Cụ thể, ngày 15/12/2024, Ban Chỉ đạo xây dựng Đề án hợp nhất Bộ Tài nguyên và Môi trường và Bộ NN&PTNT đã thống nhất, hoàn thiện Dự thảo “Đề án hợp nhất Bộ Tài nguyên và Môi trường và Bộ NN&PTNT”, kèm theo dự thảo Nghị định quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ mới sau khi hợp nhất.
Trên cơ sở Dự thảo Đề án, Dự thảo Nghị định đã được hai Bộ thống nhất, Ban Chỉ đạo của Bộ NN&PTNT đã định hướng sắp xếp các đơn vị thuộc Bộ. Đối với các tổ chức hành chính, Bộ NN&PTNT tiếp tục duy trì 3 Cục: Kinh tế hợp tác và Phát triển nông thôn; Quản lý đê điều và Phòng, chống thiên tai; Chất lượng, Chế biến và Phát triển thị trường. Bộ cũng tiếp tục duy trì 6 đơn vị tham mưu tổng hợp, sẽ hợp nhất với các đơn vị tương ứng của Bộ Tài nguyên và Môi trường (TN&MT), gồm: Vụ Hợp tác quốc tế; Vụ Pháp chế; Vụ Tổ chức cán bộ; Vụ Khoa học, Công nghệ và Môi trường; Văn phòng Bộ; Thanh tra Bộ.
Bên cạnh đó, Bộ NN&PTNT hợp nhất Vụ Kế hoạch và Vụ Tài chính với Vụ Kế hoạch - Tài chính (Bộ TN&MT); hợp nhất Cục Thủy lợi và Cục Quản lý Xây dựng công trình thành Cục Quản lý và Xây dựng công trình Thuỷ lợi, chuyển một số chức năng của Cục Quản lý và Xây dựng công trình về các Cục chuyên ngành; hợp nhất Cục Trồng trọt và Cục Bảo vệ thực vật thành Cục Trồng trọt - Bảo vệ thực vật; hợp nhất Cục Chăn nuôi và Cục Thú y thành Cục Chăn nuôi - Thú y; hợp nhất Cục Lâm nghiệp và Cục Kiểm lâm thành Cục Lâm nghiệp - Kiểm lâm; hợp nhất Cục Thủy sản, Cục Kiểm ngư thành Cục Thủy sản - Kiểm ngư.
Đối với đơn vị sự nghiệp công lập thuộc cơ cấu tổ chức của Bộ, Bộ tiếp tục duy trì 5 đơn vị, sẽ hợp nhất với các đơn vị có chức năng tương ứng của Bộ TN&MT, gồm: Viện Chiến lược và Chính sách Nông nghiệp nông thôn; Trường Cán bộ quản lý nông nghiệp và Phát triển nông thôn; Báo Nông nghiệp Việt Nam; Tạp chí Nông nghiệp và Phát triển nông thôn; Trung tâm Chuyển đổi số và Thống kê nông nghiệp; tiếp tục duy trì Trung tâm Khuyến nông quốc gia là đơn vị sự nghiệp thuộc cơ cấu tổ chức của Bộ; tiếp tục duy trì Trường Chính sách công và Phát triển nông thôn theo hướng không thuộc cơ cấu tổ chức của Bộ tại Nghị định và thực hiện lộ trình sắp xếp phù hợp với quy hoạch mạng lưới các cơ sở giáo dục đại học theo quyết định của cấp có thẩm quyền.
Để thống nhất việc hợp nhất hai Bộ, các Thứ trưởng Bộ NN&PTNT và Bộ TN&MT phối hợp chặt chẽ thực hiện các nhiệm vụ thuộc phạm vi chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của Ban Chỉ đạo, tổng hợp, tiếp thu ý kiến góp ý của các bộ, ngành, địa phương tiếp tục hoàn thiện Đề án hợp nhất Bộ TN&MT và Bộ NN&PTNT; hoàn thiện Dự thảo Nghị định quy định chức năng, nhiệm vụ quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ mới, bảo đảm phù hợp với yêu cầu của Ban Chỉ đạo Trung ương, Ban Chỉ đạo của Chính phủ.