Tính đến 17h ngày 13/9, các tỉnh khu vực Bắc Bộ đang vận hành 253 trạm bơm với 1.163 máy bơm.
Cụ thể: Phú Thọ 21 trạm bơm với 47 máy bơm, Bắc Giang 15 trạm bơm với 61 máy bơm, Bắc Ninh 21 trạm bơm với 167 máy bơm, Hà Nội 68 trạm bơm với 324 máy bơm, Hà Nam 15 trạm bơm với 43 máy bơm, Vĩnh Phúc 2 trạm bơm với 8 máy bơm, Hải Phòng 5 trạm bơm với 75 máy bơm, Nam Định 94 máy bơm và 61 máy bơm dã chiến, Thái Bình 6 trạm bơm với 23 máy bơm, Hải Dương 47 trạm bơm với 121 máy bơm, Ninh Bình 53 trạm bơm với 200 máy bơm.
Công ty TNHH MTV khai thác công trình thủy lợi Bắc Nam Hà đã vận hành 4 trạm bơm với 12 máy bơm; Công ty TNHH MTV khai thác công trình thủy lợi Bắc Hưng Hải vận hành được 1 trạm bơm với 8 máy bơm. Cùng với đó, các địa phương đã mở được 102 cống để tiêu nước.
Khu vực Bắc Trung Bộ, tỉnh Thanh Hoá đã vận hành 65 công trình (46 trạm bơm với 84 máy bơm tiêu và 19 cống tiêu).
Theo Cục Thủy lợi, việc vận hành công trình thủy lợi phòng, chống úng đã được chủ động thực hiện. Tuy nhiên, việc này đã gặp khó khăn do mất điện và đặc biệt tình trạng lũ sông ngoài cao đã ảnh hưởng nghiêm trọng đến khả năng vận hành, nhiều công trình phải dừng vận hành dài ngày như các công trình dọc sông Cầu của hệ thống thủy lợi Bắc Đuống; dọc sông Đáy, sông Hồng của hệ thống thủy lợi Bắc Nam Hà…
Tính đến 14h ngày 13/9, mực nước sông Hồng đang xuống nhanh, tại Hà Nội ở mức 9,52 m, trên báo động 1 khoảng 0,02 m. Tuy nhiên, mực nước trong các hệ thống thủy lợi đang ở mức cao, một số trạm bơm, cống đầu mối tiếp tục phải dừng bơm theo quy định và các trạm bơm nội đồng đang phải dừng bơm.
Theo Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, tính đến 17h ngày 13/9, bão số 3 và mưa lũ đã làm 181.476 ha lúa bị ngập úng, thiệt hại; 43.513 ha hoa màu bị ngập úng, thiệt hại; 23.666 ha cây ăn quả bị hư hại; 1.997 lồng bè nuôi trồng thuỷ sản bị hư hỏng, cuốn trôi; 6.996 con gia súc và trên 2 triệu con gia cầm bị chết.