Ngày 2/5/2008, Thủ tướng Chính phủ ký Nghị định số 57/2008/ NĐ-CP về ban hành Quy chế quản lý các Khu bảo tồn biển Việt Nam.
- Quy chế quản lý các Khu bảo tồn biển Việt Nam gồm: 2 Chương, 14 Điều. Quy chế quy định cụ thể tiêu chuẩn phân loại, tổ chức quản lý, bảo vệ và phát triển các Khu bảo tồn biển Việt Nam có tầm quan trọng quốc gia và quốc tế; trách nhiệm của các bộ, ngành và các địa phương. Đối với các trường hợp đặc biệt quan trọng vì an ninh quốc gia, các đơn vị cá nhân được tiến hành các hoạt động có liên quan t rong Khu bảo tồn biển, sau khi được phép của Thủ tướng Chính phủ.
Nghị định đã đưa ra các khái niệm tiêu chuẩn phân loại các Khu bảo tồn biển có giá trị quan trọng quốc gia và quốc tế, các phân khu chức năng trong khu bảo tồn biển; vai trò của cộng đồng tham gia bảo vệ và phát triển Khu bảo tồn biển; ban quản lý Khu bảo tồn biển.
Tại Mục 1, Thủ tướng Chính phủ giao việc quản lý các hoạt động trong khu bảo tồn biển cùng với các hoạt động bị nghiêm cấm, đó là: khai thác nguồn lợi sinh vật và phi sinh vật bằng bất cứ phương pháp, công cụ nào; các hình thức nuôi trồng thủy sản; việc quy hoạch xây dựng các công trình biển; vấn đề xả các chất thải xuống biển, các quy định hoạt động của các phương tiện khai thác và du lịch không được làm ảnh hưởng cũng như tác động đến môi trường sinh thái biển và các thảm thực động vật trên biển.
Thủ tướng Chính phủ giao trách nhiệm cụ thể cho Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn có trách nhiệm chủ trì phối hợp với các bộ, ngành liên quan xây dựng và trình Thủ tướng quy hoạch tổ chức thực hiện quản lý hệ thống các Khu bảo tồn biển, xây dựng các khu bảo tồn biển và quản lý biển và tài nguyên thiên nhiên biển Việt Nam. Đối với các tổ chức cá nhân vi phạm quy chế này, tùy theo tính chất, mức dộ vi phạm sẽ bị xử phạt theo quy định của pháp luật.
Trong quá trình thực hiện Quy chế này nếu có vướng mắc, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn và các tỉnh, thành phố kịp thời báo cáo Thủ tướng và đề xuất bổ sung, sửa đổi cho phù hợp.