Bộ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư làm Chủ tịch Hội đồng. Thứ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư làm Phó Chủ tịch Hội đồng.
Các ủy viên Hội đồng gồm lãnh đạo các bộ, ngành: Giao thông vận tải, Tài nguyên và Môi trường, Quốc phòng, Công an, Xây dựng, Tài chính, Khoa học và Công nghệ, Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Tư pháp, Thông tin và Truyền thông, Văn hóa - Thể thao và Du lịch, Ngân hàng Nhà nước Việt Nam.
Trách nhiệm, quyền hạn của Hội đồng, Chủ tịch Hội đồng, Phó Chủ tịch Hội đồng, các thành viên Hội đồng, cơ quan thường trực Hội đồng và Tổ chuyên gia thẩm định liên ngành được thực hiện theo các quy định tại Nghị định số 131/2015/NĐ-CP của Chính phủ hướng dẫn về dự án quan trọng quốc gia, Nghị định số 02/2020/NĐ-CP của Chính phủ sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 131/2015/NĐ-CP của Chính phủ hướng dẫn về dự án quan trọng quốc gia.
Hội đồng được sử dụng con dấu và tài khoản (nếu cần) của Bộ Kế hoạch và Đầu tư để phục vụ cho hoạt động của Hội đồng.
Bộ Giao thông vận tải có trách nhiệm cung cấp đầy đủ hồ sơ liên quan đến quá trình thẩm định Dự án, chi trả chi phí thẩm định theo yêu cầu của Hội đồng.
Quyết định có hiệu lực kể từ ngày 6/5/2020.