Mục tiêu đến năm 2050, Đồng bằng sông Cửu Long trở thành vùng có trình độ phát triển khá so với cả nước, có trình độ tổ chức xã hội tiên tiến; thu nhập bình quân đầu người đạt cao hơn trung bình cả nước, sinh kế của người dân được bảo đảm; tỉ trọng nông nghiệp sinh thái, nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao chiếm trên 80%, độ che phủ rừng đạt trên 9% (so với 4,3% hiện nay), các hệ sinh thái tự nhiên quan trọng được bảo tồn và phát triển. Mạng lưới kết cấu hạ tầng kinh tế - xã hội được xây dựng đồng bộ, hiện đại.
Hệ thống đô thị hiện đại được xây dựng và phân bố hợp lý tại các tiểu vùng. Hệ thống giao thông đường bộ, đường thủy được phát triển đồng bộ, kết nối trong vùng, liên vùng và phải bảo đảm kết hợp hài hòa, thống nhất, bổ trợ và không xung đột với hệ thống thủy lợi, đê điều. Hạ tầng thủy lợi được xây dựng đồng bộ phù hợp với mô hình chuyển đổi sản xuất nông nghiệp thích ứng với biến đổi khí hậu tại các tiểu vùng sinh thái, đồng thời phải có biện pháp hiệu quả phòng, chống, giảm nhẹ rủi ro thiên tai cho dân sinh và nền kinh tế khi có thiên tai xảy ra. Hạ tầng thông tin và truyền thông, mạng lưới cấp điện, cấp nước, thoát nước được xây dựng đồng bộ. Hệ thống các cơ sở văn hoá, giáo dục - đào tạo, khoa học và công nghệ, y tế, thể dục, thể thao ở mức cao so với cả nước; kinh tế phát triển năng động và hiệu quả với cơ cấu kinh tế phù hợp.
Đến năm 2100, Đồng bằng sông Cửu Long phát triển bền vững, an toàn, thịnh vượng, trên cơ sở phát triển phù hợp nông nghiệp hàng hóa chất lượng cao, kết hợp với dịch vụ, du lịch sinh thái, công nghiệp, trọng tâm là công nghiệp chế biến, nâng cao giá trị và sức cạnh tranh của sản phẩm nông nghiệp; hệ thống cơ sở hạ tầng được quy hoạch, phát triển đồng bộ, hiện đại theo hướng chủ động, thông minh, thích ứng biến đổi khí hậu, đảm bảo an toàn trước thiên tai; tài nguyên thiên nhiên được sử dụng hợp lý; đa dạng sinh học và truyền thống văn hóa lịch sử được duy trì và tôn tạo, đời sống vật chất, tinh thần của người dân được nâng cao.
Phát triển Đồng bằng sông Cửu Long phải lấy con người làm trung tâmQuan điểm chỉ đạo là kiến tạo phát triển bền vững, thịnh vượng, trên cơ sở chủ động thích ứng, phát huy tiềm năng, thế mạnh, chuyển hoá những thách thức thành cơ hội để phát triển, bảo đảm được cuộc sống ổn định, khá giả của người dân cũng như bảo tồn được những giá trị văn hoá truyền thống đặc sắc của Đồng bằng sông Cửu Long; chú trọng bảo vệ đất, nước và đặc biệt là con người.
Thay đổi tư duy phát triển, chuyển từ tư duy sản xuất nông nghiệp thuần túy, chủ yếu là sản xuất lúa sang tư duy phát triển kinh tế nông nghiệp đa dạng, đáp ứng nhu cầu của thị trường, chuyển từ phát triển theo số lượng sang chất lượng. Tôn trọng quy luật tự nhiên, phù hợp với điều kiện thực tế, tránh can thiệp thô bạo vào tự nhiên; chọn mô hình thích ứng theo tự nhiên, thân thiện với môi trường và phát triển bền vững với phương châm chủ động sống chung với lũ, ngập, nước lợ, nước mặn; Phát triển bền vững vùng Đồng bằng sông Cửu Long vì lợi ích chung của đất nước, Tiểu vùng sông Mê Công và quốc tế và là sự nghiệp của toàn dân, khuyến khích, huy động tất cả các tầng lớp, thành phần xã hội, các đối tác quốc tế và doanh nghiệp tham gia vào quá trình phát triển.
Về chủ trương và định hướng chiến lược, mô hình phát triển Đồng bằng sông Cửu Long phải lấy con người làm trung tâm, phục vụ người dân, giảm khoảng cách giàu nghèo; chú trọng về chất lượng hơn số lượng, chuyển từ chiều rộng sang chiều sâu, tiếp cận chủ động, linh hoạt trong bối cảnh biến đổi khí hậu diễn ra nhanh, ngày càng cực đoan và tác động của việc khai thác, sử dụng nguồn nước với quy mô lớn, cường độ cao trên thượng nguồn sông Mê Công.
Về tổ chức thực hiện, Thủ tướng Chính phủ giao Bộ Tài nguyên và Môi trường chủ trì, phối hợp với Ủy ban quốc gia về biến đổi khí hậu và các cơ quan liên quan định kỳ tổ chức sơ kết, tổng kết, đánh giá việc thực hiện Nghị quyết, tổ chức Diễn đàn phát triển bền vững Đồng bằng sông Cửu Long thích ứng với biến đổi khí hậu để kiểm tra, đôn đốc việc thực hiện các giải pháp đã đề ra từ diễn đàn lần trước và thảo luận, đề xuất các định hướng chiến lược, giải pháp mới với kết quả và thời hạn hoàn thành cụ thể theo yêu cầu của Thủ tướng Chính phủ, Chính phủ.
Các bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan trực thuộc Chính phủ, Ủy ban nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương vùng Đồng bằng sông Cửu Long căn cứ nhiệm vụ được giao tại Nghị quyết này xây dựng, ban hành Kế hoạch triển khai cụ thể trước tháng quý II năm 2018; tổ chức thực hiện đồng bộ, quyết liệt các giải pháp tạo chuyển biến mạnh mẽ nhằm phát triển bền vững vùng đồng bằng sông Cửu Long; định kỳ báo cáo tình hình thực hiện, gửi về Bộ Tài nguyên và Môi trường để tổng hợp, trình Thủ tướng Chính phủ, Chính phủ.
Chủ trì rà soát, chỉnh sửa, bổ sung hoặc xây dựng mới quy hoạch ngành, lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý Nhà nước được giao trước tháng 12/2018 làm cơ sở để Bộ Kế hoạch và Đầu tư xây dựng Quy hoạch tổng thể phát triển bền vững Đồng bằng sông Cửu Long đến năm 2030, tầm nhìn đến năm 2050 thích ứng với biến đổi khí hậu. Phối hợp với Bộ Kế hoạch và Đầu tư xây dựng Quy hoạch tổng thể phát triển bền vững Đồng bằng sông Cửu Long đến năm 2030, tầm nhìn đến năm 2050 thích ứng với biến đổi khí hậu theo phương pháp tích hợp đa ngành.
Bộ Kế hoạch và Đầu tư chủ trì chuẩn bị sơ kết 5 năm thực hiện Kế hoạch triển khai thực hiện Kết luận số 28-KL/TW ngày 14 tháng 8 năm 2012 của Bộ Chính trị về phương hướng, nhiệm vụ, giải pháp phát triển kinh tế - xã hội và bảo đảm an ninh, quốc phòng vùng Đồng bằng sông Cửu Long đến năm 2020 ban hành kèm theo Quyết định số 2270/QĐ-TTg ngày 21/11/2013, hoàn thành trước tháng 12/2018.