Đồng thời, Cơ quan Cảnh sát điều tra, Bộ Công an cũng đề nghị truy tố hai nguyên lãnh đạo cấp vụ thuộc Bộ Y tế gồm: Dương Huy Liệu và Nguyễn Nam Liên, cùng là nguyên Vụ trưởng Vụ Kế hoạch tài chính. Liên quan đến vụ án, 4 bị can thuộc Công ty Dược Cửu Long bị đề nghị truy tố về tội "Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ" gồm: Lương Văn Hóa, nguyên Tổng Giám đốc; Nguyễn Thanh Tòng, nguyên Phó Tổng Giám đốc; Nguyễn Thanh Hải, nguyên Kế toán trưởng và Ngô Hữu Hiếu Nghĩa, nguyên Giám đốc xuất nhập khẩu.
Kết luận điều tra xác định, năm 2005, Chính phủ phê duyệt kế hoạch dự trữ thuốc Tamiflu và sản xuất thuốc Oseltamivir dùng trong phòng, chống cúm A/H5N1. Năm 2006, Bộ Y tế đặt hàng Công ty Dược Cửu Long (doanh nghiệp 100% vốn Nhà nước) sản xuất 5 triệu viên Oseltamivir với giá gần 146 tỷ đồng. Lương Văn Hóa và cấp dưới mua từ Công ty Mambo (Singapore) 525 kg nguyên liệu, giá gần 9 triệu USD.
Sau đó, giá nguyên liệu giảm nên phía Mambo đồng ý giảm giá 3,8 triệu USD cho Công ty Dược Cửu Long. Tuy nhiên, Lương Văn Hóa đã không báo cho Bộ Y tế biết mà dùng số tiền này để bổ sung vốn cho hoạt động kinh doanh.
Năm 2010, Thanh tra Chính phủ phát hiện Công ty Dược Cửu Long để ngoài sổ sách hơn 3,8 triệu USD nên yêu cầu nộp lại. Tuy nhiên, Hóa chỉ đạo cấp dưới chuyển số tiền này ra nước ngoài, thanh toán cho 11 hợp đồng mua nguyên liệu khác, không phải để sản xuất Oseltamivir.
Cơ quan điều tra đã trao đổi quan điểm xử lý với Bộ Tài chính và nhận được hồi âm thể hiện 3,8 triệu USD đã bị thanh toán không đúng quy định, đó là khoản chênh lệnh giá phải hoàn trả cho ngân sách Nhà nước. Bộ Y tế cũng khẳng định số tiền trên là khoản giảm giá nguyên liệu, phải nộp lại theo quy định.
Theo Cơ quan điều tra, để xảy ra hậu quả trên, Bộ Y tế đã không có văn bản yêu cầu Công ty Dược Cửu Long báo cáo, cung cấp chứng từ liên quan đến việc thực hiện điều khoản đàm phán giảm giá trong hợp đồng mua nguyên liệu làm thuốc. Trong đó, nguyên Thứ trưởng Cao Minh Quang bị xác định giữ vị trí Trưởng ban Chỉ đạo giải quyết việc liên quan thuốc Tamiflu và Oseltamivir nên có trách nhiệm kiểm tra các vấn đề phát sinh.
Theo chỉ đạo của Chính phủ, ông Quang từng kiểm tra, phát hiện Công ty Dược Cửu Long không nộp 3,8 triệu USD mà không chỉ đạo tiếp tục kiểm tra, làm rõ. Thậm chí năm 2009, Bộ Tài chính có văn bản yêu cầu thu hồi số tiền này nhưng ông Quang vẫn không thực hiện.
Quá trình điều tra, Cơ quan điều tra đã đề nghị ngân hàng, văn phòng đăng ký đất đai ở Hà Nội, Thành phố Hồ Chí Minh rà soát và tạm dừng các giao dịch liên quan đến tài khoản, sổ tiết kiệm, nhà đất của bị can Cao Minh Quang.