Về nguyên tắc hoạt động nạo vét trong vùng nước cảng biển, vùng nước đường thủy nội địa, Nghị định quy định hoạt động nạo vét phải tuân thủ các quy định tại Nghị định này và các quy định khác có liên quan của pháp luật nhằm bảo đảm an toàn hàng hải, an ninh hàng hải, trật tự an toàn giao thông đường thủy nội địa, phòng ngừa ô nhiễm môi trường, đảm bảo an toàn cộng đồng dân cư, hệ thống công trình đê điều, thủy lợi, phòng chống thiên tai, phòng chống sạt lở lòng, bờ, bãi sông và không ảnh hưởng đến kết cấu hạ tầng hàng hải, giao thông đường thủy nội địa và các công trình khác; không thực hiện các hoạt động nạo vét trong vùng nước cảng biển, vùng nước đường thủy nội địa mà các hoạt động đó có thể gây cản trở hoạt động tránh trú của tàu thuyền vào mùa lũ lụt, khi có thiên tai xảy ra.
Trước khi tiến hành hoạt động nạo vét, đơn vị thi công nạo vét thông báo kế hoạch triển khai thực hiện (thời gian, tiến độ thi công, quy mô công trình, chủng loại và số lượng phương tiện thi công, hình thức thực hiện) đến cơ quan quản lý chuyên ngành (Cảng vụ Hàng hải khu vực, cơ quan quản lý p khu vực), chính quyền địa phương nơi có công trình và có bảng niêm yết tại công trường trong suốt quá trình thi công.
Chất nạo vét phải được quản lý theo quy định của pháp luật về bảo vệ môi trường, pháp luật về đất đai, pháp luật về tài nguyên, môi trường biển và hải đảo và các quy định khác có liên quan của pháp luật.
Nghị định quy định chủ đầu tư, nhà đầu tư công trình nạo vét trong vùng nước cảng biển và vùng nước đường thủy nội địa chịu trách nhiệm tổ chức giám sát công tác thi công, đổ chất nạo vét trong suốt thời gian từ khi bắt đầu đến khi kết thúc hoạt động nạo vét.
Nghị định cũng quy định rõ, các dự án nạo vét cơ bản trong vùng nước cảng biển và vùng nước đường thủy nội địa phải được đánh giá tác động môi trường theo quy định của pháp luật về bảo vệ môi trường.
Đối với các dự án, công trình nạo vét duy tu với khối lượng thực hiện hàng năm có tính quy luật, việc đánh giá tác động môi trường hoặc kế hoạch bảo vệ môi trường được thực hiện theo thời hạn từng năm hoặc theo chu kỳ đến 5 năm.