Doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao là doanh nghiệp đáp ứng đầy đủ các điều kiện theo quy định tại khoản 1 Điều 19 Luật Công nghệ cao. UBND cấp tỉnh là cơ quan có thẩm quyền cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao cho các doanh nghiệp đăng ký kinh doanh trên địa bàn tỉnh.
Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn chủ trì tổ chức thẩm định hồ sơ đề nghị công nhận của doanh nghiệp và trình UBND cấp tỉnh xem xét quyết định công nhận doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao. Theo quy định, tổ chức, cá nhân lập hồ sơ đề nghị cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao gửi qua đường bưu điện hoặc gửi trực tiếp đến Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương, nơi doanh nghiệp đăng ký kinh doanh.
Trong thời hạn 5 ngày làm việc, kể từ ngày nhận được hồ sơ, Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn có trách nhiệm kiểm tra tính đầy đủ, hợp lệ của hồ sơ; quyết định thành lập Tổ thẩm định hồ sơ công nhận doanh nghiệp ứng dụng công nghệ cao đối với các hồ sơ hợp lệ hoặc có văn bản thông báo cho doanh nghiệp về việc hồ sơ không đầy đủ, hợp lệ; thời gian doanh nghiệp bổ sung, hoàn thiện hồ sơ không tính vào thời gian thẩm định.
Trong thời hạn 7 ngày làm việc sau khi có quyết định thành lập, Tổ thẩm định tiến hành họp thẩm định hồ sơ khi có ít nhất hai phần ba số thành viên có mặt. Tổ thẩm định có trách nhiệm đánh giá hồ sơ do doanh nghiệp lập về tính đầy đủ, chính xác, đáp ứng các điều kiện theo quy định; lập biên bản họp gửi Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.
Trong thời hạn 3 ngày làm việc kể từ ngày họp, trên cơ sở kết quả họp Tổ thẩm định, Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn trình UBND cấp tỉnh xem xét quyết định cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao.Trong thời hạn 3 ngày làm việc kể từ khi nhận được kết quả tổng hợp từ Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, UBND cấp tỉnh có trách nhiệm quyết định cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao và gửi cho doanh nghiệp, trường hợp từ chối cấp Giấy chứng nhận phải thông báo bằng văn bản cho doanh nghiệp và nêu rõ lý do.