng ban Chỉ đạo. Phó Trưởng ban gồm: Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải Nguyễn Văn Thể (Phó Trưởng ban thường trực); Chủ tịch Ủy ban Quản lý vốn Nhà nước tại Doanh nghiệp Nguyễn Hoàng Anh; Bộ trưởng Bộ Xây dựng Nguyễn Thanh Nghị.
Các Ủy viên gồm: Thứ trưởng Bộ Quốc phòng, Thượng tướng Vũ Hải Sản; Thứ trưởng Bộ Công an, Thượng tướng Lương Tam Quang; Thứ trưởng Bộ Giao thông vận tải Lê Anh Tuấn; Thứ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư Nguyễn Thị Bích Ngọc; Thứ trưởng Bộ Tài chính Tạ Anh Tuấn; Thứ trưởng Bộ Xây dựng Lê Quang Hùng; Thứ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường Lê Minh Ngân; Thứ trưởng Bộ Công Thương Nguyễn Sinh Nhật Tân; Phó Tổng Thanh tra Chính phủ Lê Sỹ Bảy; Phó Thống đốc Ngân hàng Nhà nước Việt Nam Đào Minh Tú; Phó Chủ nhiệm Văn phòng Chính phủ Nguyễn Cao Lục; Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh Đồng Nai Cao Tiến Dũng; Chủ tịch Hội đồng quản trị Tổng công ty Cảng hàng không Việt Nam - CTCP Lại Xuân Thanh; Tổng Giám đốc Tổng công ty Cảng hàng không Việt Nam - CTCP Vũ Thế Phiệt.
Ban Chỉ đạo giải thể sau khi các Dự án kết thúc xây dựng đưa công trình của dự án vào khai thác sử dụng. Các thành viên Ban Chỉ đạo hoạt động theo chế độ kiêm nhiệm. Bộ Giao thông vận tải là cơ quan thường trực Ban Chỉ đạo.