Theo đó, Quyết định sửa đổi khoản 1 Mục III Điều 1 Quyết định số 208/QĐ-TTg ngày 3/2/2016 của Thủ tướng Chính phủ phê duyệt Quy hoạch mạng lưới các đơn vị sự nghiệp công lập thuộc Bộ Giao thông vận tải đến năm 2020, định hướng đến năm 2030.
Cụ thể, giai đoạn đến năm 2020, duy trì 14 ban quản lý dự án (quy định cũ 17 ban quản lý dự án) gồm 10 đơn vị trực thuộc Bộ: Ban Quản lý dự án đường Hồ Chí Minh, Ban Quản lý dự án Thăng Long, Ban Quản lý dự án 2, Ban Quản lý dự án 6, Ban Quản lý dự án 7, Ban Quản lý dự án 85, Ban Quản lý dự án Đường sắt, Ban Quản lý dự án Hàng hải, Ban Quản lý các dự án Đường thủy, Ban Quản lý dự án Mỹ Thuận.
Bốn đơn vị trực thuộc Tổng cục Đường bộ Việt Nam là Ban Quản lý dự án 3, Ban Quản lý dự án 4, Ban Quản lý dự án 5, Ban Quản lý dự án 8.
Các ban quản lý dự án hoạt động theo cơ chế đơn vị sự nghiệp tự đảm bảo chi thường xuyên.
Giai đoạn 2021-2030, tiếp tục duy trì các ban quản lý dự án như giai đoạn đến năm 2020.