Về lâu dài, việc thay số sổ BHXH, thẻ BHYT bằng mã số BHXH duy nhất góp phần nâng cao trình độ chuyên môn kỹ thuật, hiệu quả quản lý; bộ máy quản lý được điều chỉnh tinh gọn, hợp lý, giảm áp lực và khối lượng công việc in, phát hành sổ BHXH, thẻ BHYT hàng năm.
Mã số BHXH cũng sẽ góp phần khắc phục tình trạng cấp trùng, một người có nhiều sổ BHXH, thẻ BHYT như hiện nay và hoàn thiện các điều kiện để triển khai cấp thẻ điện tử thay thế cho sổ BHXH, thẻ BHYT chất liệu giấy trong thời gian tới. Đối với cơ sở khám chữa bệnh BHYT, thay mã thẻ BHYT bằng mã số BHXH sẽ hỗ trợ thực hiện tra cứu thông tin về thẻ BHYT trên cổng tiếp nhận dữ liệu hệ thống thông tin giám định BHYT, chống các hành vi sử dụng thẻ BHYT giả mạo để lạm dụng quỹ BHYT.
Các cơ sở y tế có thể khai thác, kiểm tra các thông tin về bệnh nhân BHYT trong cơ sở dữ liệu do cơ quan BHXH quản lý để phục vụ cho công tác điều trị, như: Tiền sử bệnh tật, tình trạng kháng thuốc... và các thông tin khác về thuốc điều trị và các dịch vụ y tế đã được người bệnh sử dụng trong quá trình điều trị trước đó...