Theo thông báo kết luận thanh tra, bên cạnh những kết quả đạt được, Chủ tịch UBND tỉnh Thái Bình và các cơ quan chức năng của tỉnh còn để xảy ra nhiều tồn tại, sai phạm.
Cụ thể, Thanh tra Chính phủ chỉ rõ, việc ban hành các văn bản hướng dẫn, chỉ đạo điều hành về công tác này tại một số sở, ngành, số lượng còn hạn chế; công tác tuyên truyền, phổ biến pháp luật chưa phát huy hiệu quả; nhận thức, trách nhiệm của một bộ phận cán bộ, công chức còn hạn chế. Công tác thanh tra, kiểm tra trách nhiệm chưa được tiến hành thường xuyên, còn có đơn vị chưa tổ chức triển khai thực hiện; trình độ năng lực, kỹ năng thực hiện nhiệm vụ của một số cán bộ, công chức làm công tác này còn chưa đáp ứng tốt yêu cầu nhiệm vụ.
Việc tiếp công dân định kỳ của Chủ tịch UBND các huyện: Vũ Thư, Kiến Xương, Thái Thụy và các Sở: Lao động, Thương binh và Xã hội, Xây dựng chưa đầy đủ theo quy định; không ban hành thông báo kết luận tiếp công dân... Một số vụ việc khiếu nại, tố cáo thuộc thẩm quyền của sở, ngành và cấp huyện còn chậm được giải quyết; trình tự, thủ tục giải quyết chưa đảm bảo theo quy định.
Một số cuộc thanh tra tại sở, ngành và cấp huyện thời gian còn kéo dài; việc kiểm tra, đôn đốc thực hiện kết luận, kiến nghị, quyết định xử lý sau thanh tra chưa triệt để; ghi chép nhật ký thanh tra chưa đảm bảo theo quy định; công tác thanh tra, kiểm tra việc chấp hành các quy định về phòng, chống tham nhũng và việc phát hiện, xử lý hành vi tham nhũng hiệu quả chưa cao; việc kê khai, minh bạch tài sản, thu nhập tại một số đơn vị còn mang tính hình thức...
Thông báo kết luận thanh tra của Thanh tra Chính phủ cũng chỉ rõ nhiều vấn đề trong việc chấp hành các quy định của pháp luật trong quản lý và sử dụng đất của cơ quan Nhà nước, tổ chức, hộ gia đình, cá nhân trên địa bàn tỉnh Thái Bình. Điển hình là dự án khu dân cư Nguyễn Đức Cảnh tại thị trấn Diêm Điền, huyện Thái Thụy. Trong quá trình thực hiện, UBND huyện Thái Thụy đã phê duyệt phương án bồi thường hỗ trợ và đã chi trả một phần tiền cho người dân nhưng không ban hành quyết định thu hồi đất (năm 2005), dẫn đến việc khiếu nại của một số hộ dân.
Bên cạnh đó, dự án chậm tiến độ kéo dài nhiều năm do vướng mắc về giải phóng mặt bằng và do UBND huyện Thái Thụy không bố trí được tài chính để thực hiện dự án. Việc UBND tỉnh Thái Bình có Văn bản số 2788 ngày 3/8/2016 giao liên danh Công ty Cổ phần Sản xuất xuất nhập khẩu Phú Hưng và Công ty Cổ phần Lam Sơn Thái Bình làm chủ đầu tư, trong khi chưa xử lý việc đã giao UBND huyện Thái Thụy làm chủ đầu tư trước đây là chưa tiến hành các thủ tục theo quy định của pháp luật về đầu tư...
Trên địa bàn các huyện của tỉnh Thái Bình vẫn còn để xảy ra việc giao đất trái thẩm quyền; chuyển mục đích sử dụng đất khi chưa được cơ quan có thẩm quyền cho phép; lấn chiếm, xây dựng nhà ở trái phép trên đất nông nghiệp; xây dựng các công trình công cộng nhưng không có quyết định giao đất...
Hàng loạt vi phạm khi triển khai thực hiện các dự án cũng được Thanh tra Chính phủ cũng chỉ ra. Điển hình, tại dự án khu đô thị phía Tây Quốc lộ 10 tại huyện Đông Hưng, theo các hợp đồng vay vốn và thanh toán cho nhà thầu thi công thì UBND huyện Đông Hưng đã huy động số tiền 50,33 tỷ đồng, tương ứng với diện tích 40.762 m2 đất phải bàn giao cho các công ty đã ứng vốn. Thanh tra Chính phủ khẳng định, việc giao đất không thông qua đấu giá là vi phạm quy định của Luật Đất đai 2003. Ngoài ra, cần tiếp tục kiểm tra, làm rõ việc quản lý, sử dụng số tiền 50,33 tỷ đồng của UBND huyện Đông Hưng nhận từ các công ty góp vốn và nhà thầu thi công liên quan quá trình thực hiện dự án...
Tại dự án nhà ở xã hội do Công ty TNHH Phát triển Đô thị và Xây dựng 379 làm chủ đầu tư, việc UBND tỉnh Thái Bình đưa cả diện tích bãi đỗ xe và diện tích đất ở thương mại để tính 20% diện tích đất thương mại được miễn tiền sử dụng đất là không đúng quy định pháp luật. Chủ đầu tư được giao đất từ năm 2009, nhưng đến năm 2017 cơ quan chức năng của tỉnh mới xác định tiền sử dụng đất phải nộp là vi phạm quy định tại Thông tư 76 ngày 16/6/2014 của Bộ Tài chính. Bên cạnh đó, dự án xây dựng và kinh doanh hạ tầng chợ Kỳ Bá, thành phố Thái Bình, đến thời điểm thanh tra, chưa thực hiện các thủ tục về đất đai, đầu tư, xây dựng và nghĩa vụ tài chính; chưa có giấy phép xây dựng nhưng thực tế đã thi công xong phần hạ tầng kỹ thuật, xây thô xong phần nhà phố thương mại và các ki-ốt.
Thông báo kết luận nêu rõ: Để xảy ra những thiếu sót, tồn tại trong việc lãnh đạo, chỉ đạo thực hiện các quy định của pháp luật về thanh tra, tiếp công dân, khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng nêu trên, trách nhiệm thuộc người đứng đầu là Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh; Chủ tịch Ủy ban nhân dân các huyện, thành phố; Giám đốc các Sở, ngành; Chánh Thanh tra các cấp, ngành và Thủ trưởng các cơ quan, đơn vị tham mưu giúp việc có liên quan.
Thanh tra Chính phủ yêu cầu Chủ tịch UBND tỉnh Thái Bình tổ chức thực hiện nghiêm túc các kiến nghị của Thanh tra Chính phủ tại Kết luật số 1137/KL-TTCPP nhằm chấn chỉnh, khắc phục những tồn tại, hạn chế, nâng cao hiệu quả công tác thanh tra, tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng, quản lý nhà nước về đất đai và môi trường. Chủ tịch UBND tỉnh Thái Bình báo cáo Thủ tướng Chính phủ kết quả thực hiện trước ngày 31/12/2019.