Theo Quyết định, Bộ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư làm Chủ tịch Hội đồng. Thứ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư làm Phó Chủ tịch Hội đồng.
Các ủy viên gồm: Lãnh đạo Ủy ban Dân tộc; lãnh đạo các Bộ: Tài chính; Công Thương; Xây dựng; Tài nguyên và Môi trường; Nông nghiệp và Phát triển nông thôn; Lao động - Thương binh và Xã hội; Quốc phòng; Công an; Giao thông vận tải; Giáo dục và Đào tạo; Nội vụ; Văn hóa, Thể thao và Du lịch; Y tế; Tư pháp; Thông tin và Truyền thông; Khoa học và Công nghệ; Ngoại giao; lãnh đạo Ngân hàng Nhà nước Việt Nam.
Bộ Kế hoạch và Đầu tư là cơ quan thường trực của Hội đồng thẩm định. Hội đồng thẩm định có Tổ chuyên gia thẩm định liên ngành giúp Hội đồng thực hiện các công việc thẩm định.
Hội đồng thẩm định nhà nước có nhiệm vụ và quyền hạn: Tổ chức thẩm định Báo cáo nghiên cứu khả thi Chương trình, trình Thủ tướng Chính phủ xem xét, quyết định đầu tư; yêu cầu Cơ quan được giao chuẩn bị Báo cáo nghiên cứu khả thi Chương trình cung cấp các tài liệu, thông tin có liên quan đến Chương trình để phục vụ công tác thẩm định; khi cần thiết, yêu cầu sửa đổi, bổ sung hồ sơ để đáp ứng các yêu cầu thẩm định; xem xét, quyết định kế hoạch thẩm định và các vấn đề khác có liên quan trong quá trình thẩm định Báo cáo nghiên cứu khả thi Chương trình.
Hội đồng thẩm định nhà nước làm việc theo chế độ tập thể dưới sự chỉ đạo của Chủ tịch Hội đồng. Phiên họp Hội đồng thẩm định nhà nước được coi là hợp lệ khi có ít nhất 50% số thành viên tham dự (kể cả người được ủy quyền). Các ý kiến kết luận được thống nhất theo nguyên tắc đa số. Trường hợp tỷ lệ biểu quyết là 50/50 trên số thành viên Hội đồng (bao gồm cả số có mặt tại phiên họp và số biểu quyết bằng văn bản gửi đến Hội đồng), vấn đề được thông qua theo ý kiến đã biểu quyết của Chủ tịch Hội đồng.
Kết luận cuối cùng thông qua các nội dung thẩm định Báo cáo nghiên cứu khả thi Chương trình trình Thủ tướng Chính phủ phải được ít nhất 2/3 số thành viên Hội đồng thẩm định nhà nước thông qua. Ý kiến các thành viên Hội đồng thẩm định nhà nước được thực hiện bằng cách biểu quyết tại cuộc họp hoặc bằng văn bản gửi đến Hội đồng thẩm định nhà nước.