Thời kỳ thanh tra từ 1/1/2020 đến 31/12/2021, khi cần thiết cơ quan thanh tra sẽ mở rộng cả trước hoặc sau thời gian này.
Thời gian thanh tra là 45 ngày làm việc thực tế kể từ khi công bố quyết định. Thanh tra Chính phủ đã lập đoàn gồm 14 người do ông Diêm Đăng Việt, Phó Vụ trưởng Vụ III, làm trưởng đoàn.
Theo Thanh tra Chính phủ, cuộc thanh tra tại Bộ Y tế nhằm cụ thể hóa các nhiệm vụ được nêu trong Nghị quyết 127/NQ-CP và Nghị quyết 128/NQ-CP của Chính phủ. Một trong những mục đích của cuộc thanh tra này là để "chống lãng phí, tiêu cực, lợi ích nhóm".
Thanh tra Chính phủ cũng đã quyết định thành lập hai đoàn thanh tra khác tiến hành thanh tra việc mua sắm trang thiết bị, vật tư y tế, sinh phẩm, kit xét nghiệm, vaccine, thuốc phòng chống dịch COVID-19 tại thành phố Hà Nội và TP Hồ Chí Minh.
Đồng thời, Tổng Thanh tra Chính phủ Đoàn Hồng Phong đã ký văn bản gửi các bộ, ngành và 63 tỉnh, thành phố xây dựng kế hoạch thanh tra việc mua sắm trang thiết bị, vật tư y tế, sinh phẩm, kit xét nghiệm, vaccine, thuốc phòng, chống dịch COVID-19, sớm báo cáo kết quả để cơ quan này tổng hợp báo cáo Thủ tướng.
Thanh tra Chính phủ đề nghị các bộ, ngành, địa phương khi kết thúc thanh tra phải kịp thời ban hành kết luận, trong đó phải xác định rõ vi phạm pháp luật, dấu hiệu tiêu cực, tham nhũng nếu có, nguyên nhân, trách nhiệm và biện pháp xử lý. Trường hợp phát hiện vụ việc có dấu hiệu phạm tội thì các bộ, ngành, địa phương phải kịp thời chuyển sang cơ quan điều tra để xử lý theo quy định pháp luật.
Trước đó, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an (C03) đã khởi tố vụ án nâng khống giá kit xét nghiệm COVID-19 xảy ra tại Công ty cổ phần công nghệ Việt Á và nhiều địa phương thu hút sự quan tâm đặc biệt lớn từ dư luận.
C03 đã khởi tố 19 bị can, trong đó có các quan chức cấp bộ gồm: ông Nguyễn Minh Tuấn (nguyên Vụ trưởng Vụ Trang thiết bị và công trình y tế, Bộ Y tế); Nguyễn Nam Liên (Vụ trưởng Vụ Kế hoạch tài chính, Bộ Y tế) và ông Trịnh Thanh Hùng (Phó Vụ trưởng Vụ Khoa học và công nghệ các ngành kinh tế kỹ thuật, Bộ Khoa học và Công nghệ).
Kết quả điều tra xác định Công ty Việt Á đã cung ứng kit xét nghiệm cho các Trung tâm Kiểm soát bệnh tật và các cơ sở y tế khác của 62 tỉnh, thành phố trên cả nước với doanh thu gần 4.000 tỉ đồng. Phan Quốc Việt (Tổng Giám đốc Công ty Việt Á) đã lợi dụng tình hình dịch COVID-19 "bắt tay" với giám đốc CDC một số địa phương nâng khống giá bộ xét nghiệm COVID-19 để hưởng lợi bất chính số tiền lớn.
Đáng chú ý, theo lời khai của bị can Phan Quốc Việt, số tiền mà Tổng Giám đốc Việt Á đã chi "hoa hồng" cho các "đối tác" là gần 800 tỉ đồng. Bên cạnh đó, Cơ quan điều tra cho rằng có căn cứ xác định dấu hiệu sai phạm trong việc quản lý, nghiên cứu và chuyển giao đề tài khoa học về sản phẩm kit xét nghiệm COVID-19 tại Bộ Khoa học và Công nghệ.