Vụ tai nạn xảy ra vào khoảng 9 giờ ngày 12/2. Thời điểm trên, tàu chở khách số hiệu SE5 do lái tàu Viên Đình Tuấn điều khiển, chạy hướng Bắc - Nam. Khi đến đoạn Km 1184+200 thuộc đường ray có gác chắn tự động gần khu vực ga Hòa Đa (xã An Mỹ, huyện Tuy An, tỉnh Phú Yên) thì va chạm với xe máy BKS 78AH-034.38 chở theo hai người lưu thông theo hướng Tây - Đông (do người điều khiển lách qua gác chắn tự động).
Hậu quả vụ tai nạn khiến cho T.A.T (sinh năm 2006, thị trấn Chí Thạnh, huyện Tuy An) tử vong tại chỗ; T.T.N.Q (sinh năm 2006, xã An Dân, huyện Tuy An) bị thương nặng và được đưa vào Bệnh viện Đa khoa tỉnh Phú Yên cấp cứu.
Sau khi tai nạn xảy ra, các lực lượng chức năng đã kịp thời phối hợp xử lý vụ việc. Tàu chở khách SE5 được khởi hành trở lại ngay sau đó về Ga Tuy Hòa để đón, trả khách như bình thường.
Bệnh viện Đa khoa tỉnh Phú Yên cho biết: nạn nhân T.T.N.Q được đưa vào cấp cứu trong tình trạng chấn thương sọ não nặng, đồng tử giãn, nát bàn chân. Sau khi được cấp cứu tại Khoa Hồi sức ngoại, bệnh nhân đã có mạch trở lại. Hiện tại, người nhà bệnh nhân đã xin chuyển viện đi Bệnh viện đa khoa tỉnh Bình Định.