Luật có hiệu lực thi hành từ ngày 1 tháng 7 năm 2020. Đáng chú ý, theo quy định tại Điều 4 về Điều khoản chuyển tiếp: "Từ ngày Luật này có hiệu lực cho đến khi bầu ra HĐND nhiệm kỳ 2021-2026, số lượng đại biểu HĐND tại các đơn vị hành chính, cơ cấu Thường trực HĐND cấp tỉnh, số lượng Phó Chủ tịch HĐND và Phó Trưởng ban của Ban của HĐND cấp tỉnh, Phó Chủ tịch HĐND cấp huyện, Phó Chủ tịch UBND xã, phường, thị trấn loại II tiếp tục thực hiện theo quy định của Luật Tổ chức chính quyền địa phương số 77/2015/QH13 (Luật hiện hành).
Trước đó, tại phiên họp ngày 25/10/2019, Quốc hội đã thảo luận về dự án Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Tổ chức Chính phủ và Luật Tổ chức chính quyền địa phương.
Về cơ bản, các đại biểu Quốc hội đều tán thành với các nội dung giải trình, tiếp thu, chỉnh lý trong dự thảo Luật trình Quốc hội tại kỳ họp, đồng thời đóng góp thêm các ý kiến nhằm hoàn thiện dự thảo Luật. Ủy ban Thường vụ Quốc hội đã chỉ đạo cơ quan chủ trì thẩm tra, cơ quan soạn thảo và các cơ quan hữu quan nghiên cứu, tiếp thu ý kiến của các vị đại biểu Quốc hội và rà soát các nội dung của dự thảo Luật.
Đa số ý kiến đại biểu Quốc hội tán thành với quy định về việc giảm số lượng Phó Chủ tịch HĐND cấp huyện, tăng số lượng Phó Chủ tịch UBND đối với cấp xã loại II như đã chỉnh lý trong dự thảo Luật. Riêng về quy định số lượng Phó Chủ tịch HĐND cấp tỉnh, Phó Trưởng ban của HĐND cấp tỉnh thì ý kiến của đại biểu Quốc hội còn có sự khác nhau trong lựa chọn phương án.
Ủy ban Thường vụ Quốc hội thấy rằng, tuy ý kiến của các đại biểu Quốc hội về số lượng Phó Chủ tịch HĐND chưa có sự cách biệt lớn về tỷ lệ lựa chọn Phương án 1 hay Phương án 2 nhưng tựu trung lại, các vị đại biểu Quốc hội đều thống nhất đề nghị trong lãnh đạo HĐND cấp tỉnh nên duy trì tối thiểu là 2 đại biểu hoạt động chuyên trách để bảo đảm hiệu quả hoạt động của HĐND trong điều kiện đẩy mạnh phân quyền, phân cấp cho địa phương hiện nay.
Do đó, Ban soạn thảo thống nhất trong việc thiết kế các quy định về số lượng Phó Chủ tịch HĐND và Phó Trưởng ban của HĐND cấp tỉnh, xin phép Quốc hội cho tiếp thu, chỉnh lý dự thảo Luật như sau: "nếu Chủ tịch HĐND/Trưởng ban HĐND là đại biểu chuyên trách thì bố trí 1 Phó Chủ tịch HĐND/Phó trưởng ban HĐND hoạt động chuyên trách; trường hợp Chủ tịch HĐND/Trưởng ban HĐND là đại biểu hoạt động kiêm nhiệm thì bố trí 2 Phó Chủ tịch HĐND/2 Phó trưởng ban HĐND hoạt động chuyên trách".
Về ý kiến đề nghị bỏ cụm từ "phải bảo đảm bình quân" khi quy định về số lượng cấp phó tại khoản 2 Điều 40 của Luật Tổ chức Chính phủ để tránh tình trạng lạm dụng tùy tiện, Ủy ban Thường vụ Quốc hội cho rằng: để khắc phục tình trạng mất cân đối về cơ cấu giữa số lượng người giữ chức vụ lãnh đạo, quản lý với số lượng công chức thực thi, thừa hành, trong thời gian qua, Đảng đã có chủ trương giảm số lượng cấp phó và khoán số lượng cấp phó tối đa phù hợp với quy mô của tổ chức.
Theo đó, căn cứ vào đầu mối tổ chức trực thuộc và số biên chế được giao, cấp có thẩm quyền sẽ quyết định tổng số lượng cấp phó tối đa của một cơ quan, nhưng không vượt quá mức trần được giao, làm cơ sở để người đứng đầu quyết định số lượng cấp phó cụ thể của từng đơn vị cho phù hợp với tính chất và yêu cầu công việc. Thực hiện chủ trương của Đảng, một số cơ quan đã thực hiện việc khoán số lượng cấp phó. Do đó, giữ cụm từ “bảo đảm bình quân” để thể hiện đúng tinh thần khoán cấp phó và chỉnh lý lại nội dung này như quy định tại khoản 2 Điều 40 của dự thảo Luật.