Theo Quyết định, ông Nguyễn Đức Thái đã có những vi phạm nghiêm trọng, đến mức phải kỷ luật như: Có khuyết điểm, vi phạm chính sách, pháp luật của Nhà nước trong chỉ đạo Nhà xuất bản Giáo dục Việt Nam tổ chức thực hiện sản xuất, kinh doanh, biên soạn, in ấn, kê khai, phát hành sách giáo khoa mới.
Ông Nguyễn Đức Thái cũng được kết luận đã mắc khuyết điểm và sai phạm khác như: Thiếu trách nhiệm trong lãnh đạo, chỉ đạo Đảng ủy, Ủy ban Kiểm tra Đảng ủy kiểm tra, giám sát việc tổ chức thực hiện các nghị quyết, dẫn đến không kịp thời phát hiện nghị quyết ban hành trái pháp luật của Nhà nước.
Thời gian qua, Bộ Giáo dục và Đào tạo đã phối hợp với các cơ quan chức năng thanh tra, kiểm tra, đánh giá toàn diện hoạt động của Nhà xuất bản Giáo dục Việt Nam nói chung cũng như quá trình xuất bản sách giáo khoa nói riêng và có một số vấn đề cần kiểm tra, làm rõ.