Theo các chuyên gia, nguyên nhân khiến cá chết hàng loạt sau cơn mưa lớn trái mùa là do lượng nước thải tồn đọng trong các cống tràn ra cộng với nhiệt độ nước thay đổi thất thường, đột ngột, làm cho lượng ô xy kém đi khiến cá chết.
Trên mặt nước kênh Nhiêu Lộc - Thị Nghè có lớp màng phủ trông như lớp váng dầu.