Tính đến 13 giờ 5/9, vị trí trung tâm vùng áp thấp ở vào khoảng 17,7 - 18,7 độ Vĩ Bắc; 111,0 - 112,0 độ Kinh Đông, cách quần đảo Hoàng Sa khoảng 180 km về phía Bắc. Sức gió mạnh nhất ở trung tâm vùng áp thấp dưới cấp 6 (dưới 40 km/giờ).
Do ảnh hưởng của dải hội tụ nhiệt đới có trục đi qua khu vực Bắc Trung Bộ nối với vùng áp thấp phân tích trên nên trong đêm 5/9, ở các tỉnh từ Nghệ An đến Quảng Trị có mưa, có nơi mưa vừa, mưa to (lượng mưa phổ biến 20 - 40 mm/12 giờ); riêng Hà Tĩnh, Quảng Bình có mưa to (40 - 70 mm/12 giờ, có nơi trên 100 mm/12 giờ).
Do ảnh hưởng của gió mùa Tây Nam có cường độ mạnh nên trong đêm 5 và ngày 6/9, trên các vùng biển từ Bình Thuận đến Cà Mau, khu vực giữa và Nam Biển Đông (bao gồm cả vùng biển quần đảo Trường Sa) có gió Tây Nam mạnh cấp 6. Sóng biển cao 2, 5 - 3,5 m. Biển động. Cấp độ rủi ro thiên tai cấp 1.
Thời tiết các vùng đêm 5 và ngày 6/9 như sau: Phía Tây Bắc Bộ có mây, đêm có mưa rào và dông vài nơi, ngày nắng. Gió nhẹ. Độ ẩm từ 50 - 97%. Nhiệt độ thấp nhất 23 - 26 độ C; cao nhất 32 - 35 độ, có nơi trên 35 độ C.
Phía Đông Bắc Bộ có mây, đêm có mưa rào và dông vài nơi, ngày nắng. Gió Đông Bắc đến Bắc cấp 2-3. Độ ẩm từ 45 - 97%. Nhiệt độ thấp nhất 24 - 27 độ C; cao nhất 32 - 35 độ C.
Thủ đô Hà Nội có mây, đêm không mưa, ngày nắng. Gió Đông Bắc đến Bắc cấp 2-3. Độ ẩm từ 50 - 93%. Nhiệt độ thấp nhất 26 - 28 độ C; cao nhất 33 - 35 độ C.
Các tỉnh từ Thanh Hóa - Thừa Thiên Huế nhiều mây, đêm có mưa, có nơi mưa vừa, mưa to và rải rác có dông, riêng các tỉnh Hà Tĩnh, Quảng Bình có mưa to; ngày có mưa rào và dông vài nơi. Trong cơn dông có khả năng xảy ra lốc, sét và gió giật mạnh. Độ ẩm từ 67 - 100%. Nhiệt độ thấp nhất 24 - 27 độ C; cao nhất 31 - 34 độ, có nơi trên 34 độ C.
Các tỉnh, thành phố từ Đà Nẵng đến Bình Thuận có mây, chiều tối và đêm có mưa rào và dông vài nơi, ngày nắng. Gió Tây đến Tây Nam cấp 2 - 3. Trong cơn dông có khả năng xảy ra lốc, sét. Độ ẩm từ 53 - 94%. Nhiệt độ thấp nhất từ 24 - 27 độ C; cao nhất từ 32 - 35 độ C.
Khu vực Tây Nguyên nhiều mây, có mưa rào và rải rác có dông. Gió Tây Nam cấp 2-3. Trong cơn dông có khả năng xảy ra lốc, sét và gió giật mạnh. Độ ẩm từ 75 - 99%. Nhiệt độ thấp nhất 20 - 23 độ C; cao nhất 29 - 32 độ C.
Nam Bộ nhiều mây, có mưa rào và rải rác có dông. Gió Tây Nam cấp 3. Trong cơn dông có khả năng xảy ra lốc, sét và gió giật mạnh. Độ ẩm từ 65 - 98%. Nhiệt độ thấp nhất 23 - 26 độ C; cao nhất 29 - 32 độ C.