Việc ngừa lao cho trẻ sơ sinh được thực hiện bằng cách tiêm vắcxin BCG ngay trong tuần đầu sau sinh. Tuy nhiên, không nên tiêm vắcxin trong trường hợp trẻ bị viêm da có mủ, bị sốt trên 37,5 độ C, bị tiêu chảy, suy dinh dưỡng, bị bệnh tai mũi họng, viêm phổi, vàng da. Trẻ nhiễm HIV cũng không được chỉ định tiêm vắcxin phòng lao.
Việc tiêm phòng bệnh bạch hầu, uốn ván và ho gà được thực hiện cùng một lúc khi trẻ được 2 tháng tuổi. Thuốc chủng ngừa được pha trộn chung, và được tiêm vào bắp thịt của trẻ. Tại chỗ tiêm ngừa có thể bị nổi mẩn đỏ, sưng đau nhẹ, gây sốt 38 - 39 độ C. Trong trường hợp trẻ đang mắc bệnh nhiễm khuẩn, sốt cao, rối loạn thần kinh... thì không nên tiêm phòng.
Tuyệt đối không được cho trẻ uống vắcxin Sabin ngừa bại liệt trong lúc trẻ đang bị sốt, bị nôn, tiêu chảy, đang điều trị bằng thuốc corticoid. Trẻ có u ác tính (u lympho, bạch cầu cấp...) hoặc nhiễm HIV cũng không được tiêm phòng. Không cho trẻ uống vắcxin Sabin đồng thời với vắcxin phòng bệnh thương hàn.